秘鲁的解放进一步巩固了阿根廷和智利的独立，但是在秘鲁的殖民军主力还没有被全部歼灭。恰在这时，南美北部战场西蒙·玻利瓦尔统率的爱国军已经解放了厄瓜多尔，挺进秘鲁。圣马丁决定与玻利瓦尔联合起来彻底摧毁西班牙的殖民统治。他制订了一个名为“过渡港战役”的作战计划，拟定同时部署三条战线来消灭殖民军主力：一是中部山区战线；二是从阿雷基帕到塔拉帕卡沿海战线；三是上秘鲁和阿根廷边境战线。这一庞大的作战计划只有在玻利瓦尔的全力支持下才能实现。为此，圣马丁于1822年7月26日和27日，在瓜亚基尔与玻利瓦尔举行了秘密会谈。由于双方分歧，会谈虽然没有达成协议，但这次具有历史意义的会晤为拉美独立战争的最后胜利奠定了基础。
    在瓜亚基尔会谈中，圣马丁面临着重大抉择：一是与玻利瓦尔公开分歧，但这只会有利于敌人，而延迟独立战争的胜利进程，使人民遭受更大的灾难；二是自己立即隐退，让玻利瓦尔来统帅和指挥整个拉美的爱国武装力量，尽快取得独立战争的彻底胜利。他权衡利弊，毅然选择了后者，于1822年7月27 日晚离开瓜亚基尔回到利马；9月22日在秘鲁国会发表最后一次演说，并辞去“护国公”的职务，而后前往智利，不再过问南美的政治和军事。后来圣马丁在回忆这段经历时说，他只所以决定走引退这条路，是因为“认识到我有责任为国家利益作出最后的自我牺牲”。
    圣马丁在1823年2月回到阿根廷；1824年2月10日去法国定居；1850年8月17日在法国逝世，遗体安葬在巴黎布洛涅教堂。1880年，他的遗骸被迁葬于布宜诺斯艾利斯中央大教堂的荣誉墓穴。
    三
    恩格斯指出：“判断一个人当然不是看他的声明，而是看他的行为；不是看他自称如何如何，而是看他做些什么和实际是怎样一个人”。实践证明，圣马丁把他的毕生精力和全部才智献给了祖国阿根廷和南美洲的独立解放事业，不愧为拉美独立战争的杰出领袖和民族英雄。当时西属拉丁美洲殖民地社会的主要矛盾是广大人民群众和西班牙殖民者的民族矛盾。圣马丁的社会实践集中反映了当时人民要求摆脱宗主国殖民统治的强烈愿望，符合历史发展的方向，因而得到了人民群众的热烈拥护。列宁说：“历史上，任何一个阶级，如果不推举出自己善于组织运动和领导运动的政治领袖和先进代表，就不可能取得统治地位。”（11）圣马丁就是在当时历史条件下人民群众推举出来组织和领导拉美独立运动的先进代表人物。他以资产阶级革命家的胆略和气魄，战胜各种艰难险阻进行了长达十年的独立战争，为最终摧毁西班牙在南美洲的殖民统治和整个拉美的民族解放作出了不可磨灭的贡献。
    圣马丁是一位杰出的军事家，具有卓尔不群的军事才能。他组织、训练并统帅了阿根廷、智利和秘鲁的爱国军，创建了拉美独立国家的第一支海军，为拉美国家的军队建设提供了宝贵经验。在反殖战争中，他不仅身先士卒，英勇杀敌，而且悉心研究战争规律，善于以己之长，克敌之短。在战略上他面对强敌不畏缩，敢于以少胜多；在战术上又从不轻敌，总是根据交战双方的不同情况，制定相应的作战方案，灵活机动地付诸实施。作为资产阶级军事家，他的可贵之处还在于重视人民群众在战争中的作用，把正规军作战和游击战、前线斗争和敌后斗争结合起来，把军事斗争和政治斗争结合起来。他指挥的翻越安第斯山的进军，被称为“军事史上最惊险和光辉的长征之一”（12）。十九世纪中叶，普鲁士军事学校常常把它当作世界军事史上的一个典范加以援引，认为它“正如苏沃洛夫通过阿尔卑斯山的行军和别洛夫斯基穿过土尔克斯坦沙漠的行军一样”，是“伟大的创举”（13）。
    圣马丁是一位卓越的政治家，在担任秘鲁“护国公”期间充分显示了政治才华。他颁布了一系列具有深远意义的社会改革法令：解放奴隶，宣布所有奴隶及其子女为自由人 ；取消人头税，废除奴役印第安人的“米达制”和各种徭役；建立秘鲁军队，以捍卫和巩固新政权；整顿国家财政，发展矿业生产；改革司法制度，撤销宗教裁判所，设立最高诉讼法庭，废除刑讯，规定在法律面前人人平等；实行贸易自由，开放沿海各港口同各国通商，取消商业垄断和各种捐税关卡；组织商会，建立商业法庭仲裁商业纠纷；改革教育，建立利马师范学校，设立国立图书馆；实行新闻和出版自由；规定了秘鲁的国歌、国旗和国徽等等。虽然这些改革很不彻底，但是对稳定秘鲁政局和社会秩序起了一定的作用，也被后来拉美国家进行社会改革引为借鉴。
    作为资产阶级政治家，圣马丁还有许多可贵的品质。人们颂扬他是当时“最伟大的英雄，最有道德的公仆，最无私的爱国者”（14）。他在胜利面前不骄傲，在失败面前不气馁。他一生虽然战功赫赫，但是从来也没有把功劳归于个人。在解放智利后，他向拉普拉塔联合省政府写了长篇报告，把光辉的战绩归因于部队全体官兵所表现出来的爱国主义和坚强的战斗精神，大书特书许多有功人员，唯独不提他自己。在秘鲁独立后，他虽然接受了“护国公”的职务，但他宣布一俟秘鲁获得完全解放，就把权力交给秘鲁人选出的政府，自己做一名普通公民。在瓜亚基尔会晤时，他又从大局出发，主动放弃了自己的军政大权，为玻利瓦尔统率南美洲的一切爱国力量创造了条件。他生活俭朴，把全部家产献给了民族独立事业；在困难时期，他又号召全体官兵节衣缩食，并多次要求把自己的薪金减少一半。当他从秘鲁隐退时，秘鲁国会给予他和美国开国元勋华盛顿同样多的终身年金，他也分文未领。
    恩格斯指出：“主要人物是一定的阶级和倾向的代表，因而也是他们时代的一定思想的代表，他们的动机不是从琐碎的个人欲望中，而正是从他们所处的历史潮流中得来的”。代表新兴资产阶级利益的圣马丁，自然也有其时代的局限性。他一生为之奋斗的自由，只是新兴资产阶级少数剥削者的自由，是要求发展资本主义的自由。因此，西班牙的殖民统治虽然在阿根廷等国被推翻了，而广大人民群众依然处于无权地位，“革命仅不过是换了主人，换了土生白人来代替西班牙人”（16）。他虽然颁布了一系列具有历史进步意义的重要法令，但是由于保守派的反对，许多法令只不过是一纸空文。圣马丁曾宣誓“为建立共和制度而斗争”，但他不仅没有成为一个彻底的共和主义者，反而在后期越来越倾向于保守的君主立宪政体。尽管在地主、资产阶级掌权的国家里，无论共和制或君主制的本质都一样，但当时拉美人民憎恶王室的专制统治，渴望较为开明的民主政体，因而圣马丁的君主立宪主张是有悖于人民愿望的。