对于近代日本人在新疆的活动，我国内略有所闻的是大谷探险队（由西本愿寺第二十二世门主大谷光瑞主持，共三次入新疆，首次1902-1904年，第二次1908-1909年，第三次1910-1914年）、林出贤次郎、日野强等人，主要是知道日本人近代在新疆有活动，具体则不得其详，故本文主要根据日文原始资料（其中林出的记载为日本战败后留在中国，因而至今日本人很少见到的打印秘本），辅之以英国驻喀什总领事馆的档案及鲜少的汉文记载作一补充性概述。另外应指出的是日本外务省档案中有新疆档，应为派赴新疆日本人的记载，但日本研究近代新疆史使用者似少见，值得发掘。
    西德二郎、浦敬一与林出贤次郎
    最早进入新疆的日本人当为西德二郎（1847-1912）。1880年，他作为驻俄公使馆的书记生，在回国时于11月2日抵伊犁，后经西伯利亚、蒙古、上海一路于翌年4月28日抵东京，他后来由陆军省出版了2卷本《中亚细亚纪事》（1886年）。
    1888年春，日本浪人在汉口所设以日本参谋本部军人荒尾精为首的以药铺为名的侵华组织乐善堂得知了沙俄欲铺设西伯利亚铁路的计划，并了解到沙俄欲将自中央亚细亚铁路延长至伊犁，感到对日本是个威胁，实际上阻碍了日本侵略新疆的企图，于是在汉口乐善堂本部进行了数日商讨，决定派乐善堂浦敬一赴新疆，向新疆当局游说，与其幕僚商讨防御对策，并让汉口乐善堂北京支部的门松二郎和河原角次郎2人作为浦敬一的助手共赴新疆。
    浦敬一生于肥前平户，东京专修学校毕业后从事新闻业，有侵略中国的野心，能言善辩，1887年秋来华，加入汉口乐善堂。1888年6月18日，3人从汉口出发，发饰、服装完全是清朝人打扮，抵兰州后，因经费等问题，待了1个月，决定返回。浦氏1人于10月底回到汉口，两名助手回了北京。荒尾感到浦氏汉语不好，决定派汉语好的石川伍一代之赴新疆，让浦氏留在汉口。1889年春，30岁的浦敬一再次决定赴新疆，由比他还年轻的藤岛武彦陪同，3月25日从汉口出发，发饰、服装仍完全是清朝人打扮，经西安抵兰州。浦氏化名宋思斋，藤岛化名宋克己。因旅费不足，浦氏决定让藤岛返回。9月，两人在兰州城外40华里处分手，浦敬一独自一人策马前往伊犁，从此失踪。藤岛于翌年4月返回汉口。
    1990年，中国社会科学院边疆史地研究中心刊布了马大正先生主持编纂的《新疆乡土志稿》，共收44种，为目前所见最全本。日本中国西北史研究学者片冈一忠两次至日本人林出贤次郎的儿子贤三的家，搞到了贤次郎第二次在新疆搜集的乡土志30种，经贤三允许刊布。片冈此书的导言部分亦在大阪教育大学历史学研究室《历史研究》1978年15期发表。贤次郎可以说是收藏新疆乡土志最多的人了。他何许人也？成于宣统年间的《新疆图志》卷38“学校”一节记载：“法政学堂……延日本人林出贤次郎讲法学通论。”在此我据片冈未见的资料补充叙述如下。
    1882年8月生于和歌山县的林出贤次郎（Hayahide Kenjiro）为津坟长次郎次子，原籍和歌山县御坊市日高郡美滨町汤川村。13岁成为御坊市汤川町小松原林出精一家的养子。从和歌山第一中学毕业后当小学代课老师，作为和歌山县首批派遣留学生，1902年4月成为上海东亚同文书院的第2期商务科学生，该书院为日本外务省所办的3年制大专，旨在培养日本青年习华语、通风俗，以便日后成为侵华的人才。1905年3月（一说4月）林出毕业，当时正是日俄战争时期，日本将俄国占领的旅顺口夺取，在奉天击败俄军，海战也大获全胜。为了刺探新疆边境地区俄军的动向，小村寿太郎外相向根津院长提出了从书院派中俄边境调查员事。根津院长把第2期毕业生召到自己的家，应征自愿者，结果5名2期生入选，林出是其中之一。
    23岁的林出于5月15日从东京出发，到中国后，7月7日从北京出发，同月26日抵太原，后经西安、兰州、安西。于翌年1月13日抵哈密，经吐鲁番，于2月8日抵迪化。3月27日从迪化出发，4月16日抵伊犁，9月16日从伊犁出发，同月21日至库尔喀喇乌苏（今乌苏县）四颗树蒙古郡王府，11月1日从该王府出发，同月9日抵塔尔巴哈台，12月13日从同地出发，同月21日又抵上述王府，两天后的23日离去，同月31日抵迪化。1907年3月4日从迪化出发，经安西、兰州、西安、郑州，于同年5月7日抵北京。
    1945年8月日本投降，上海的东亚同文书院大学自然寿终正寝，所有的档案资料留在了中国。笔者在这批资料中见到了120页的16开发黄的竖行日文打印本，封面仅打印有《清国新疆省伊犁地方视察复命书》，该本未有打印时间及地点，为林出向外务省提交的报告无疑。纵14行，每行33字，每页462字，120页合55440字。该报告分伊犁和塔城两部分，虽重点在俄军动向，但实际为以上两地区政治、军事、经济、边防、宗教、地理考察记。林出此时汉文已精通，这为他的考察提供了极大的方便。从事地方志的研究，象林出这样日本特务的考察记是值得重视的，因为特务对许多所见不仅要仔细观察，而且要暗记心中，所以大多记述精要而准确。如他记载新疆的蒙古族主要是土尔扈特蒙古，有王公称号，依次为汗王、亲王、郡王、贝子、贝勒，最大汗王在焉耆一带，下辖65苏木，一苏木旧制一千户，现不过几十户。对上述的土尔扈特郡王林出因有交往而记载尤详，他记载郡王帕勒塔此时正留学日本，由其父巴雅尔作为护理郡王。林出的报告以前是秘密的，见者甚少，所以至今日本的目录均未收，连上述专门研究林出的片冈亦未见。不过林出在1908年的《地学杂志》第20卷第229-230期发表两期《清国新疆旅行谈》（第23-31、76-89页），1938年又在东亚同文书院所办杂志《支那》第29卷第6期发表《30年前に於けゐ“伊犁”行の回顾》一文（第171-188页）。
    林出在骆驼背上骑行了7个月，到了迪化，他就不隐瞒日本人的身份了。据他说，在伊犁因为日本人打败了俄军，人们对他表示欢迎，他与上述的土尔扈特郡王有亲密的交往，得王树枬布政使知遇，让他在迪化的陆军学堂和法政学堂任教。又经外务省许可可再次访问伊犁，遂上了返东京的路。在东京向外务省汇报后，林出1907年6月任外务通译生，以此身份受清政府雇佣，第2次被派赴迪化，在上述新疆两学堂讲了两年的学，年仅27岁。王树枬对他的到来十分高兴，视为家人，向林出传授了自己高深的国学，林出认为这对他以后在华的生涯惠益甚多。正是从王树枬那里，他搞到30种新疆乡土志稿写本。1910年3月解聘，同年6月仍为外务通译生，任职驻华公使馆。1910年9月林出回到东京，后又奉外务省命至北京任日本外交官，此时清朝灭亡，吉田茂公使很重视他这位年轻的中国通，林出在公使馆被爱称为“蒙古”。后在中国长期任职。1938年回到日本。
    另外派出的有波多野养作（Hatano Yoshisaku，福冈人，政治科）。他1905年8月3日从东京出发，经北京、西安、兰州、安西、哈密、吐鲁番抵迪化。1906年10月离开迪化，后从兰州于1907年3月15日在青海塔尔寺与达赖喇嘛见面，又经宁夏、河套地区、张家口，于6月6日返北京。他的《新疆视察复命书》有东京外务省政务局1907年8月刊本（5+92+2+1页）。他后入外务省。后又任明治矿业锦州炭矿、汉冶萍公司顾问，“七七事变”前已去世。