--关于封建土地国有论。侯外庐说，他所讲的“国有”即马克思所指的“国家（例如东方专制帝王）或君王是主要的土地所有者”。封建土地国有制即是皇权垄断的土地所有制，这是封建制社会长期占支配地位的土地所有制形式，但它不是唯一的形式。他还指出，封建土地国有制是封建王朝中央集权的专制主义的经济根源，也是历代党争以及历代君主直接利用宗教而无皇权、教权之分的根源。
    --关于封建制社会的品级结构。侯外庐不同意将地主阶级划分为大、中、小阶层，而是依据占有财产和权力的原则，将地主阶级划分为皇族地主、豪族地主（即豪门、豪强，或称品级性地主）和庶族地主（或称细族、寒门，亦可称非品级性地主、半品级性地主）。这三个不同阶层是一种三角关系，有时相互支持，有时则发生对抗。但是无论豪族和庶族，都拥护皇权；豪族与庶族彼此势力之消长，在很大程度上影响到封建社会不同时期政治、经济以及思想文化，使之显现出不同的特点。
    --关于资本主义萌芽。侯外庐从土地关系的变化、手工业以及海外贸易的发展三个方面考察了明代嘉靖、万历以来封建社会解体过程中的资本主义萌芽状况，指出土地国家所有制发展成为地主经济的经营方式，明末以后私有土地所有制和经营地主的势力获得了空前的发展。当然，土地商品化的程度还很低，还不足以改变整个封建土地所有制；明中叶以后，由于城市手工业的发展，开始在一定程度上导致农业和手工业的分离，商业和都市的发展；海外贸易不但有沿海商人参加，还有内地各省的商人参加。所谓“富家以财，贫人以躯，输中华之产，驰异域之邦，易其方物，利于十倍”，即是当时发展海外贸易的写照。但由于旧生产方式对工商业的阻碍，封建朝廷对私商的禁止，官僚资本与高利贷的结合以及会馆制度对市场的排斥等等，都阻碍了商品经济的进一步发展。
    --关于中国封建社会农民战争的特点。侯外庐认为，封建社会前期的农民起义军喊出“杀人者死”的口号，反映了他们争取“人身权”的要求；封建社会后期的农民起义军喊出“平均”或“均等”的口号，则反映了他们争取财产权的要求。农民战争对封建社会只能起到拆散的作用，而不能设计未来的新世界。农民起义军往往将其愿望与要求用强力塞进人们的头脑，在社会上产生各种不同的思想反响，尤其影响到等级微贱的庶族阶层的“异端”运动和“异端”思想。
    晚期（70年代中期至80年代中期）是继续开拓和总结的时期。
    在“文革”中，侯外庐因遭受迫害，身体致残。林彪倒台后，政治气氛相对放松。他拖着病体，搜集自己有关封建社会史研究的论文，于1972年辑成《中国封建社会史论》一书。书中对自己曾经受到猛烈批判的封建土地国有论毫无顾忌，不作半句检讨，一字不改，原文照录，表现出他在理论原则上的坚定性。
    1973年，侯外庐与思想史室的部分同志合作，组成写作班子，在他的指导下，共同编写《中国近代思想史》。然而在当时“四人帮”发动所谓“批孔”和“儒法斗争”的气氛中，该书的编写工作经常受到干扰，书稿完成后不得不更名为《中国近代哲学史》，1978年由人民出版社出版。
    党的十一届三中全会以后，侯外庐获得了“解放”。他的身体虽然愈来愈衰弱，而他那颗追求科学的火热的心却愈来愈炽热。他带领他的工作班子重新编写了《中国思想史纲》（上、下册）。侯外庐早在40年前就说过，在完成从古代、中古，以迄于近代的中国思想史全程的研究性著作后，一定要写一部通俗性的书。《中国思想史纲》一书，既是《中国思想通史》的普及本，同时又依据学术工作的进展，增加了不少新的内容，为《中国思想通史》做了若干补充。
    1980年，邱汉生提请侯外庐主编一部《宋明理学史》。为了实施写作计划，侯外庐请邱汉生、张岂之担任主编，并以中国社会科学院历史研究所中国思想史研究室的同志为主，组织力量，开展研究和撰著工作。该书被列入国家“六·五”重点项目，于1986年完成，全书分上、下卷，130余万言，由人民出版社分别于1984、1987年出版。 这部著作以其内容丰富，富于开拓精神，受到国内外学术界的好评，先后获得中国社会科学院和中华人民共和国国家教育委员会颁发的学术著作一等奖。
    侯外庐最后一本著作，是他本人的回忆录《韧的追求》。此书费时五年告成。重要原因之一，是他的身体不好，不仅艰于执笔，甚至说话也很困难。书中的不少内容，靠他坐在椅子上或躺在病榻上，一点一滴地慢慢口述下来的。这部著作是他对平生社会活动和学术研究的系统总结，给后人留下了一份有关现代革命史和学术史的珍贵资料。
    《侯外庐史学论文选集》（上、下卷）也是一部重要学术著作，由中国社会科学院历史研究所中国思想史研究室编辑。该书编选了侯外庐自30年代以来各个时期的史学论文。他在该书自序中扼要地总结了自己的治学道路和治学方法，其要点于下：
    一、社会史研究，先从经济学入手，以便把握历史唯物论基本理论和方法。
    二、研究中国古代社会，首先要弄清亚细亚生产方式的理论，阐明中国古代社会发展的特殊路径。在中国古代，文明的“早熟”与国民思想晚出，宗法制度的建立与人们对伦理道德的偏重，都是“人惟求旧，器惟求新”这一特殊路径的具体表现。
    三、确定社会历史分期应以法典化为标志。
    四、对中国思想史的研究，以社会史的研究为前提，着重于综合哲学思想、逻辑思想和社会思想（包括政治、经济、道德、法律等方面的思想）。哲学史不能代替思想史，但是思想史不止是政治思想、经济思想、哲学思想的简单总和，而是要研究整个社会意识形态和各种思想的历史特点及其变化规律。既注意每种思想学说的“横通”（即它与历史时代的联系），又注意它的“纵通”（思想源流的演变）；既注意思潮和学派，也注意其代表人物。
    五、阐微决疑。所谓“阐微”，一是力图用科学的方法，从古文献、文物以及其它各种资料中发掘历史的隐秘；二是尽力发掘不被一般论著所重视思想家，如吕才、刘禹锡、柳宗元、黄震、邓牧、吕坤、何心隐、汤显祖、方以智等。所谓“决疑”，即对社会史、思想史研究中若干历史疑难问题做出自己的解答。
    六、实事求是，谨守考证辨伪方法。科学重证据，证据不足或不确，结局便会是闭门造车和主观臆度。中国史料汗牛充栋，真伪相杂，辨伪工作是史学研究的基本功。历史科学要求实事求是地研究，不能流于夸诞和虚构。
    七、既要注意从世界历史的角度来审视中国历史，又要注意历史科学的民族化，不要盲目仿照外国，用西方模式来改铸中国历史。
    八、执行自我批判，聆听学术批评。学贵自得，亦贵自省，二者相因，不可或缺。他说：“我对于奖励我者，益生戒慎恐惧之感，而一字一句之教言，则使我反复思考，检点得失。”侯外庐先生终生以此自勉。