日本对中国对外披露谈判内容表示不满，但北京政府外交部否认先行泄露中日谈判条件一说，“对于第三国探听，仅告以正在接洽，虽文件大旨，当局亦未稍露只字”。对于迟迟不能换文一事，外交部明示章宗祥须慎重，避免因措词不慎，而成永久攻守同盟(13)。
    美国政府早已注意到中日之间的外交接触，也注意到段祺瑞积极参与大战的军事准备，美国政府原则上赞成中国积极防备因德国与苏维埃俄国之间媾和而可能在东方战线产生的危险，认为中国在面对众多国内困难的情形下仍能有此积极态度值得赞赏(14)。在驻华公使芮恩施（REINSCH）的第一季度外交报告中，他认为中国政府对美国以及协约国的关系采取了一致友好的态度，并无特别对待，但与日本的关系却明显不同，日本显然试图趁机扩大在中国的影响力。美国对中日之间3月份的军事协定换文心存疑虑，认为尽管中日双方公开宣称此举目的是设法协调可能在西伯利亚和满洲的共同军事行动，但考虑到中国获得大笔贷款和出让各省市的特权，协定之外显然别有用意(15)。
    确定出兵原则以后，中日双方又经一番电报往来，确定由中国提出条件、日方答复的方式来完成换文手续。3月25日，《共同防敌换文》订立。换文规定“凡两国陆、海军对于此次共同防敌战略之范围应行协力之方法及其条件由两国当局官宪协定之”(16)。至此，中国在军事和外交上均已完成出兵西伯利亚的准备。
    芮恩施也在其外交报告中强调了中国政府内存在的亲日势力，“段祺瑞将军是在日本的财政援助下才于1917年完成推翻张勋复辟行动的，他完全了解这样一种事实：自己或中国政府能否推出一项政府计划，取决于日本政府的物资援助”，在芮恩施看来，段祺瑞内阁亲日的另外一个证据就是，著名亲日派人物曹汝霖担任两个主要政府部门——交通部和财政部的部长(17)。
    芮恩施的观点不无道理。一般认为，章宗祥属于亲日派，这种认识不能算偏颇，中日防敌换文的签署不能排除日方贷款所造成的影响(18)。在就任驻日公使前，段祺瑞曾告诉章宗祥，远交近攻主义不再适用，“中国对各国宜取一律看待主义，彼以诚意来，我亦以诚意往”，如果在应对日本的侵略时“仅赖美国牵制，然美亦不出全力，甚难得其实惠。至其他各国，惟坐视而已”。此种说辞难以摆脱为其亲日外交作辩护之嫌，但反映出段祺瑞对日外交态度的转变(19)。
    二陆海军军事协定及其公布之交涉
    由于北京政府一直未能将共同防敌换文公布，各界将报端所载消息求证于外交部。换文内容一直被掌控在很小的范围内，以至于北京政府驻外使馆也不了解换文的细节。驻美、驻英公使分别致电外交部，询问在西伯利亚问题上中日之间协定的具体情形。驻英公使施肇基担心该协定果如报纸所言，“中、日共同防敌，所商条款，与前日本人要求五条（即二十一条要求中的第五条）相似”，要求外交部坚持维护中国主权(20)。外交部在回电中指出，自俄国革命以来形势纷乱，中俄边境相接，不能不有所防备。由于协约国迄今未有明确的对俄态度，而中日“又系比邻，远东大局安危与共，对于防御德力东渐，自不能不有所协商”，但中日之间的磋商仅限于共同防敌，且只在必要时实行(21)。 
    反应最为激烈的当为国内各界。5月1日，江苏省教育会要求政府公布协定，“教育人员负责指导国民之责，佥谓缄秘反滋口实，不如宣布，可免误会”(22)。四川代表胡炳堃、安徽代表卢前策等在中华全国商会联合会大会上呼吁政府公布中日交涉情形，并强调该协定“万一有碍国体，我商民决不承认”。大会还公推出4名代表赴京，他们分别是直隶代表荫昌、湖北代表殷尔彝、江苏代表王文典及湖南代表周均国，“请求宣示报载中、日缔结密约情形，以免误会”(23)。徐永昌在日记中曾提及当时的舆论，认为此种协定简直与日韩合并是一类性质(24)。
    5月21日，北京大学、北京高等师范学校、工业专门学校及法政专门学校等学生全体到总统府请愿，要求废止中日军事协定并要求宣布内容。客观而论，不论是段祺瑞还是南方革命派在党派之争中无法做到超然，段祺瑞的借款和力主中日协定的目的显然性质并不单纯，但其也并非南方革命派所言，以签订丧国条约为代价，为扩充一己军力而取得日方借款。问题在于北京政府还未做好公布中日协定的准备，即使北京政府希望公布协定，能否从日本方面得到允许也是一个问题。
    中国国内纷扬的舆论压力令日本感觉到不安，日本芳泽谦吉参事为此专门晤见外交总长陆徵祥，要求中国政府压制国内日渐强大的反对声音。引起日本关注的是一本名为《一发危机半条血路生死存亡问题》的小册子，该书是在上海法租界内印制，作者为孙镜。芳泽指出，“此次在日本，中国学生反对军事协定之运动，似乎多由该书而起”，要求中国设法阻止该书的传播。在芳泽看来，更为严重的是，中国留日学生已经陆续回国，声言抵制中日协定，并要暗杀当局诸人。陆徵祥告诉芳泽，他将通知上海、汉口等处地方官员，密切留意此类学生动向(25)。
    在国内各界的质疑和反对声中，北京政府正为中日协定的签署做最后谈判，希望从条文上尽力防止疏漏。外交部在致国务院的电文中强调，此次军事协定条款，虽然明确其时限为中日对德奥战争状态终了时为止，但“对于前次换文应以何时为有效期间，并未声叙”，“若将此节脱略，手续上究欠完备”(26)。
    5月16日，饱受各界质疑的中日《陆军防敌军事协定终于签署》。3天后，中日《海军共同防敌军事协定签署》。至此，中日完成了形式上对德、奥的军事同盟。其中陆军协定第十条，海军协定第七条均规定两国将此协定作军事秘密，不对外公布(27)。
    芮恩施在1918年第二季度外交报告中分析了其对该协定的认识。他指出，中国政府相信该协定符合西伯利亚前线出现的形势，对中国主权毫无损害，而批评意见主要是针对其一直保密的谈判过程，以及对其他协约国的排斥。还有一种可能性也是批评者所担心的，即协定对干预中国内政可能带来的长远影响及随之而来的对中国资源的控制(28)。芮恩施对中国国内的批评意见可谓评价到位。