主持复旦公学校政
    1905年初，法国天主教会排挤上海震旦学院的创始人马相伯，企图夺取该校的领导权。为了捍卫中国的教育主权，震旦学院的学生集体退学。几天后，马相伯召集离校学生商讨复学事宜，受到大家的拥戴。与此同时，马相伯取得了两江总督周馥的支持，周馥帮助拨款划地，以供筹建新校舍。此外，马相伯还聘请严复等28位社会名流为校董，协同管理学校。
    此时，严复刚从伦敦返回上海。他接受了马相伯的邀请，随即与其一道筹建新校舍；共同制定了“教授管理法”，即后来的《复旦公学章程》。正当复旦公学的复学准备工作紧锣密鼓地展开之际，法国徐家汇天主教堂宣布震旦学院于1905年7、8月开办。为此，严复与马相伯等人一道发表声明，将筹备中的学校更名为“复旦”，暂借吴淞提辕，定于7月下旬开学，与原来的震旦学院斩断一切联系。同年8月底，严复领衔发布广告，为复旦公学募集经费。（注：《复旦公学广告》[N]， 《复旦公学募捐广告》[N]，《时报》，1905年8月24日。）
    筹备复学期间，大家曾推荐严复为复旦公学总教习，但他感到“主意之人太多，恐办不下”，没有应允。（注：严复：《与长子严璩书二》，《严复集》，第781页。）8月24日，复旦公学首次招生，由严复与马相伯二人亲自主考。上午考汉文，已习西文者，下午加考一次。这次招生报名者逾500，只录取了50名。9月14日，复旦公学正式开学，严复承担了该校的英文翻译教学任务。（注：《复旦大学志》第1卷[M]，上海：复旦大学出版社1985年版，第309页。）
    1906年，马相伯东渡日本，不再担任复旦公学校长。同年11月29日，复旦公学学生致函严复，恳请他担任校长。（注：严复：《与甥女何纫兰书五》，《严复集》，第830页。 ）严复当时已出任安徽高等学堂监督，对能否兼顾两校尚无把握，也不知道两江总督的态度。尽管如此，严复还是爽快地答应了复旦公学学生的请求。12月初，严复由沪抵宁，拜访两江总督端方。端方对严复很客气，“以师宾之礼相推挹”。严复提出复旦公学必须得到端方的支持，“肯为开头及后此常年经费”，他方肯担任校长。（注：严复：《与甥女何纫兰书五》，《严复集》，第832页。）端方对此满口应承，许诺每年拨款2000 元给复旦公学作常年经费。
    1906年底，严复接任复旦公学校长，随即发现该校财务出现漏洞。复旦公学办学经费的主要来源是：以前募捐所得、官方资助以及学生所交学费。由于学生欠交学费，学校庶务叶景莱借用公款3000元未能按时归还，到年底时，学校已亏空5000-6000元，以致有的教员两月未领到薪水。得知这一情况后，严复立即电请端方预支次年经费以解燃眉之急；不久又致电端方，拟定几条加强学校管理的措施：由校长负责监管学校财务，按学部要求修改复旦公学一切章程；开除学校庶务叶景莱、张桂辛二人以维校政。这些措施都得到端方的支持。
    1907年春，严复对复旦公学的人事作了调整。为了节约办学经费，严复没有要求端方委派斋庶两长，只设干事三人：监学、会计、文案各一，均以教员兼任，具体为严姓教员兼任监学，张汝辑兼会计，周良熙兼文案。另外，又聘请一名美国武官到学校教授体操。严复本人隔日到校巡视，加强监督。由于内地到复旦公学上学的人数日增，学生总数突破200，原来学校狭小，校舍已满，无法收入，成为一大难题。4月18日，严复由安庆乘船赴宁，拟就复旦公学的校舍问题与端方摊牌，如果端方不同意扩建校舍，就准备辞职。经过面谈，严复于4月22日返沪， 拟按端方意旨整顿复旦公学。然而，严复“忽患肺炎，几成危候”（注：严复：《与曹典球书八》，《严复集》，第572页。）。
    另一方面，严复同时兼任安徽高等学堂的监督，往来奔波于沪皖两地，不免顾此失彼。在此情况下，严复向端方提出辞职：“复以望六之年，精神苶短，加以气体素羸，风雨往来，肺喘时作，实万万不胜监督之任，应请我宪早日派人接理，常川驻校，庶校政不至放纷，上辜煦植人才之至意”（注：严复：《与端方书二》，《严复集》，第583 页。）。为保证学校正常的教学秩序不受影响，他还推荐夏剑成、熊崇志、邝富灼三人为继任校长人选。1907年6月， 严复抱病处理完安徽高等学堂学潮，随即应端方的邀请到南京主持赣、苏、皖三省的留学考试，复旦公学由夏剑成继任校长。
    严复离开复旦公学后不久，该校算学教习周益卿因病辞馆，一时难有合适人选。校长夏剑成遂函托严复代为寻觅教习。严复除本人作过一番努力外，还转托远在北京的伍光建帮忙，并对夏剑成在复旦公学的工作予以充分肯定。（注：严复：《与伍光建书二》， 《严复集》， 第585页。）
    综上所述，在复旦公学的创办阶段，严复对该校颇多赞画，尤其是他与马相伯共同制定的《复旦公学章程》，规定了复旦公学的办学宗旨、学制、课程、教学方法和管理方法，内容细致周详。复旦公学正式开学后，严复本人承担了该校的教学任务。1906年底继任校长后，对复旦公学进行了颇具力度的改革，并一度打算重新修订《复旦公学章程》。这些事实表明，严复对自己在复旦公学所承担的工作是认真负责的，对复旦公学的复学和发展作出了一定的贡献。当时有的革命派报刊攻击他“骗用复旦学院的修金，实在是个大滑头”（注：楚元王：《谕立宪党》[J]，载《天讨》（《民报》第12号增刊），明治40年（1907年）3月6日发行。），这是不符合事实的。
    执掌北京大学
    1912年2月25日，袁世凯任命严复为京师大学堂总监督。3月11日，严复正式接管该校后，通过借款解决了办学经费问题，调整了课程结构与人事安排。5月3日，京师大学堂正式更名为北京大学，总监督改名为校长。15日，北京大学举行开学典礼。6月初， 严复草拟了《上大总统和教育部书》，克服了财政部发出减薪命令后在教员中引起的混乱。随后，针对教育部要解散北京大学的动议，起草了《论北京大学不可停办说帖》和《分科大学改良办法说帖》，阐述了北京大学不可解散的原由及具体的改良办法，使北大避免了被解散的命运。鉴于张寄谦先生《严复与北京大学》一文对上述有关情况已有较为深入的研究，本文不再赘述。
    自从5月复学以后，北大走上正轨，渐有生机。 但严复却与教育部产生了不可调和的矛盾。他担任北大校长系由总统袁世凯直接任命，以他的学问、名望以及北大在全国的特殊地位，严复都没有重视同教育部搞好关系。教育部提出要解散北京大学时，严复一度主张北大“脱离教育部而独立”（注：未刊稿：《北京大学校志稿》，北京大学档案馆藏。），教育部明显感到严复不服从管理。在此期间，严复本人在校外兼职，如被聘为海军编纂处总纂和总统府顾问，既违反了教育部关于北大教员不得在校外兼职的命令，严复相应得到的优厚报酬更是引起了教育部官员的嫉妒。当时教育部官员日本留学生较多，留学英国的严复一向鄙视他们，讥之为“东学党”（注：严复：《与甥女何纫兰书二十七》，《严复集》，第844、845页。）。同教育部打了几个回合的交道后，严复感到教育部中的“东学党”时时反对自己，已很难留在北大。据说教育部秘书长董惇士颇专权，以严复吸食鸦片为由，示其辞职。（注：沈尹墨：《我与北大》[J]，载《文史资料选辑》，第61辑， 北京：中华书局1979年版，第244页。）1912年9月25日，严复已得知教育部有改任北大校长的计划。
    从严复个人角度而言，他接管北大后，遇到不少麻烦。三四月间，他在家信中向亲属表示，如果办学经费问题得不到解决，早晚当辞职。外间听说严复做了北大校长，相识或不相识的都来运动差事，借款合同签定后更是如此，极难应付。由于严复对教学管理职员都有较高的要求，自然得罪了不少人。
    这段时间内，严复受到不少流言蜚语的困扰，他苦恼不已，认为有些谣言系教育部所为，意在排挤他。1912年5月16日， 他再次向亲属吐露，北大“事至麻烦，我不愿干，大约做完这半学期，再行扎实辞职。”（注：严复：《与夫人朱明丽书五十九》，《严复集》，第776页。 ）
    严复晚年家大口阔，开支较大。作为一家之主，严复在外谋职肯定要考虑薪水问题。财政部发出减薪通令后，严复主动将自己的薪水减为每月六十元。根据严复自己的说法，这样的薪水连养马车都不够了。民国初立，社会动荡不安，严复常为寻找一块安身立命之地而发愁：“福建既不可归，上海无从插足，天津过于扰人，北京又危险如是，真不知如何打算，看来日后只可往秦皇岛忍耐孤单耳。”（注：严复：《与夫人朱明丽书五十九》，《严复集》，第779页。）由此可见， 严复对北京也无久留之意。
    由上述可知，严复在北大期间忍受了不少委屈。作为一个自尊心极强的人，并且事先知道了教育部改换北京大学校长的意图后，他绝不会坐等撤职，自取其辱。10月6日，其友许世芳深夜来访， 告之“前敌消息甚为不佳，官军连败三次，现已退至河南，恐其乘胜进京，一场血战……，滦州新军仍有谋天津消息”（注：严复：《与夫人朱明丽书五十九》，《严复集》，第778页。），力主严复尽快离京。 严复便于次日主动辞职，结束了他的职业教育生涯。
    严复当初接管北大时，本有学生反对；严复辞职后，北大多数学生欲加挽留，而教育部不容所请。学生内部因此发生分化，两派对立，校内空气异常紧张。教育部为此发出训令进行安抚，并解释说，改任校长是因为严复新授总统府顾问之职，责任繁重，若再以校事相属，恐有顾彼失此之虞；同时指出反对严复复职的学生也是“持之有故”，排挤严复的倾向十分明显。
    10月9日，袁世凯任命章士钊为北大校长，章氏因公留沪， 未能北上。18日，袁世凯任命马相伯代理北大校长，大多数学生反对此项任命。11月初，北大学生与马相伯发生冲突，“破口叫其滚蛋，且有欲动武者”。（注：严复：《与甥女何纫兰书二十七》，《严复集》，第844、845页。）严复担心再遭非议，于11月4日拜见教育总长范源濂， 声明学生种种暴动与自己无关。范氏感到非常抱歉，询问严复应如何料理北大，严复回答说，自己已不在其位，“但浮屠三宿桑下，不无恋恋之意，此事解铃系铃，仍应由部想办法，我则无可无不可。所欲奉助者，为教育顾大局，整顿学风耳。故虽出力，亦所不辞。大学非易办事，部当知之，但愿出力之余，不至依然招怨而已。”（注：严复：《与甥女何纫兰书二十七》，《严复集》，第844、845页。）显而易见，虽然严复已不在其位，但对去留不计成见，仍然愿意为整顿北大出力，只是不愿因此反遭怨谤而已。其后，他又多次在日记中提及北京大学，这说明他是非常关心北大的，或许，他还期待着复职的机会！