冯氏1926年任燕京大学教授，1928年秋转任清华大学教授兼哲学系主任，翌年再兼任文学院院长。
    1928年，冯友兰讲授中国哲学史。1927-1937年是冯友兰集中精力研究中国哲学史的时期。
    1931年和1934年，他的《中国哲学史》上下卷出版问世。该书是继胡适《中国哲学史大纲》之后又一部具有广泛影响的中国哲学史著作，代表了30年代中国哲学史研究的最高水平。此书后来还被冯的美国学生卜德译成英文，成为现今西方人系统了解中国哲学的为数不多的著作之一。在这部巨著中，他自称为“释古派”而与胡适的“疑古派”相区别。他着力论证了儒家哲学在中国哲学史上的正统地位。这为他后来创立新理学思想体系积累了思想材料，作了必要的理论准备。
    冯友兰曾于1934年应邀出席在布拉格召开的“第八次国际哲学会议”，并在大会上作了题为《哲学在现代中国》的学术报告。会后，他又通过申请获准访问苏联。他怀着极大的兴趣和探究事实真相的心理，踏上了苏联的国土。冯先生后来回忆当时的情况时说：“关于苏联革命后的情况，有人把它说成是天国乐园，有人把它说成是人间地狱，我想亲自去看看究竟是个什么样子。”通过耳闻目睹，他得出了如下结论：“苏联既不是人间地狱，也不是天国乐园，它不过是一个在变化中的人类社会，这种社会可能通向天国乐园，但眼前还不是。”（《三松堂自序》）冯生先的这种印象是比较真实而不带任何偏见的。他还通过横向比较，得出了另外一种结论：封建社会“贵贵”，资本主义社会“尊富”，社会主义社会“尚贤”。
    回国后，冯先生根据自己的所见所闻作了两次正式演讲。一次是漫谈苏联见闻；另一次是以“秦汉历史哲学”为题，提出了以历史唯物主义的某些思想为基本要素的“新三统五德论”，集中论述了社会存在决定社会意识，社会意识反作用于社会存在的观点，这次讲演引起了官方的怀疑与不满。次年十月底十一月初，他竟被国民党政府警方视作政治嫌疑犯予以逮捕、审讯。国民党此举引起全国哗然，人们纷纷提出抗议。迫于全国的民主势力，冯在被关押、审查数天后，遂被释放。对于这次事件，鲁迅先生曾在一封书信中愤然说到：“安分守己如冯友兰，且要被逮，可以推知其他了。”（《鲁迅书信集》）这次事件对冯的震动也颇大，但他并未因此而与国民党决裂，而是选择了更加谨小慎微的道路。
    创制新理学体系
    1937年至1946年，是冯友兰学术生涯的关键十年，其新理学体系即在此间创制而成。
    1937年芦沟桥事变爆发后，抗日战争全面展开，清华大学被迫南迁。先迁往湖南长沙岳麓山下，后又迁往云南昆明，并与北京大学、南开大学合并，组成西南联合大学。冯友兰任联大哲学系教授，兼文学院院长。同当时大多数学者一样，冯友兰虽身处后方，却心系国事，常为中华民族之存亡而忧心如焚，感慨凄凉。在暂避长沙时，他曾写过这样一首诗：“二贤祠里拜朱张，一会千秋嘉会堂。公所可游南岳耳，江山半壁太凄凉。”其忧国忧民之情溢于言表！到昆明后不久，他又为刚创立的西南联大写了校歌的歌词，调寄《满江红》：“万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足，衡山湘水，又成离别。绝檄移栽祯干质，九洲遍洒黎元血。尽笳吹，弦诵在山城，情弥切，千秋耻，终当雪。中兴业，需人杰。便一成三户，壮怀难折。多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。待驱除仇寇复神京，还燕碣。”歌词充分表现出作者鲜明的爱国主义立场和终将战胜日寇、收复祖国失地的信心。他始终有一种不可动摇的信念在一直支撑着他，他坚信：有着五千年文明之深厚基础的中华民族绝不会灭亡，困厄只是暂时的，很快就会过去，抗日战争胜利之日，就是中华民族及其文化复兴之时！正是凭此坚定信念，冯氏更加勤奋地钻研学问，埋首著述，潜心整理中国传统文化。从1939年起，他先后出版了《新理学》、《新事论》（1940年）、《新事训》（1940年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）、《新知言》（1946年）。这六部书，构成了一个完整的“新理学”哲学思想体系，冯先生将这些著作总称为“贞元之际所著书”或“贞元六书”，表示其中华民族一定要复兴的坚定信念。关于冯友兰著此六书的深意，他在《新原人》自序中曾有明确的表述：“‘为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万事开太平’，此哲学家所应自期许者也。况我国家民族，值贞元之会，当绝续之交，通天人之际，达古今之变，明内圣外王之道者，岂可不尽所欲言，以为我国家致水平，我亿兆安身立命之用乎？虽不能至，心向往之。非日能之，愿学焉。此《新理学》、《新事论》、《新世训》，及此书所由作也。”这充分展现了冯氏的宏大抱负和深切愿望。
    冯友兰在抗战爆发后，尤其是抗战期间的为学进路则重在以“六经注我”的精神，运用西方新实在论哲学重新诠释、阐发儒家思想，以作为复兴中华民族之理论基础。这一时期写成的《新理学》为核心的“贞元六书”构成了一套完整的新儒家哲学思想体系。它既是冯氏哲学思想成熟的标志，也是他一生治学的最高成就，并因此而奠定了他作为“现代新儒家”的地位，成为一位继往开来，具有国际声誉的哲人。
    赴美考察
    1946年，讲授中国哲学史，并将讲稿整理成《中国哲学简史》一书由纽约麦克米伦公司出版。在美考察期间，冯友兰深深感到：“我在国外讲些中国的旧东西，自己也成了博物馆里的陈列品了，心里很不是滋味。当时我想，还是得把自己的国家搞好。我常想王粲《登楼赋》里的两句话：‘虽信美而非吾土兮，夫胡可以久留？’”1947年，解放战争节节胜利，冯友兰生怕新中国成立后中美断交，于是，婉言谢绝了至亲好友的挽留，毅然决然地返回了祖国。
    当选院士
    1948年秋天，冯友兰回国后，当选为南京中央研究院院士，并被选为院士会议评议会委员。1949年初，冯友兰辞去本兼各职，并兼任中国科学院哲学研究所中国哲学史组组长，还被选为中国科学院哲学社会科学部常务委员，还先后被选为第二、三、四、五、六届全国政协委员和四届全国人大代表。然而，在学术上，冯友兰却很不顺利。在刚刚解放的1950年，哲学界即展开了对他的批判。在解放初的思想改造运动中，以及后来的历次反右运动中，冯友兰都首当其冲。不但其思想被当作唯心主义的代表而屡遭批判，其人也被打成反动学术权威而成为批斗的重点对象，倍受折磨。直到1968年秋，毛泽东在一次讲话中提到：北大有个冯友兰，搞唯心主义，我们若要懂点唯心主义，还要找他；还有个翦伯赞，搞帝王将相，我们若要懂点帝王将相，也要找他，还是让他们当教授，拿薪水。得此“特赦”，冯氏才得以离开牛棚，勉强恢复自由。直到1972年尼克松访华，冯家被定为外宾访问的开放户时，才算过上比较正常的生活。