而且，琉球问题在黄遵宪看来绝不可等闲视之，因其实为日本向中国发出的试探信号。他认为，日本在推行新政迅速强大起来的同时，其扩张领土的欲望也急剧膨胀：“日本论者方且以英之三岛为比，其亟亟力图自强，虽曰自守，亦理有以小生巨、遂霸天下之志。”黄氏因此警告日人：“试展五部洲舆图而观之，吾诚恐其鼎举而膑绝，地小而不足回旋也。”（注：《日本国志》卷十《地理志一》。）这也足以解释在琉球之争中，黄遵宪为何力主采取强硬手段。
    基于在日本扩张势头初起时即应加以遏制的考虑，黄遵宪为何如璋草拟的文书也专从此立论。1878年5月8日以何氏之名写给李鸿章的一函，已见此意。信札首述在日与琉球官员会商各情：“阻贡一案，在神户时有球官来谒，察其词意，诚有如上谕所谓另有别情者。因饬其将阻贡后所有与日本往反文书，悉钞一分备览。寓东京后，驻日球使毛凤来等迭次求见，收其各禀。”阻贡的原因，在此函中也有准确分析：因琉球曾臣属萨摩藩，“近日本废其国内诸藩，遂欲举附庸者而郡县之。因琉球之臣事我朝也，必逼使贰我而后可以逞其志，此阻贡之举所由来也。”对于朝中的反应迟钝，“迟之又久，而我不言”也有委婉批评：“日人或揣我为弃琉球，疑我为怯。”而时不我待，日本废藩置县行将完成，“以后更难议论”。因此主张力争琉球，理由在于：
    （日人）阻贡不已，必灭琉球；琉球既灭，行及朝鲜。……又况琉球迫近台湾，我苟弃之，日人改为郡县，练民兵；球人因我拒绝，甘心从敌；彼皆习劳苦耐风涛之人，他时日本一强，资以船炮，扰我边陲，台澎之间，将求一夕之安不可得。是为台湾计，今日争之患犹纡，今日弃之患更深也。则虽谓因此生衅，尚不得不争，况揆之时势，决未必然乎？
    其判断形势，确有先见之明。总之，在何、黄看来，“无论作何结局，较之今日之隐忍不言，犹为彼善于此”（注：《何子峨来函》，《李文忠公全书·译署函稿》卷八，金陵刊本，1908年。）。
    至于所谓“揆之时势，决未必然”一说，乃是出于何如璋、黄遵宪对当时日本国力的体察。函中自许，“到此数月，旁观目击，渐悉情伪”，因而知“其今日固不敢因此开衅也”（注：《何子峨来函》，《李文忠公全书·译署函稿》卷八。）。在致李鸿章及总理衙门各函中，何、黄曾详细分析了日本的现况，概言之，即是“日本国势困敝，自改从西制以来，所费不赀，饷无所出；又甫经内乱，必不敢遽开边衅”。这对中国力争琉球，本是有利的条件。据此，何、黄向总理衙门提出上、中、下三策：
    一为先遣兵船，责问琉球，征其入贡，示日本以必争；一为据理与言明，约琉球令其夹攻，示日本以必救；一为反覆辩论，徐为开导，若不听命，或援万国公法以相纠责，或各国使臣与之评理，要于必从而止。（注：《总理各国事务衙门奏日本梗阻琉球入贡现与出使商办情形折》（光绪四年六月初五日〔1878年7月4日〕），《清光绪朝中日交涉史料》卷一。）
    何、黄自是倾向上策，但李鸿章与总理各国事务衙门均只取下策，致使东京方面的交涉的因失去奥援而于无效。
    虽然当局一意退让，何如璋、黄遵宪仍千方百计，谋求最佳结果。在7月间，总理衙门“据理诘问”的指示下达后， 何如璋等即去拜会美国驻日大使，寻求支援（注：参见《总署奏议覆何如璋函述日本阻梗琉球入贡一案相机酌办折》（光绪五年三月十九日〔1879年4月10 日〕），《清季外交史料》卷十五，1932年。）。以后，何又两次至日本外务省晤谈，向外务卿寺岛宗则就阻贡一事提出口头抗议。10月7日， 一封措辞强硬的抗议照会又提交给寺岛。照会历述琉球与中国之历史关系，并引据“琉球国于我咸丰年间，曾与合众国、法兰西（原误作“国”）立约，约中皆用我年号历朔文字”，为“琉球为服属我朝之国，欧米各国无不知之”的铁证，因此责问日本：
    今忽闻贵国禁止琉球进贡我国，我政府闻之，以为日本堂堂大国，谅不肯〈背〉邻交，欺弱国，为此不信不义、无情无理之事。本大臣驻此数月，查问情事，切念我两国自立修好条规以来，倍敦和谊。条规中第一条即言：“两国所属邦土，亦各以礼相待，不可互有侵越。”两国应遵守不渝，此贵国之所知也。今若欺凌琉球，擅改旧章，将何以对我国，且何以对与琉球有约之国？
    照会最后要求日本，“俾琉球国体政体一切率循旧章，并不准阻我贡事”（注：《清国公使致寺岛外务卿》，《日本外交文书》第十一卷，第271页，（东京）日本国际连协会，1950年。）。
    此照会递去，日方11月21日覆照，即以上述言辞为“陡向我政府发如斯假想之暴言，是岂重邻交、修友谊之道耶”（注：《寺岛外务卿致清国公使》，上书，第272页。），而拒绝接受， 日本驻中国公使森有礼甚至要求，此数语“须另删改，否则将照会寄还”清总理各国事务衙门。何如璋等却坚持，“如（琉球）贡事照旧，即将照会撤回，亦无不可”（注：《总署奏议覆何如璋函述日本阻梗琉球入贡一案相机酌办折》，《清季外交史料》卷十五。）。以后，何等又一再备文、面访，进行交涉，并在日本行将向琉球派出行政官员的前夕，发文阻止（注：参见何如璋等1878年11月29日、1879年3月12日致寺岛外务卿函， 《日本外交文书》第十一卷272-273页、第十二卷（日本国际连合协会，1949年），第176-177页，及注〔54〕文。）。日方废琉球为冲绳县的文告发布后，1879年6月10日，清使馆又照会日本外务卿， 驳斥其来文中以废琉球置冲绳县为日本“内政”的说法：“贵国之列在版图者，自称内政可也；琉球孤悬海中，从古至今，自为一国。即封贡于我，为我藩属，其国中之政教禁令，亦听其自治。”因而强调“琉球之事，我国理应与闻”。至于日方一再指责何如璋等去年10月7 日递交的照会“言有不当”，此件中也有申辩：“查前次照会，一则曰日本堂堂大国，谅不肯为，再则曰今若，三则曰无端，皆以为日本当无是事，正所以厚待贵国之处。汉文文义并无不是，而贵大臣屡以为言，想系贵大臣误认文义矣。”（注：《清国公使致寺岛外务卿》，《日本外交文书》，第12卷，第180-181页。）