鸦片战争后，魏源的经世、变易思想有了转变。他非常自觉地倡导某些具有近代因素的思想观念。他摒弃了天朝中心的地理观及夷夏之辨的文化价值观，代之以对外开放的观念，大胆提出“师夷之长技以制夷”的总对策以及具体办法（所引资料均出自《海国图志》）：
    第一：发展工业。魏源认识到要使自己国家象西方一样“船坚炮利”，则需要发展自己的军事工业，“置造船厂一，火器局一，行取佛兰西、弥利坚二国，各来夷目一二人，分携西洋工匠至粤，司造船械。……工匠习其铸造，精兵习其驾驶攻击。”另外，“武试增设水师一科，有能造西洋战舰、火轮舟、造飞炮、火箭、水雷奇器者为科甲出身。”提出“沿海商民，有自愿仿设厂局以选机械或自用或出售者，听之。”当时那些顽固不化、嚣然自大的上层官僚阶级竭力反对制造机器，诬蔑机器为“奇技淫巧”，为“形器之末”。魏源反驳说：“古之圣人刳舟剡楫、以济不通，弦弧剡矢，以威天下，亦岂非形器之末？”“因其所长而用之，即因其所长而制之，风气日开，智慧日出，方见东海之民犹西海之民。”
    第二：发展海运。魏源亲眼目睹西方列强利用坚船在海上霸道，认识到发展航海运输，无论对国家经济、军事和民生都有重大意义。他曾经辅佐江苏巡抚陶澍，针对当时漕粮官运、运河堵塞，建议改官运漕粮由海商运输，这件事在当时对突破海禁、破除官运漕粮垄断，发展海运具有重要意义。在海运问题上，他指出：“海运之事其所利者三：国计也，民生也，海商也”（注：《魏源集·复魏制府询海运书》X）。海运“其优于河运者有四利：利国、利民、利官、利商。”（注：《魏源集·道光丙戍海运记》。）很有远见地把商人利益与国计民生并重。
    第三：发展金融业。基于鸦片贸易，使“夷烟蔓宇内，货币漏海外”白银外溢，国库空虚，魏源提出允许商民开矿，并按照西法铸造银钱，以充实国库。
    第四：开展对外贸易。魏源支持林则徐的“互市”政策，认为中外商民互易货物，互通有无，是应该允许的，应该在平等基础上公开进行贸易，但有些货物如鸦片则必须坚决禁止。
    第五：发展商业。魏源认为西洋诸国富强其中原因之一是“以商立国”，“自意大里裂为数国，教虽存而富强不兢，于是佛郎机、英吉利代兴，而英吉利尤炽，不务行教而专行贾，且佐贾以行兵，兵贾相资，遂雄岛夷。”“语金生粟死之训，重本抑末之谊，则食先于货；语今日缓本急标之法，则货又先于食。”
    第六：推行民主制度。他介绍瑞士情况说：“至于朝纲，不设君位，惟立官长、贵族等办理国务”，民政“皆推择乡官理事，不力王侯”，并加案语称赞说：“瑞士西士之桃花源也。”他对英美的议会制度兴趣极高，说英国“设九官以治事，九官由众推选，以三年为秩满，贤则留，否则更”。美国更是“事无大小必须个官会议然后准行，即不咸允，亦须十人中有六人合意然后可行。”他称赞美国的资本主义章程“可垂亿世而无弊”。
    中国历代封建统治者都信奉“以农为本”、“工商为末”的本末观，并以“重农抑商”作为基本经济国策，视君权神圣不可侵犯。魏源这些思想为冲破传统观念的束缚作出了贡献。魏源意识到改变生产方式将带来观念的巨大变化，而观念的变化将带来整个社会的进步。可惜，魏源的这一系列主张，在他那个时代及至整个近代史都被搁浅了，而日本人看到《海国图志》之后，走了这步棋，人家追上去了。直至今日我们的改革才触及到魏源当时就议论到的东西，亡羊补牢，为时不晚。我们应该吸取这一教训，用更加开化的头脑、开明的态度，采取更加开放的政策，凡是有益于人类社会进步的好东西都拿来利用，推进中国的进步发展。
    显然，魏源是认识到这一问题，他认为变易改革的标准只要“民便”、只要有利于人民就可以放心大胆地使用：
    天下事，人情所不便者，变可复；人情所群便者，变则不可复。江河百源，一趋于海，反江河之水而复归之山，得乎？履不必同，斯于适足；治不必同，斯于利民。（注：《魏源集·默觚·治篇五》。）
    中国传统的义利观标榜“重义轻利”，有所谓“君子喻于义，小人喻于利。”魏源一反罕言利、不言利的迂腐态度，把利诠释为儒学的核心观念之一。他说：“圣人利、命、仁之教，不谆谆于《诗》、《书》、《礼》，而独谆谆于《易》。《易》其言利、言命、言仁之书乎？‘济川’、‘攸往’、‘建侯’、‘行师’、‘取女’、‘见大人’，曷为不言其当行不当行，而屑屑然惟利不利是诏？……世疑天人之不合久矣，惟举天下是非、臧否、得失一决之于利不利，而后天与人合”（注：《魏源集·默觚上·学篇八》。）。他把利与仁及命并列，并作为天人相合的关键。他又从正面肯定了“小人喻于利”，肯定了庶民追逐正当利益的合理性。他说：“圣人以名教治天下之君子，以美利利天下之庶人。……故于士大夫则开之于名而寒之于利，于百姓则开之于利而坊之于淫”（注：《魏源集·默觚下·治篇三》。）。在如何追求个人利益的问题上，他批评了以读书作官为唯一取利手段的价值取向，鼓励人们通过从事工商活动去求利。做任何事情都应从利害着手：“利多害少，智者为之；害多利少，审时施之；有害靡利，无时而宜之。”（注：《魏源集·筹漕篇X》上第399。）
    冯友兰先生说：“春秋公羊学出现在中国社会的两次大转变时期，而不在其他时期，这是很有意义的。汉初出现的春秋公羊学，为第一次大转变时期结尾，清末出现的春秋公羊学为第二次大转变开头。这不是偶然的，这是因为春秋公羊学的基本精神是‘改制’。”（注：《春秋公羊学与中国封建社会》见《廖季平学术思想研究》成都科学研究一九八四年第二期第102页。）
    杨慎之说：“魏源的思想归本儒学，杂取旁收，兼采法、老、兵诸说，并及西方之书。但是，魏源治学的出发点和归宿点，纯在致用。通经为文，淑世致用，确是魏源思想的主动脉。”（注：为黄丽镛《魏源年谱》作序湖北人民出版社1983年。）
    齐思和说：“魏源兼揽众长，各造其极，且能施之于实行，不徒托诸空言，不愧为晚清学术运动之启蒙大师矣。”（注：《魏源与晚清学风》见《燕京学报》一九五○年十二月三十九期。）
    这些都是比较中肯的评价。