至四月初，黄遵宪还想挽留皮锡瑞在湘襄赞新政。皮锡瑞四月十二日的日记谓：“公度见面即云有事奉商，课吏堂五月开，乔茂宣回电不来，欲留我在此，勿往江西。我云已到右帅处辞行，不能不去。彼云将自往见右帅，看说得通否，劝再等两日。课吏事予固不敢应……江西此刻必须一往，有事早回尚可，右帅必不允我留湖南，恐公度亦空头人情，日内须等轮船，看彼如何说法。”正如皮锡瑞所料，陈宝箴已不允许他再留湘中，黄遵宪只好约他早归：“公度廉访约学会一叙，饭后到学会，公度旋来，云课吏事得一同乡暂开办，约我早归，以三个月为期，此刻不便强留。闻江西有信催去，中丞亦不允也。”事实上，陈宝箴早已安排好轮船，于四月二十日专程送皮锡瑞经汉赴赣。（注：《师伏堂日记》，光绪二十四年四月十五、十九日。）
    其次，皮锡瑞离湘后，南学会并未“停讲”，而是因“天热”曾休讲。
    《湘报》第75号所刊《南学会申订章程》云：“天时渐热，人多气郁，难以宣讲。本学会议暂停止，俟有阴雨凉爽时，或所得新理及新闻时事，须集会友讲听者，当择期预行刊报布告。”这里已申明南学会仅因天气太热而决议“暂停止”，一旦天气转凉，或有“新理”等就会复讲。过半月，即四月廿八日，《湘报》第88号就刊出“南学会告白”，云：“现在天气凉爽，本学会定于本月三十日宣讲，愿来听者请先期领取凭单。”四月三十日，讲学按期举行（见前文）。可见，皮锡瑞离湘前，南学会做出的只是“休讲”决定，皮锡瑞离湘后10天，南学会就恢复了一次讲论。另外，据皮锡瑞称，早在湖南新旧两派斗争尚不激烈的三月初，陈三立即准备南学会在天热时停讲。“往见伯严……彼云：可候端节去，秋节归，此间天热，亦须停讲。”（注：《师伏堂日记》，光绪二十四年三月初十日。）
    有研究者认为：“据《湘报》载，南学会是因‘天时渐热，人多气郁，难以宣讲’，从而辍讲的。但最后一讲也只五月，还不炎热，不能成为理由，它的辍讲，实遭封建势力所破坏。”（注：汤志钧前引文；《戊戌变法史》，第291页。）实际上皮锡瑞四月初十日记云：“两点钟登堂讲毕，秉三接讲一段。天热，人气薰蒸，殊不可耐，三点钟止。听讲者亦有二百余人。”因为人多而场地小，演讲者和听讲者都受不了“薰蒸”，故较往常缩短了一点钟。王闿运曾逐日记下戊戌年湖南的天气状况，留下难得的史料。据其日记，本年5月5日（农历闰三月十五日）即立夏，所记闰三月（4月21日至5月19日）湘潭天气，为“晴，热”，“大晴，甚热”，“晴，煊，南风似夏，烈日灼人”，“大热，单衣犹汗”，所记四月（5月20日至6月18日）衡阳天气，则“晴热”之天近两旬，如初四日“晴，热，南风似伏日”，初八日“晴，日烈如火，墙壁皆烧”。（注：马积高主编、吴容甫点校：《湘绮楼日记》第4卷，岳簏书社1997年版，第2138-2152页。）南学会商议以“天热”为由休讲，及皮锡瑞日记中所记“天热，人气薰蒸，殊不可耐”，正好在这个时候。另《湘报》第134号“示期开馆”告示云：“时务学堂前因天气炎热，所有各班学生自五月十八日、二十日起分别放假各五十日。”《湘报》第150号“藩宪牌示”又谓：“照得本学堂定章，暑假原只半月，前因本年异常酷热，特宽假至五十日之久。”可知，1898年的湖南确实热得厉害，南学会议事会友在四月初做出休讲决定，“天热”确是原因。
    南学会虽因天热不便集会讲学，但其他活动仍在积极进行。
    如添设月课，其对象为加入南学会的时务学堂学生。《申订章程》规定：“时务学堂学生额数至百名之多，功课极繁，现议将该学堂季课改为南学会月课，自五月初一日起，由学长命题、校定、核示，择尤赠以奖资，但须会中之人得应此课。”《湘报》第95号（五月初八日出版）刊出南学会课题七道，并说：“以一艺为完卷，能多作者听，约十日缴卷。”后《湘报》第149号、第151号、第153号登出南学会课取的一、二、三名试卷。从交卷到阅卷、评定等次，往往需要一段校长的时间，可见南学会自五月至七月，一直在做月课的事。再如放幻灯片。南学会改章后，特向时务学堂借来各种科学仪器，供会友观测。《申订章程》说：“时务学堂购到各种图器，有大天文镜，可以测行星，大显微镜，可以查微物。兹逢金星（傍晚时出）、土星（每晚十点钟时出）出现之时，本学会已向学堂借观。各会友愿阅者，请先期遣人持入会凭单挂号，以便订期约观。”章程刊出后不到半月，《湘报》第84号登出“南学会告白”云：“南学会定期于本月二十五日戌刻看天文镜，二十六日未刻看显微镜，各会友愿看者，祈即遣人持入会凭单挂号。”又如添置书报。《申订章程》说：“本学会所藏书籍，准人领取阅书凭单入内流〔浏〕览，现计每日有数十人之多。兹将添购各种新闻报章，自本月十五日起，愿阅报者，照章领凭择观。”并附列各种报刊名目及份数，除《湘报》、《湘学新报》各10份外，计有《时务报》、《申报》、《万国公报》、《知新报》、《苏报》、《国闻报》、《大公报》等外埠报刊22种58份。
    此外，五月以后，《湘报》还陆续刊有南学会问答、捐助书籍题名录、捐赀题名录，以及《巴陵县周馨之明府至德在奎光阁开南学分会讲义》、《沅州设立南学分会公启》、《向味秋院长上文在沅州府南学分会讲义》。这些无不向省内外表明，学长虽已离湘，南学会仍然在正常进行各项活动。而远在江西的皮锡瑞，多次写信询问学会是否仍在讲学，并说自己不想郁郁久居江西，极愿回湘继续讲学。如五月初三日致信黄遵宪说：“公去后无人护法，中丞不能常至，讲学一事，未知能否复行？”六月廿一日致陈三立信中说：“课毕当在暮秋，南学会犹讲学否？若须弟早归，即提一课，重阳后可归。”七月初五日，皮锡瑞接到黄膺来信，知新政大受阻挠，“学会将散，孝廉盘踞，宣翘已去，伊亦将辞，修金不能全送”，可知南学会在守旧势力的打击下，此时才真正有生死之忧。另由“修金不能全送”，可见皮锡瑞虽然离湘，仍然兼掌学长之职。七月廿四日皮锡瑞在日记中称，黄膺又来函，“云朝政维新，新党之气大伸，旧党已如爝火……学堂总办属颂年（汪诒书），教习请沈子培（沈曾植），学会仍请我宣讲，劝我于中秋前赶到”。（注：以上各见当天日记。）可见湘中仍在努力维持南学会和其他各项新政，并想利用北京维新之机，再次大干一场。可惜北京不久发生政变，湘中新政也随之俱毁，南学会遂于八月二十二日以“迹近植党”，由张之洞电饬查封。