蒋介石指定拉铁摩尔在中国的国内事务上与孔祥熙、王宠惠、王世杰联系。他与他们定期会晤，主要讨论战后如何加强中央集权、引导地方自治、处理边疆政治等问题。蒋要求拉铁摩尔，除了指定他拜访的一些要人，不要主动会晤别人，但却希望他跟周恩来保持联系。“这对[国共]双方来说，意味着一旦出现紧急情况，他们有一条不受中国内部政治纠葛影响的联系渠道。”周恩来主动拜访了拉铁摩尔。会晤时，他们“谈到了统一战线的重要性。我能够使中共确信，罗斯福总统非常希望中国避免发生内战。……公开宣布我曾告诉中共和蒋介石--罗斯福总统意欲避免内战，是有价值了。”以后在重庆的交际场合，他们又多次见面。拉铁摩尔曾问周恩来：“你是否认为我在这里作蒋介石的顾问是浪费时间？这是否只是一种字谜游戏，还是在演戏？他马上非常直率地说：‘不，我认为你在这里是有作用的，有助于维护统一战线的局面’。”拉铁摩尔承认自己钦佩蒋介石，但“不能真正地说我非常喜欢他”；而周恩来“为人真诚而坦率，……周比蒋，或许也比那时其他任何一位中共人士，更了解现代世界；……他肯定是历史上最伟大的[中国革命]第二号人物。”
    应蒋介石的要求，拉铁摩尔对云南及滇缅公路中国地段作了一次巡视。他在巡视中耳闻目睹了国民党中央政府与地方实力派政府争权夺利，以及发国难财的大小官员虚报筑路民工名额、在运输业务中搞钱权交易等大量腐败行为，甚至他的陪同谢保樵都利用此行纵酒猎艳。同时，他也对筑路劳工愚公移山般苦干和工程技术人员高效率工作作风产生了敬意。他再也不能无动于衷，但奔走呼吁的结果却一无所获。正如美国学者迈克尔·沙勒在《美国十字军在中国》一书所说：“拉铁摩尔以及派驻中国的[美国]技术顾问为何未能发挥影响的原因是不难理解的。……他们力求清除滇缅公路沿线发生的贪污事件，建议进行税收和经济改革。但他们忽视了这样的事实，即国民党正是依靠贪污以及同现有的上层士绅互相勾结才得以生存的。改革这个体制的任何一部分，都会冒整个机构瓦解的风险。蒋并不需要关于改革的外来意见，而是只需要枪炮、飞机和金钱。”逆耳忠言既然不被采纳，拉铁摩尔只好不常露面。他利用清闲之便，干起了与现身份不符的“老本行”，写出了一些论东北、内蒙等边疆问题的论文。
    拉铁摩尔认为，太平洋战争的爆发是蒋介石“灾难性失败的开端”，国民党从此更加消极抗战、积极反共、保存实力、企图依靠西方大国参战而取胜并抢夺胜利果实。与此相反，中共武装力量则积极抗日，愈战愈勇，威望愈高，“民族主义的情绪便从蒋介石手中转到了共产党手中。他们被认为……是为全中国而战的积极的民族主义者。”由于拉铁摩尔在许多方面所持观点与蒋介石格格不入，与积极主张援助中共抗日的美国将军、中国战区参谋长史迪威的观点倒是不谋而合[他俩在重庆从未私下会晤过]。于是他受到国民党报刊的攻击，暗示他的立场亲中共，说他的使命是迫使重庆同延安达成妥协。日本人也欲置他于死地，派间谍摸准了他的住所位置，用飞机向他投弹，但只震塌了一堵墙。几小时后，日本电台的中文广播竟说已将他的住房夷为平地，“相信他已经丧命”。敌人的炸弹并未吓倒他，但面临的两难选择却迫使他不得不打点行装。“我无法使自己站在这样的立场上，即一方面是为蒋效劳的顾问，同时又支持一个他不喜欢的美国将军[史迪威]的政策。……由于蒋介石不让我走，我最后做了安排：让自己收到一份要求我回国领导战时新闻局旧金山办事处的官方文书。蒋考虑到能有一个熟悉中国的人从事太平洋地区反日宣传工作并不是件坏事，终于同意了我的辞职。”但据美国官方档案文件的说法是：蒋建议拉铁摩尔利用自己的学术专长为中国获取巨额美国贷款进行游说，借此把他逼回美国。
    1942年11月17日，拉铁摩尔与出访的宋美龄同乘一架专机飞往美国。当飞机一降落，宋美龄“马上对我置之不理，从那时起便假装不认识我。”宋到旧金山演讲，为当地要人、名流举行招待会，也不邀请拉铁摩尔。他以委婉的方式转告：“不邀请曾担任[蒋]总司令的私人顾问的人是个错误，因为人们会误以为这表明其政权出现了分歧和麻烦。”当他在招待会上轮到与宋握手时，她不置一辞，也不伸出手来。他对她“过河拆桥”的无礼举止的动机作了猜测：宋当时正在美国大出风头，不想让美国人感觉到自己仍然受到已非政要的前顾问的影响。以后，蒋介石通过孔祥熙的儿子孔令杰，向拉铁摩尔转交一张一千美元的支票，但他拒收，并向居里作了汇报。可笑的是，蒋、宋并不知道支票的下落。日后拉铁摩尔访华时，不得不对宋“在谈话中不止一次暗示此事”，给予明白无误的回答。
    展望战后中国与亚洲新格局
    1944年5-6月，美国副总统华莱士率使团出访苏联和中国，以加强美、苏、中三国在反法西斯战争中的协调，并和蒋介石商谈向延安派驻美军观察组事宜。经罗斯福总统提名，拉铁摩尔以战时新闻局观察员的身份陪同出访。使团途经并访问了苏联的西伯利亚、中亚地区及蒙古人民共和国。拉铁摩尔与苏联、蒙古专家进行了学术交流，还会见了蒙古领袖乔巴山。在飞往乌鲁木齐的飞机上，他俯瞰大地，感慨万千。飞抵新疆后，他还会见了土皇帝盛世才，并作了对他来说极有学术价值的长谈。此行使拉铁摩尔眼界大开。他第一次实地考察了中国边疆另一侧的广袤地域，得以从更大范围的地缘政治学角度来瞻望中国及亚洲前景，完成了《亚洲的轴心：新疆与中俄在亚洲腹地的边境》等论著。
    尽管拉铁摩尔不是使团正式成员，但华莱士在出访前证求了他和有关人士的意见。大家一致向华莱士提出：蒋政权必须缓和同中共的关系，否则就有爆发内战和苏联进行干涉的风险，而向延安派驻美军观察组有助于形成缓和的气氛。经过使团的努力，蒋介石勉强同意美军向延安派观察组。使团在重庆期间，蒋单独会见拉铁摩尔，就战后中、美、苏关系的新格局进行了长谈。他乘机向蒋提出，这次出访使他亲眼目睹了苏联少数民族政策的成功，希望中国在这方面“与俄国竞争”。蒋后来向他及华莱士表示，战后将给少数民族更多更好的自治权。
    1945年春，拉铁摩尔辞去了战时新闻局的工作，恢复了在霍普金斯大学的教职，并继续从事学术研究，成为自由撰稿人。面对即将到来的战后世界新格局，各派政治力量、学术思潮异常活跃，都想对美国政府的对外政策产生影响。针对美国政府及“院外援华集团”偏袒国民党，正直的美国人士纷纷发表不同意见。拉铁摩尔更是挺身而出，于1945年6月10日致函杜鲁门总统，指出如果美国卷入中国内战，支持一方打另一方，后果将是灾难性的：“有招致中国的政治甚至领士分裂，并进而引起美苏[俄]之间冲突与对抗的危险。……我非常诚恳、冒昧地敦促您，让一些没有参与制订或实施近来这种政策的顾问们公正地审查美国对华政策。”杜鲁门于7月3日召见了他，和他谈了3分钟。“简单地说，杜鲁门告诉我，国会里有消息灵通的专家，他们知道自己在干什么。谢谢你，拉铁摩尔先生，再见！”后来，他在国会的朋友建议国会吸纳他为亚洲问题的顾问。艾奇逊国务卿答复：“拉铁摩尔是记者而不是学者，所以我们不需要他。”
    拉铁摩尔虽未能对美国官方产生多大影响，但其著作却不胫而走。于1945年初版的《中国简明史》通俗易懂，材料和观点新颖，包含了他担任蒋介石顾问后获得的第一手资料和亲身感受，使许多美国人为之耳目一新，作为让美国人了解自己盟国的启蒙读物，仅向太平洋战区的美军就发行了10万册。《亚洲的出路》等论著提出游离于美、英、苏三大国范围外的亚洲自由区的设想。即由中国、蒙古、朝鲜、菲律宾、泰国等国组成自强自立的自由区，加强国与国之间合作，并在大国之间斡旋，以使亚洲得到和平、稳定、发展、繁荣。该书成为当时美国的畅销书，为美国人形成新的亚洲观开辟了新视野。关于中国，他认为战后中共将拥有优势，主张国共两党和各派势力合作治国。关于日本，他主张实行废除天皇的占领政策，甚至将天皇流放到中国去。他在晚年口授回忆录时说明，这一主张是受了蒋介石的影响。蒋常向他抱怨，战后列强将企图在亚洲卷土重来，而“中国将成为这一企图的牺牲品”。所以，“使中国至少在道义上与列强处于同等地位的手段之一是让中国成为日本天皇的流放地。”他的关于中、日问题的设想受到美国保守派的强烈攻击。
    战后，拉铁摩尔对亚洲进行了多次访问和考察，曾为联合国援助亚洲国家的调查委员会工作，还获卡内基财团的亚洲内陆实地研究赞助金。他在参加美国波利使团访华时到过上海。令他感到震惊的是，南京路上的大商店陈列橱窗摆满了美国电器设备，车行里充斥着崭新的美国汽车，而从铭牌上看都是战时生产的。而在美国，由于军备生产第一，直至战后初期，各种民用品、甚至熨斗都供应紧张。再者，战时大发国难财的汉奸、奸商又和国民党的接收人员勾结起来，私吞接管的日伪物资。“在我看来，这是战后的腐败可能削弱国民党的第一个警报。”这里增添了他对国民党政权的本质的认识。所以，后来国民党政权逃到台湾后，他主张美国承认中华人民共和国并让其加入联合国，美国也不要干涉中共去解放台湾。
    麦卡锡主义肆虐的牺牲品
    1949年10月1日，中华人民共和国宣告成立，国际上的反共势力为此惶恐不安。1950年2月，美国共和党参议员麦卡锡两次发表爆炸性的演说，指控国会内有57个共产党人，还有205个威胁国家安全的嫌疑分子。从此在美国掀起了一股反共的“麦卡锡旋风”，使不少人士受到无端指控和迫害。拉铁摩尔堪称首当其冲。
    从3月8日开始，参议院外交委员会政府雇员忠诚审查委员会[又因其主席的名字而称泰丁斯委员会]对拉铁摩尔[当时正在阿富汗]、谢伟思等9人进行了3个月的审查。对拉铁摩尔有3项指控：1.是潜伏在美国的苏联间谍的头头；2.是导致“丧失中国”的美国远东政策的主要策划者；3.是美国共产党的领导人之一。但这些指控交不出任何证据。拉铁摩尔后来到委员会做了3次激烈的反驳。他申辩：1.自己既非共产党员，也不是合作者，和共产党没有任何瓜葛；2.他未在国会任职，因此不能对政府的远东政策施加影响；3.《亚洲的出路》等书决没有损害美国国家利益的内容。他在5月2日的证言中说：“为了不使美国其他学者像我一样遭受无端攻击，我要不妥协地彻底揭露这些恶意中伤，反对制造使人软弱的恐怖气氛，争取能自由而正直地思考、演说和论著的权力，这是我应尽的义务。”[《听证》，转引自《论拉铁摩尔》]这番义正词严的话博得了全场热烈的掌声。泰丁斯作出的名为《反驳麦卡锡参议员告发国会内有共产主义渗透和影响的报告》的结论是：“找不到任何证据可以证明欧文·拉铁摩尔是‘苏联的间谍头子’或其他任何类型的间谍；他无论现在和过去都没有正式担任过任何国会的职务。”[转引自《论拉铁摩尔》]审查结果排除了对拉铁摩尔、谢伟思等人的指控。
    一波刚平，一波又起。1951年春，联邦调查局将“太平洋关系学会”存放于乡间别墅、拟用于撰写该学会史的档案掠走，并由此引发参议院司法委员会国内安全委员会[又称麦卡伦委员会]对曾担任该会刊物编辑7年的拉铁摩尔等人的新一轮审查。66人为此作证。其中不乏公正的人士，有的坚决抵制对拉铁摩尔的诬陷；还有的朋友多次陪同他出席听证会，为他鼓掌撑腰；更有坚持真理的律师为他提供免费辩护。但也有一些人，包括受过他帮助的人、甚至是朋友的人编造谎言，提供伪证：有人证明“太平洋关系学会”成员及其有关联人员中有46名共产党，有19人与苏联情报机关有联系；有人指挥拉铁摩尔与潜伏东京的著名苏联“红色间谍”佐尔格有联系；有人无中生有，说他是企图吸收别人入党的共产党员；更荒谬的是，有个邻居称他是暗杀托洛茨基刺客的强有力保护者，乃至审查者都对此不屑一顾；有个叛逃到美国的原苏联外交官空口无凭地说他追随并帮助实现苏联的政策，其《亚洲的出路》是导致美国失败的危险著作；有个原美国共产党、美国《工人日报》编辑信誓旦旦地说：“我个人认为，他就是共产党……”最令拉铁摩尔痛心的是他过去的好友魏特夫的卖友求荣。由于魏特夫曾为他的挚友，曾为太平洋关系学会工作过，又是美国一流的中国问题专家，更是共产主义的背叛分子，编造证词的水平也非同一般，说得煞有其事，令委员会坚信不疑，对拉铁摩尔造成的伤害极大。所以尽管拉铁摩尔准备了50页的辩护稿，进行了长达12天的辩护，有力地驳斥了各种诽谤，但麦卡伦委员会就是不让他为自己洗刷诬陷，常常打断辩护发言，还颠倒黑白地指责他隐瞒事实真相、作伪证，对委员会傲慢无礼、狂妄侮辱等等。联邦调查局还对他的电话进行了窃听。有一次，他被人请去翻译一段窃听的蒙语电话。原来这是他与蒙古朋友的交谈。不料辗转到他自己手里来了，成了笑话。麦卡伦委员会最后下的裁决是：太平洋关系学会不是学术团体，实质上是美国共产党和苏联的工具。该会的活动和影响对国际共产主义者有利，对美国不利。操纵该会的少数核心人物即使不是共产党员，也是亲共分子。该会的实际领导人和苏联官员有正式关系，常和美国政要接触，给美国远东政策以极大影响……等等。对“该会内最重要、最有影响的成员”拉铁摩尔所下的结论是：1.1945年12月以后，美国改变了对华政策，这完全是受拉铁摩尔和范宣德影响的结果，实际上对中共有利；2.在1945-1949年间，一直图谋使美国的对华政策向有利于中共方面变化；3.从30年代中期开始，他就主动地明确地甘当苏联阴谋的爪牙。这些“莫须有”的“罪名”虽说无杀头之虞，但确有使他长期蹲监牢的可能。
    一场闹剧结束了，但拉铁摩尔的地位和声誉为此丧失殆尽。他们夫妇不论走到哪里都无一席安身之地。旅馆老板只要听到他的名字，便立即闭门谢客。紧接着，他又因所谓“伪证罪”继续打官司，耗尽了钱财。太平洋关系学会被停止了活动，该会及与此案有关系的许多人被撤职、被迫提前退休、被剥夺学术研究的权利；连斯诺都不能在新闻界工作了。美国的对华政策及其研究、舆论，完全成了反苏、反华、反共的一统天下。
    1950-1952年的“麦卡锡旋风”是冷战开端时期的必然产物。为了追究“丧失中国”的责任，必须要找一个牺牲品，于是就选中了“给美国的亚洲政策以极大影响的自由主义左派的象征”拉铁摩尔来充当替罪羊。总之，“为了安抚那些反共十字军勇士、撕破脸皮的温情主义者和粗暴的民主主义者们，拉铁摩尔必须成为一个杀一儆百的对象。”[《中国天地》，转引自《论拉铁摩尔》]由于在美国再也无法进行学术研究和授课，拉铁摩尔不得不远走他乡到了英国，任利兹大学中文系主任，于1970年退休才回美国。他后来访问中国时，周恩来总理亲切会见了他。他对这次会见的记载是：“很大程度上是基于过去的那种感情，我于1972年在北京与他[周]重逢。例如，我并没有指望他会告诉我[中国]文化大革命的内幕。”
    拉铁摩尔于1989年5月30日逝世，享年89岁。他坚信自己的事业将得到继承和发展，把自己所有的藏书都遗赠给剑桥大学的蒙古和中亚研究所。