同时，由于大内氏与细川氏对立，一些赴明贸易的商人也分成两派，分别依附于大内氏与细川氏。由于大内氏是海盗的组织者和后台老板，因此，细川氏的勘合船往往在途中为大内氏操纵的海盗所劫掠，两个势力集团也经常发生磨擦。鉴于此，幕府及武士大名逐渐从直接组织勘合贸易演变成从贸易中提取抽分钱，将勘合船承包给依附于自己的商人。这些商人虽然打着幕府的旗号，实际上已成为一种在官方招牌掩盖下的民间贸易往来。
    由于日本勘合贸易的主体发生了变化，来明勘合的人成分也变得十分复杂，甚至一些日本倭寇也冒充勘合。“九州海滨以贼为业者五船十船，号日本使而入大明，剽掠沿海郡县，是以不持日本书及勘合者，则坚防不入。此彼方防贼，此方禁贼之计也。”［3］（P243 ）这段资料虽然是讲勘合是明廷防贼、日本禁贼之计策，却从一个侧面反映了倭寇冒充勘合的现状。因此，明廷借助日本政府抑制倭寇的企图也就不可能实现。
    三
    勘合贸易，非但未能抑制倭寇，反而成为明廷的沉重包袱，日本也因国内政局动乱而无法统一组织勘合船，中日勘合贸易终于于嘉靖年间彻底结束了。究其原因，要者有三：
    其一，薄来厚往，使明廷遭受严重的经济损失。在中日勘合贸易中，明朝始终把政治因素放在首位。日本称臣纳贡，极大地满足了明廷的虚荣。为了显示大国的威严和富庶，厚赐来使，成为惯例，贡物和回赐价值十分失衡。如宣德九年（1434），日本国王的贡物是：马29匹，撒金鞘大刀2把，玛瑙大小20块，金属屏风3付，黑漆鞘柄大刀100把，铠1领，砚台1面并匣扇100把。而明廷的回赐则是：赐国王白金200两，花绒绵4匹，丝20匹，罗20匹，纱20匹，绢20匹；赐王后上述物品的一半。明廷加赐物品的价值远远大于日本的贡品。
    勘合船所载除少数贡品外，大部分是商人携带的货物。其货物在中国市场上赚取高额利润。日本商人来明多携带兵器作为商品，由于明廷规定外国朝贡的兵器不得在民间买卖，便全部由官方买下，这正符合日商的意愿，因此他们每次来贡都携带大量刀剑兵器。当时，日本刀最高价每把万钱，一般的也在2000文左右。［4］（P81）给明廷造成了沉重的经济负担。明廷也曾努力使日本少带刀剑，成化二十一年（1485），明宪宗曾要求日本各样刀剑，总不过300把。 景泰年间也曾压低收购价格。但日本贡使和商人置之不理，几乎每次勘合都提出非分的要求，甚至抓住明廷害怕倭寇的心理，进行敲诈勒索。正德年间，日本勘合船贡使庵桂梧认为明廷收购刀价过低，公然威胁说：“或者上国嫌厌往来之烦，一旦弃小国积世禁贼之功，欲显拒绝之意，变例如步，则恐失我国之心，废职贡之事，他日海寇闻风复集，其罪谁当。”［4］（P82）面对庵桂梧的要挟，明廷未能据理驳斥，而是委曲求全，予以让步。
    招待迎送日本勘合船人员，也耗费巨大。当日本勘合船在普陀靠岸时，明廷往往组织隆重的欢迎仪式，有上百艘彩船，绕船欢迎，赠送酒水和食品。到宁波后，将其安排在宾馆内，设宴招待，压风洗尘。从宁波至北京途中，各地也要供应车马、茶饭。明政府规定：“凡使臣进京回还，沿途茶饭供给口粮之外，又支送下程口粮。”［5］（卷145）使臣到北京后，在专门接待外国贡使的会同馆内，“设馆夫四百名，分居南北二馆，专造饭食以供使客”。［5］（卷114）对日本使臣生活上的招待十分周全，“五日下程一次，每十人羊鹅各一只，酒二十五瓶、米五斗、面十二斤八两、果子一斗、烧饼二十个、糖饼二十个”。［5 ］（卷115）同时还要赠送衣服和日常用品。
    日本勘合船人员自入宁波起至回国，所需口粮、菜金，及进京贡方物往返脚力，全由明政府供应，甚至回国途中的口粮也要拨给30日。不计明政府的馈赠，仅日常生活供应，以300人计，每月约支出380余贯，按居留时间1年计，约支5000余贯。［3］（P245）而实际上日本使臣每次来明少则数百人多则上千人，有时在中国居住达一二年之久。招待这些使臣的开支，实在不是一个小的数目。
    勘合贸易中严重的经济亏损，对明朝来说包袱越来越重。永乐年间，明朝经过20多年的经济恢复和发展，实力雄厚，百姓富庶，府藏充实。“天下本色税粮三千余万石，丝钞等二千余万。计是时，宇内富庶，赋入盈羡，米杰粟自输京师数百万石外，府县仓廪蓄积甚丰，至红腐不可食。”［1］（《食货志》二》）虽然在勘合贸易中多有亏损， 但由于经济实力整体上强大，对国家财政并无大的影响。永乐以后，由于土地兼并激烈，国家税收减少，自然难以承担勘合贸易中的巨额亏损。因此，明廷对勘合贸易的热情越来越小。
    其二，日本使臣赴京进贡途中，劫掠现象时有发生，甚至还发生了殴打职官，滥杀无辜的现象，严重危及社会安定。