除积极与日本外务省、内务省交涉，何如璋、黄遵宪等还不断向国内建言，仍取抗争姿态，以“日本若灭琉球”为前提而提出如下对策：
    ……宜一面明饬沿海诸省严防边备，一面撤回使臣，彼之使臣必随来乞议，而事可成。（注：《总署奏议覆何如璋函述日本阻梗琉球入贡一案相机酌办折》，《清季外交史料》卷十五。）
    也就是说，何、黄等已决心以绝交为手段，为琉球的存亡力争到底。
    可惜，此种强硬立场， 在清政府中却得不到支持。 李鸿章甚而在1879年9月8日给总理衙门写去《密论何子峨》一函，称何“交涉事情历练未深，锋芒稍重；其第一次照会外国省之文，措辞本有过当，转致激生变端”（注：《李文忠公全书·译署函稿》卷九。）。既然何、黄等寸步不让，使日本政府很难对付，清朝当权者又以其力争为多事、惹麻烦，以后琉球会商的撇开驻日使馆，直接由日本驻华公使与总理各国事务衙门打交道，便成为双方政府一致的选择。其间虽经前任美国总统格兰特（Ulysses Simpson Grant）居中调停， 最后的结局仍是不了了之。
    而从初次就琉球问题给日本的照会，即足以显示黄遵宪的强硬性格。即使私下与日本友人交谈，黄氏的态度也是公私分明，话锋格外凌厉。如1878年11月21日，即日本外务省回复中国使节第一次照会的当日午后，石川英造访清使馆，因琉球归属问题与黄遵宪有如下笔谈：
    〔黄〕琉球小国，从古自治，近为贵国小儿辈（执政之流）所欺凌。彼臣服我朝五百余年，欲救援之。
    〔石川〕琉球洋中一小国，先年为萨人岛津氏所夺掠，尔来贡于我，闻亦贡贵国，使者往贵国，忘用贵国年号；来于我者，用我国年号。中有漂然不为二国者。
    〔黄〕近年太政官乃告琉球阻我贡事，且欲干预其国政，又倡言于西人，既与我言明归日本，专属鼠偷狗窃之行，可耻孰甚？
    实则，石川英最初的话题本无关政治，因见馆中有琉球人，遂询问“琉球亲方各有文才学者乎”。而黄氏当时的全副心思显然都放在琉球交涉上，并气愤难平，才会答非所问，移师别向。与石川英同来的源辉声问及“琉球人笔话何故不许阅”时，黄遵宪也毫不客气地回答：“方与贵国议此事，他日事结，亦无不可观。此事不欲告日本人，少留日本情面也。”（注：《黄遵宪与日本友人笔谈遗稿》，第250-251页。）但其所谓“少留情面”，若与四年后，杨守敬与宫岛诚一郎笔谈时论此事为“其实两国皆争闲气”（注：1882年（明治十五年）12月7 日笔谈，见陈捷《杨守敬と宫岛诚一郎の笔谈录》。）比较，不难见出黄氏的政治家身份。
    在清使馆中，黄遵宪无疑对琉球问题最为关注。源辉声、石川英前来拜访时，何如璋与之闲话，黄遵宪却在另一房间和两位琉球使者笔谈，其中一位即是何如璋致李鸿章信函中所说“迭次求见”的“驻日球使”、法司官毛凤来（注：1878年11月21日黄遵宪与源辉声笔谈中，源问“那琉球先生姓名如何”、“两人官系何职”，黄答以“皆其使馆之官，一尚姓，一毛姓”、“毛法司，尚耳目”（《黄遵宪与日本友人笔谈遗稿》，第251页。）。此一细节， 亦足以显示在琉球之争中黄的主动力地位。另有自1876年奉琉球国王之命，假作“遭风漂泊到闽”的难民向中国求援的紫巾官向德宏，漂流四月，始于1877年4月到达福州。 当年光绪皇帝虽有谕旨，“饬令统行回国，毋庸在闽等候”（注：《军机处寄闽浙总督何璟等上谕 》， 《清光绪朝中日交涉史料》卷一。）， 其人却因使命未完，而滞留不归；1879年7月更北上天津，叩见李鸿章，“泣血呼天，立救国难”，乞援禀文中亦表示“生不愿为日国属人，死不愿为日国属鬼！”（注：《琉球国紫巾官向德宏初次禀稿》（光绪五年五月十四日〔1879年7月3日〕），《李文忠公全书·译署函稿》卷九。）黄遵宪对此人极为尊敬，《续怀人诗》中也专有一首咏其“波臣流转哭途穷”事，注中特意表彰向德宏“仅一微官，然间关渡海，屡求救援，国亡后誓死不归，或言今犹寓闽中”（注：《续怀人诗》其十六，《人境庐诗草笺注》卷七，第587页。）。 而此其人其事的铭记不忘，恰恰证明了黄遵宪始终以当年未能保全琉球为恨事。1882年3月，黄遵宪转赴美国，监行前， 有《奉命为美国三富兰西士果总领事留别日本诸君子》诗作五首。其驻日外交生涯中引为最大憾事的琉球之争也被首先言及，第一首后半云：
    唐宋以前原旧好，弟兄之政况同仇。如何瓯脱区区地，竟有违言为小球。（注：《人境庐诗草笺注》卷四第337页。）
    而且，直到黄遵宪晚年家居，琉球仍是其一大心病。此时，琉球的灭亡又与法占越南并举，分别吟成诗章，作为亡国的教训，以警醒国人。七古长诗《流求歌》以一亡国老臣的哭诉开篇，叙述琉球与中、日的历史纠葛及灭国经过。此一老臣的形象，显系合马兼才与向德宏为一，既如马氏之“颓髻斜簪衣惨绿”，又有向氏之“自嗟流荡作波臣”的经历。后段述及明治后的情景：
    一旦维新时事异，二百余藩齐改制。覆巢岂有完卵心，顾器略存投鼠忌。