在“训政”时期，国民政府主席是政府最高代表和国家元首，但其职权却随蒋介石的去留而变化。凡蒋介石任主席期间，其职权很大，有公布法律、命令；统帅陆、海、空三军；直接提名任免五院正副院长及其所属各部、委的长官；领导行政院等权力。蒋介石不但任主席时，则随之修改《国民政府组织法》，将其权力缩小，规定主席“不负实际责任”，并“不得兼任其它官职”。国民政府委员会这一机构是沿袭“广州政府”、“武汉政府”的组织形式，目的在于标榜“民主”和“集体领导”。其职权有处理国务，议决院与院之间不能解决的事项及决议，公布法律等。 但随着蒋介石个人权力的扩大， 它的职权不断缩小。1931年12月，经国民党四届一中全会决定，五院正、副院长，各部、会长官及现役军人不得兼任国民政府委员。国民政府委员会就不起任何实际作用。到1948年5月，“行宪”国大之后，总统府代替了国民政府， 国民政府委员会就随之取消。
    国民政府的主体和核心机构是五院。1928年10月成立的行政院，是国民政府的最高行政机构，在五院中地位最为重要。1928年11月成立的立法院和司法院是政府的最高立法机关和司法机关。考试院于1930 年1月成立，代表政府行使考试和铨叙权（官吏的资格审查，成绩考核等），监察院则为国民政府的最高监察机关，于1930年2月正式成立。 表面上五院都是国民政府的“最高”机关，按照五权分立的精神，应该彼此独立，但在实际上都受制于国民党中执会和蒋介石。这从五院的实际职权和各院长的人事任免就可以得到证明：在蒋介石任国民政府主席时，五院的正副院长均须国民政府主席提名任免，并对国民政府主席负责。在立法院，除了正副院长，所有的立法委员也由国民党中执会或国民政府主席提名任免。因此立法院形式上是有议决权的最高咨询机关，实际上则是蒋介石个人控制下的一块橡皮图章。监察院的职权是行使弹劾权和审计权，但监察院院长、监察委员的任免均操在国民党中执会或国民政府主席之手，这种弹劾权对高级官员并无任何实际意义。而考试院也只是对中、下级官吏的挑选有一定的权力，重要高级官员的挑选权也掌握在国民党中执会和蒋介石手中。这样五院体现的所谓政府意志，往往就是蒋介石的个人意志。
    抗日战争爆发以后，在中国共产党、各民主党派、民众团体和广大人民群众强烈要求民主政治的压力下，国民党蒋介石被迫采取了向民主宪政过渡的某些措施。由于国共两党的重新合作，抗日民族统一战线的建立，国民党和国民政府逐步转入战时政治体制。战时政体的变化有两种趋向。其一是中共及其领导下的抗日武装、根据地抗日民主政权取得合法地位，名义上隶属于国民政府；中共领导人也在国民政府机关中任职；共产党人、民主党派及民主人士参加了国民参政会。这些虽然只是形式，但毕竟是个重要的变化。其二是国民党蒋介石利用对外战争的非常时期，把权力进一步高度集中于蒋介石个人。蒋介石以国民党总裁身份在党内代行总理职权，获得了凌驾于国民党一切组织之上的权力，同时又以国防最高委员会委员长身份，取得了不按平时程序的紧急处置权和个人决定、处理党、政、军事务的特权。这就使蒋介石的权力不受任何约束，把个人独裁发展到了顶峰。在这两种趋向中，专制集权的强化是主要的和基本的，要求实现民主政治则是次要的、从属的。两者互相排斥，又互相影响，权力集中，便于个人独裁；民主越少而民主呼声越高。
    抗战胜利后，蒋介石在美帝国主义支持下，反共反人民的目的日益清楚，最终撕毁了“双十协定”和“政协决议”，挑起了全面内战。国民党不顾全国人民的反对，于1946年11月15日在南京召开了国民大会，通过了一部由国民党一手包办制定的、以1936年的“五五宪草”为基础的《中华民国宪法》，宣布“宪政”开始，其目的是为蒋介石的专制独裁政权披上一件合法外衣，并用来抵制中共和民主党派要求组织建立的民主联合政府。
    为了标榜实行“宪政”，1947年4 月国民党对国民政府进行了一次改组，其主要内容是恢复国民政府委员会为最高国务机构；增设国民政府副主席；在国民政府委员会中分配给民社党、青年党和社会贤达各四个席位。改组以后，国民政府就成了所谓的“多党政府”，下一步就可以利用它来主持大选，把蒋介石抬上总统的宝座。
    1948年3月29日至5月1日，国民党召开“行宪国大”， 此后便按《中华民国宪法》规定，撤销了国民政府主席和国民政府委员会，代之以总统及其下设的总统府，同时还保留了五院。名义上，五院是宪法规定的国家行政、立法、司法、考试、监察的最高机关，实际上，它们只能是总统的附属机构。
    综观南京国民政府体制的构成及各个不同时期的变化，其最主要的特点是形式上都以孙中山创立的三民主义、五权宪法、建国大纲等为依据；把孙中山提出的建国三时期，五权分立，权能分离等思想作为其政治体制的理论依据；以孙中山的“以党治国”，“以党训政”为合法口号；但在政权实体上却抽去了孙中山思想的核心和积极因素，利用、夸大了它的消极因素，并在实际运作过程中进行了歪曲和篡改。在宣告推翻蒋家王朝，庆贺新民主主义革命胜利的隆隆炮声中，中国共产党人继承发扬孙中山先生的革命精神，来建立一个真正代表各族人民利益的中央人民政府，就成了历史发展的必然方向。