近代以来的世界殖民主义经历了产生、发展、兴盛、衰落与瓦解的历史进程，西方殖民主义在东南亚的活动也大体上经历了这一进程，不过因具体条件不同，东南亚的殖民主义史带有某些地区性特点。
    1415年葡萄牙人占领北非摩洛哥的休达地区，建立了第一个殖民据点，可视为非洲殖民地化的起点，也是近代殖民史的开端。1492年奉命于西班牙国王的哥伦布在西印度群岛的登陆，是拉丁美洲殖民地化的起始。因而15世纪是近代殖民主义历史开篇的世纪。由于地理的原因，西方殖民主义到达东南亚的时间要比非洲和拉丁美洲晚一些年。如前所述，直到16世纪初叶葡萄牙人攻占马六甲王国时，东南亚才开始殖民地化的历史进程。 正如霍尔所指出的， “亚洲感觉到欧洲人统治的威胁是从1511年（马六甲被占）开始的”。（注：（英）D·G·E·霍尔。 东南亚史（下册）[M].商务印书馆，1982，822.）因而，东南亚的殖民地化起始时间比非洲大约晚100年，比拉丁美洲也要晚10多年。
    东南亚殖民主义史的发展和兴衰可以分为以下几个阶段：
    （一）16世纪初至18世纪末，是殖民主义在东南亚的早期活动阶段。这时，西方资本主义发展尚处于资本原始积累时期，其殖民活动是以商业资本为基础的。这是商业殖民主义时期，殖民国家普遍奉行重商主义政策。
    第一批到达东南亚的西方殖民者是葡萄牙人和西班牙人，接踵而至的是荷兰、英国和法国。在近代殖民史上，1500-1600年是葡萄牙和西班牙这两个伊比利亚半岛国家对外殖民侵略为主的时期，因而被称为殖民历史的“伊比利亚阶段”。（注：（美）斯塔夫里阿诺斯。全球通史，1500年以后的世界[M].上海社会科学出版社，1992 （中文版），123.）葡、西两国均是中央集权的封建专制国家， 商业资产阶级力量薄弱，无力单独组织对外殖民事业，因而两国的海外探险与殖民活动主要是由国家、王室政府出面组织和推动的。
    这一时期的殖民掠夺政策是以最残酷的暴力为基础的。葡、西两国的殖民活动以武力征服为主要手段，掠夺金银财富，屠杀土着居民，争夺对香料产地的控制和垄断海上贸易，是他们在东南亚殖民活动的基本内容。封建王室直接控制殖民远航，垄断商业贸易和对殖民领地的统治。贵族、商人、教士在殖民征服中三位一体，互相结合，而贵族起着主导作用。在葡、西两国的殖民领地中，按照宗主国的统治模式，建立的是以总督为首的政教合一的殖民专制统治体制。
    殖民掠夺给它们带来巨额的财富，葡萄牙、西班牙的宫廷一时成为欧洲巨富。但西、葡从亚非拉国家（包括东南亚）所掠夺的大量财富，并未转化为本国的资本，用来发展其资本主义工业，而是花费在王室、贵族们的奢侈享受上面，相反却在荷、英等西欧国家转化为资本。随着西、葡的衰落，从它们的海外掠夺中得到实惠的荷兰、英国却日益发展。1588年西班牙“无敌舰队”的覆灭，宣告西班牙海上霸权的丧失，荷、英、法的殖民势力迅速崛起。
    16世纪末，荷兰发生尼德兰革命，摆脱西班牙的控制获得独立。17世纪的荷兰成为“当时标准的资本主义国家”。1640年英国资产阶级革命胜利，迅速走上资本主义发展道路。两国商业资本发达，商业资产阶级力量壮大，因而，荷、英的殖民活动方式与殖民政策具有不同于葡、西的特征。
    在国家支持下，主要由商业资产阶级组织的殖民贸易公司是这一时期的主要殖民工具。1600年、1602年、1605年，英、荷、法三国先后成立东印度公司。这些公司通常从本国国会和政府获得宣战、缔约、征服和统治殖民地等大权。荷兰联合东印度公司和英国东印度公司在东南亚的殖民活动中起了重要的作用。并且为宗主国资本主义工业的发展，在资本的原始积累过程中发挥了巨大作用。
    16-18世纪的早期殖民时期，西方殖民活动主要是在东南亚国家沿海地区建立商馆和兵站，除西班牙人开始进入菲律宾北、中部的岛屿内陆外，其他殖民国家的势力均未深入东南亚国家的腹地。它们所建立的殖民地仅具有商业殖民地性质，并且主要限于东南亚海岛地区。东南亚大多数国家，包括马来半岛、北婆罗洲和中南半岛上的诸封建国家在政治上仍保持独立，以商业贸易公司为代表的殖民势力，虽在海岛地区广泛开展了掠夺性的贸易活动，其重点在控制贸易和航路，并在条件许可的情况下从事领土兼并与政治控制以及赋税榨取，但其影响和活动的领域仍是相当有限的。到18世纪末，随着工业革命的开展，工业资产阶级兴起，并超过了商业资产阶级的力量。商业资产阶级为主体的贸易特许公司衰落，早期殖民时期结束。1800年荷兰东印度公司的被解散，标志着东南亚早期殖民主义、即商业资本殖民主义阶段的基本结束。
    （二）19世纪初至1870年代是东南亚殖民主义发展史的第二阶段。这时工业革命首先在英国，而后在法、美、德等西方国家相继完成。近代工业建立，世界资本主义发展到自由贸易和竞争了的阶段，商品输出为其主要特征。这是工业资本或自由贸易的殖民主义时期，工业资产阶级日益取代商业资产阶级成为剥削和奴役殖民地的主要力量。国家政权取代贸易垄断公司的位置，成为殖民侵略和扩张的直接组织者。重商主义政策已被自由竞争的经济政策所取代。
    在这一时期，英法取代了葡、西、荷成为主要的殖民国家。率先完成工业革命的英国，利用其经济上的优势，并通过一系列海上争霸的战争，击败了荷兰和法国，登上海上霸主的宝座，成为“日不落”的头号殖民帝国。以1811-1816年英国统治爪哇、1819年英国占领新加坡、1824年第一次英缅战争爆发和1826年海峡殖民地建立等历史事件为标志，东南亚殖民主义史揭开了新的一页。与前一个时期不同，欧洲殖民国家进入领土扩张时期。它们通过殖民征服战争和政治欺骗等手段，其势力开始进入东南亚国家内地。不仅海岛地区，而且中南半岛上的封建王国也已遭到殖民侵略的严重威胁，东南亚国家经济上成为了西方殖民列强的商业市场、原料产地，政治上的独立和主权日益丧失。
    19世纪是东南亚殖民地化和边缘化的重要时期。如果说，“19世纪以前，包括东南亚在内的亚洲在同国际市场经济关系上仍是个‘外缘以外的区域’”（注：（美）斯塔夫里阿诺斯着，迟越、王红生等译。第三世界的历史进程（一册）[M].北京商务印书馆，1993，160.）的话，那么从19世纪上末叶起东南亚便开始卷入世界资本主义市场范围之内。各国前资本主义的、封建的自然经济不同程度地被破坏，商品货币经济日趋发展。进入19世纪，西班牙在菲律宾实行放宽贸易限制政策的改革。允许英美等国商人在马尼拉开设同行。1815年又取消垄断性的“大帆船贸易”，允许拉美诸西属殖民地与菲律宾直接贸易。从1834年起，陆续开放马尼拉等为世界商港，使原来处于半封闭状态的菲律宾变为一个开放型的殖民地，农产品商品化和对外贸易发展起来。在具有自由贸易思想的莱佛士的倡导与推动下，爪哇在英国的统治期间（1811-1816），实行鼓励自由种植和自由贸易，发展商品货币经济的改革；1819年英国占领新加坡后，莱佛士在此积极推行自由贸易政策，使新加坡迅速成为自由贸易的国际港口。与此同时，英属下缅甸、法属交趾支那与柬埔寨，以及与英美法等签订了商务条约的暹罗，与西方的贸易关系也迅速发展，它们的农产品，特别是大米生产起上了商品化的道路，与国际市场挂上了钩。
    （三）19世纪末至20世纪40年代初是东南亚殖民主义史发展的第三阶段，此时，资本主义已进入垄断阶段。资本输出取代商品输出成为主要的剥削手段，这是垄断资本主义的殖民扩张时期，在这一时期，殖民列强已将世界各殖民地瓜分完毕，并展开了重新瓜分殖民地和势力范围的斗争。1914后-1918年的第一次世界大战就是帝国主义大国之间争夺殖民地与势力范围的一场大厮杀。进入20世纪初期，西方殖民国家已基本上将整个东南亚地区瓜分完毕。除暹罗（泰国）以外，东南亚国家均已沦为西方列强殖民地、保护国。