《甲申》一文，紧紧抓住明末阶级斗争和农民革命运动，从鲜明的对比中揭示了明朝的必然灭亡和李自成等农民军兴起的原因，深刻地总结了农民最终失败的沉痛教训。郭沫若以昂扬的战斗激情回击了敌人在文化思想上的进攻，指出了农民战争的发展规律。认为农民起义是被统治阶级逼的。郭沫若同情农民军，但仍然指出：“大凡一位开国的雄略之主，在统治一固定之后，便要屠戳功臣”，“自成的大顺朝即使成功了，他的代表农民利益的运动早迟也会变质……可以说断无例外。”这实际上是说，只有在无产阶级先锋队领导下的农民革命，才能取得真正的胜利，代表广大农民利益的运动才不会变质。
    由于郭沫若是站在人民大众的立场上，用唯物史观对明末历史进行研究的，他一改过去封建反动文人诬蔑农民起义的做法，对农民军给予了高度的评价，揭露了歪曲这段历史者的险恶用心，所以《甲申》发表后的第2天，即3月24日，国民党的机关报《中央日报》，就迫不急待地抛出了《纠正一种思想》的社论，攻击《甲申》。之后，围攻《甲申》的文字，接二连三地在国民党的报刊上发表。他们主要是诬蔑郭沫若“鼓吹败战主义和亡国思想”，继续歪曲历史，进而攻击中国共产党，要中共“悬崖勒马”。实际上是要中共执行国民党的消极抗日的决定，放弃在敌后建立的人民政权。
    对于国民党的文化专制主义，郭沫若表示了极大的愤慨，他在给美国学者费正清的复信中揭露说：“我在《新华日报》副刊上发表了一篇纪念文字，不料竟遭应该以革命为生命的某报（《中央日报》）于三月二十四日用社论来作无理取闹的攻击。我们官方最近答复贵国的舆论时，说我们中国最民主，言论比任何国家都还要自由，这是多么有趣的事呀。我所写的本是研究性质的史学上的文字，而且是经过检查通过了的，然而竟成了那么严重的问题”，“我并不萎缩，我只感觉著论客们太可怜了，竟已经到了歇斯底里的地步。”6月13日，郭沫若发表了《为革命的民权而呼吁》一文，抨击了当时“学术机关为一党所垄断、学术研究为御用所奸污”的局面，驳斥“李自成万年流寇，崇祯帝旷代明君”的观点。
    《甲申》在解放区受到赞扬。毛泽东以无产阶级革命领袖的敏锐眼光，立即看到了《甲申》的价值。《甲申》发表后20天，毛泽东就在高级干部会上说：“近日我们印了郭沫若论李自成的文章，也是叫同志们引为鉴戒，不要重犯胜利时骄傲的错误。”延安《解放日报》转载了《甲申》全文，并对国民党围攻的文章给予了驳斥。在编者按语中，充分肯定了《甲申》的科学价值。按语说：“究竟只是科学地解说历史。没有去想着居然有以吴三桂阮大铖自拟的人们来向他狂吠一通”，这“只是增加了郭沫若先生文章的历史价值而已”。
    6月7日，中共中央宣传部和军委总政治部印发此文，并发出联合通知，指出《甲申三百年祭》“对我们的重大意义，就是要我们全党，首先是高级领导同志，无论遇到何种有利形势与实际胜利，无论自己如何功在党国，德高望重，必须永远保持清醒与学习态度，万万不可冲昏头脑，忘其所以，重蹈李自成的覆辙。”接着党中央把《甲申》作为整风文件，印发各解放区，供全党及广大干部学习。
    1944年12月间，郭沫若收到了毛泽东于11月21日写给他的信，信中说：“你的《甲申》，我们把它当作整风文件看待。小胜即骄傲，大胜更骄傲，一次又一次吃亏，如何避免此种毛病，实在值得注意。”充分肯定了《甲申》的鉴戒作用。