瀛台本为圆明园三海中的一小岛，三面临湖，只有一桥可以进出。不仅如此，慈禧太后又派来心腹侍卫对瀛台严密看防，光绪的任何举动，都会有人向慈禧太后报告。《金銮琐记》里说，光绪有一次逃到西苑门口，被多个太监强扭发辫拉了回去；还有人就亲眼看见光绪因要上朝而出灜台后，仰首向天而望，刚甩开身边的人走到乾清门，便有太监十余人阻拦去路。
    戊戌政变后，慈禧太后怕民间舆论对她不利，于是又让太监们到酒肆茶坊里去传播谣言，诋毁光绪的种种昏庸不道，无端迷信西法，甚至谋杀太后（此事的有无，目前尚无定论）等等，这下反让人觉得都是光绪的不是，而慈禧太后训政便是理所当然。如此一来，光绪就更加孤立了。
    但是，限于皇帝的名分，光绪虽然人被幽禁，但每日还得在慈禧太后的逼迫之下，像个木偶一样上朝召见臣工，这种苦处比禁锢独处恐怕更要痛苦百倍。每次临朝，光绪被置于大庭广厦之中，声音笑貌无一自然，如颠、如聋、如哑，而大臣们对光绪也是以颠聋哑视之，仿佛对待空气一般。
    《崇陵传信录》里说：“至戊戌训政，则太后与上并坐，如二君焉。臣公奏对，上嘿不发言，有时太后肘上使言，不过一二语止矣。迁上于南海瀛台，三面皆水，隆冬冰坚结，传闻上常携小奄踏冰出，为门者所阻，于是有传匠凿冰之举。上常至一太监屋，几有书，取视之，《三国演义》也。阅数行掷去，长叹曰：‘朕不如汉献帝！’”
    令慈禧太后不快的是，外国使馆常来打听光绪的境遇，颇有干涉之意。对此，慈禧太后深以为恨，便将光绪生病的消息公然诏告天下，并为之延请名医，以证明自己训政的合理性。在历史上，对天下子民公布皇帝病情的事情是极为罕见，因为这往往有皇帝将不久于人世的政治含义，而各省督抚或诧异，或觉得这是废帝的前兆，大都不敢从命。
    事实上，早在戊戌年（1898年）坊间便盛传天津阅兵行废立阴谋之说，尽管那不过是空穴来风，但也未必就是无稽之谈。戊戌政变后，废立的传闻更是甚嚣尘上，京师即传出消息说“皇上病势沉重， 恐致不起”。公使们对此的反应，一方面是出于礼节，一方面也是担心有人要谋害光绪，当时“驻京各国使臣闻圣躬不豫，均诣总署问安，并叩致病之由”。
    在当时北京的外国使馆人员中到处流传着这样的谣言：“皇上被毒死了”，“皇上病得很重很重”，“皇上被囚禁了”，“新的皇位继承人已经选定”等等，而坊间传闻慈禧太后在政变后不断的处死太监（确有其事），更是加剧了这种恐慌情绪。
    在外国人中间具有强大影响力的《字林西报》不断发布消息，暗指光绪帝已经被谋害，并暗讽各国使节有权知道真相，“这些人都是被遣到中国皇帝的宫廷中充当代表的，而不是被派遣到一个窃居中国宫廷的僭篡摄政那里的。”
    外国公使以之所以对废立传闻如此有兴趣，主要是他们大都对维新的光绪皇帝持同情态度而不愿意看到守旧的慈禧太后再度执政。在这些人中间，英国方面表现最为积极，他们的兵舰在戊戌政变之后便开到大沽口外，以示对事件的关注。在主管外务的庆亲王奕劻向英国公使窦纳乐辟谣并表示光绪帝情况良好时，窦纳乐则提出消除外界疑虑的有效办法，那就是“找一位外国医生为光绪看病，并签署一份光绪的健康证明书”。为了防住外国公使们的口，清廷最后只好邀请法国使馆医生德对福（Dr.Detheve）给光绪帝看病并证明病况，结论是“病势无大碍，惟患血虚之症”。
    废立之说传开后，地方实力派也纷纷表示反对，两江总督刘坤一约湖广总督张之洞一起争言不可，但后来张之洞突然后悔，途中将折子追回。刘坤一得知后笑道：“香涛见小事勇，见大事怯，姑留其身，以待后图，吾老朽，何惮。”遂复电荣禄，曰：“君臣之义至重，中外之口难防。坤一所以报国者在此，所以报公者亦在此。”荣禄以坤一电入奏，慈禧太后因惧而止。
    不仅如此，国人对此也是一片哗然，上海的候补知府经元善在众人拥戴下，征得万人签名，上书反对废立之事。慈禧太后得知后大怒，命立刻捕杀经元善，幸好他及时的逃到了澳门才幸免于难。
    在经历了这么多波折之后，“废立”之说也就偃旗息鼓，而突然改成了“建储”计划。事实上，在当时“皇权神圣”的情况下，废黩光绪皇帝并非易事，而慈禧太后改立“大阿哥”也是另有隐情，这往往是研究者所通常所忽略的。
    隐情之一，由于光绪皇帝从小就身体较差，从后来的一些病症记录来看，他患有长期肾炎等疾病并导致经常性遗精甚至早泄，其有无生育能力本身就是很大的疑问。对于这一点，慈禧太后想必也是心知肚明，毕竟隆裕皇后是她的亲侄女。