不仅如此，修昔底德还一再强调，他是“按照每个事件的发生”（V, 16. 1:hos hekasta egeneto）记载其历史的。但是，在着手其宏大计划时，他也面临着巨大的困难。例如，和现代战争不同，伯罗奔尼撒战争的双方并不公布正式的战报，也没有独立的战地记者进行详细报道。作为流放的雅典将军，他本人既不可能居留在雅典，也不可能居留在伯罗奔尼撒同盟的城邦⑥，又如何能像他所说，“准确地了解”双方的行动呢？根据他本人的说法（I,22.2-3），可以推断他获取信息的途径主要是两个，一是他本人的亲身经历，但这只能让他比较清楚地了解战争头七年雅典方面的行动；对于伯罗奔尼撒方面的行动和公元前424年之后双方的情况，他在很大程度上可能只能依靠其他见证人的口头叙述或甚至是一些间接的信息。而这些材料的局限性非常明显，并不十分可靠，对此他本人也有充分的认识。除了注意到不同的见证人偏好和记忆各不相同外，他还意识到即使是事件的直接见证人所了解的也是相当有限的，他们往往只了解自己周围发生的情况，而不能洞悉全局[12]。更有甚者，战争绵延近三载，其进程十分复杂，战事经常在多个战场同时展开，要寻找到如此多分别见证双方行动的人并不是件易事，要对他们的叙述进行逐一核实就几乎不可能了。当然，一个现代读者还会面临另一个困难，即在绝大多数情况下不能对修昔底德史料来源的可靠性作出独立的判断，这是因为，修昔底德几乎从不交代其史料来源，此一作法和希罗多德大相径庭。在其叙事中，希罗多德经常会告诉读者，他的资料是来源于他亲眼所见，还是经过查访而来源于见证人，抑或纯粹是听说来的。这使得读者比较容易判断其记载的可靠与否。而在阅读修昔底德时，读者就会发现，他不得不相信修昔底德本人，这意味着不仅相信他的叙述，而且相信他关于自己严谨性的宣言，相信他的史料来源都是可靠的。问题还在于，和现在的历史学家拥有丰富的研究手段不同，修昔底德几乎没有其他办法来弥补口述资料的缺陷。如果能获得任何的书面资料，那也是非常有限的。可以想见，他可以获得的为数不多的书籍似乎对他的研究计划没有多大帮助。除此以外，另外的书面材料就只有包括铭文在内的档案资料。我们知道，像雅典这样的民主城邦十分注重档案材料的保存，其公民大会的许多决议都全文刻于大理石碑上，一方面是为了便于公民们阅读和了解，另一方面也是为了长久保存。在公元前5世纪末，雅典还重建了母亲之神库贝勒（Cybele）的圣殿，同时将它用作雅典的国家档案馆，保存城邦的法律、法令和各项决议文本[13]。其他城邦也一定通过某种方式保存一些重要的档案。修昔底德意识到这样的档案可以作为其历史写作的资料，而且偶尔也援引了档案文献，例如公元前423年斯巴达和雅典达成的停战协议条款、公元前422-前421年双方所签订的尼基阿斯和约以及随后达成的同盟协议条款等[14]，但他似乎并没有充分认识到这些档案资料在历史研究中的重要价值。按照莫米格里阿诺（Momigliano）的统计，他一共仅引用了11份档案材料[15]（p.13）。学者们甚至认为，假如修昔底德能够最终完成其著作的话，他很可能删除所引用的这些档案文件，因为不合他的文风[16]（p.19）[15]（pp.13,43）。不难看出，尽管在修昔底德的时代，书面写作的方式业已确立起来，而且至少为受过良好教育的人们所接受，但希腊社会根深蒂固的口述传统仍然发挥着其强大的影响力⑦，即使是修昔底德致力于创作“垂诸永远”的书面作品的时候，也不能免于这种影响，他依赖的主要是口述资料，而非文字资料。
    希腊口述传统在修氏著作中的突出表现是他对演说词的大量引用。他主要利用这些演说词来阐明历次行动中相关各方的政策、立场和策略，这无疑是具有相当说服力的一种叙述方式，但这时候口述资料的缺陷也显现得尤其明显。由于演讲通常没有书面文稿，当然也没有现代的录音技术，因此见证人不可能准确地记得演讲的内容，即连修昔底德本人也不能例外。以他所记载的伯里克利在公元前431年发表的公共葬礼演说为例，虽然他本人很可能参加过这年的公共葬礼，亲自聆听过伯里克利的演讲，但在时隔十余年之后，当他着手著述的时候，肯定已经无法记得伯里克利当时所讲的原话了。为了解决这个问题，他试图根据自己的理解，重构演讲者所说的话。他解释说：
    每个人在战争将要爆发之时或战争中所发表的演讲，无论是我本人亲耳聆听过的，还是其他人听过后告诉我的，我们都发现很难记得演讲的确切的原话。因此我的做法是，在尽可能保持实际讲话的基本意思的情况下，让讲话者说我认为他在当时情形下最应该说的话。[17]
    但是他的这种方法受到众多的质疑，问题在于他是否像自己所说的那样，做到了“尽可能保持实际讲话的基本意思”呢？一些迹象显示并非如此。学者们早就注意到，修昔底德所记载的不同场合、不同人物的演说风明显雷同，对此科林武德尖锐地批评说，“所有那些非常之不同的人物都用同一种方式在讲话，这难道不是粗暴吗？”[18]（p.64） 他进而指出，修氏的这种文风暴露出他对不同历史场合的实际演说并不感兴趣。有时候甚至有明显的证据表明，修昔底德把自己的想法加进了演讲者的话中。例如，他所记载的伯里克利在公元前430年向公民大会阐述自己策略的演说中对雅典人说：“你们的帝国现在就像专制统治。”[19] 在他记载的另一次演讲中，克里昂同样对雅典人说道，“你们的帝国是专制统治”[20]，其用词和前面伯里克利所说几乎完全一致，两者的巧合似乎说明，这个论断并非真的出自伯里克利和克里昂之口，而更可能是反对雅典民主政治的修昔底德本人强加给他们的。无论如何，读者很难相信，作为雅典民主政治领袖的伯里克利和克里昂会如此评论他们所致力于推动的事业。像这种后来的演说词回应先前演说词的例子并不鲜见，说明记叙演说词在一定程度上是修昔底德阐述自己观点的方式，用科林武德的话说，是“是修昔底德对演说人行动的评论”。
    所谓的米洛斯对话是另一个显著的例子。公元前416-前415年，雅典派军远征爱琴海上的米洛斯岛，在兵临城下时派代表和米洛斯人谈判。修昔底德记叙了谈判的过程，但却不是采用其惯常使用的谈判双方发表长篇演讲的叙述方式，而是采用了后来柏拉图使用的对话体，以戏剧作品的书写方式进行记载，在每段对话的前面注明讲话者是雅典人还是米洛斯人[21]。姑且不论修氏如何能够获知谈判的详细过程，他在此所使用的特别的记叙方式即已表明，他的历史书写乃至历史观念都深受公元前5世纪雅典悲剧的影响⑧。在他看来，雅典对米洛斯的攻击完全是出于傲慢和强权，就像雅典代表所说：“有力量者主导，弱者只能屈从。”（V,89）正是这样的傲慢最终导致了雅典的失败和悲剧性的结局。
    关于演说词的另一个问题在于，对于在讨论一些重大行动时所发表的演说，修昔底德并非一概记录，而是有选择性地加以记载。狄奥尼修斯早已指出，在其历史的前几卷，修昔底德大量记载各种公共场合的演说，但到最后一卷，却没有记录任何演说，这无疑不是因为人们不再进行公共辩论了，而是修氏的书写方式发生了变化。他还对修氏在具体情形下的选择性提出疑问。例如在叙述公元前427年米提林辩论时，修氏为何选择记载克里昂和狄奥多托斯在第二天公民大会上的演说，而忽略他们在前一天公民大会上的演说。他甚至认为修昔底德有时候忽略了必要的演说，但却包括了不必要的演说，并举伯里克利著名的葬礼演说加以说明。雅典每年一度为牺牲的战士举行国葬，邀请演说家在葬礼上发表演讲，赞颂其英雄事迹。狄奥尼修斯问道，修昔底德为何选择记载平凡的公元前431年的葬礼演说，而不记载战争更为惨烈、事迹更为英勇的其他年份的葬礼演说呢？他正确地认识到，修昔底德之所以记载这个“微小而不足道”的事件，是为了赞誉伯里克利[22]。现代学者也注意到，在记叙有关问题的争论时，修昔底德通常选择两篇代表正反两方立场的演说加以记载。马丁·奥斯特瓦尔德（Martin Ostwald）指出，“从许多的演讲中选择哪些插入他的叙述中，这一决定只能是修昔底德一个人的，而他的选择一定是出于全面和准确记叙之外的考虑”[23]（p.766）。所谓“全面和准确之外的考虑”当然也就是修昔底德对历史情形的把握和认识，最明显的例子是雅典公民大会关于斯巴达最后通牒的辩论。修昔底德告诉我们，许多人站出来发言，主战与主和的主张针锋相对，但他并没有记叙这些发言词，似乎简单的交代已足以说明问题，但紧接着，他详细记叙了伯里克利的长篇发言[24]。在此他的做法有些非同寻常，即没有像通常所做的那样，提供一篇和伯里克利观点相反的演讲词。也许其目的是为了突出伯里克利在雅典政治事务中的重要作用，而这和他对伯里克利时代的认识密切相关。从第2卷第66章的论述我们知道，他对伯里克利有着高度评价，认为在他的领导之下，雅典达到了辉煌的顶峰。
    当然，修昔底德的选择性不仅表现在对演说的记载，还体现在对历史事件的记述之中。让我们仍然回到狄奥尼修斯，他选取两个事例，对修昔底德的选择性进行了十分有趣的分析。他的第一个事例是公元前430年，雅典人在遭受斯巴达人连续两年的入侵和瘟疫的巨大打击之后，已有求和之意，乃派遣使节到斯巴达进行和谈，修昔底德对此只是一笔带过，云谈判“没有成功”（Ⅱ，59）；但在记叙到公元前425年斯巴达因在皮洛斯战败、300名士兵被俘而试图同雅典和谈时，修氏却详细描述了和谈的过程，不仅记录了斯巴达使节在雅典的演说，而且还列举了雅典人拒绝和谈的理由（Ⅳ，15～21）。对于这两件性质相同的事件，修昔底德的处理方式却截然不同，狄奥尼修斯对此十分不解，他质问道：
    如果有关雅典使节的记载只需提到谈判的要点，而省略使节们的论点和呼吁，是因为这些论点没有说服斯巴达人同意停战的话，他（修昔底德）在记叙斯巴达使节访问雅典时，为什么不遵循同样的方法呢？他们离开时同样没有达成和平啊。如果有必要对后者详加记述的话，他为什么如此粗心地忽略前者呢？……也许有理由详述其中的一次谴使而忽略另一次，但我不能理解他为什么重视斯巴达的使团而非雅典的，重视在时间上居后的而非居前的，重视敌方的而非己方的，重视在较小不幸而非更大不幸情形下的和谈。[25]