与此同时，敦煌石窟遗址的科学管理工作也列入议事日程，敦煌研究院制订了《莫高窟总体规划》及一系列管理制度，充实了管理机构，使敦煌石窟的管理工作逐步纳入科学化、正规化、法制化的轨道。1997年，莫高窟获得“世界文化遗产管理先进单位”荣誉称号。
    在敦煌艺术研究方面，仅敦煌研究院共临摹石窟壁画2000多幅、彩塑30多身，制原大洞窟模型8个， 使该院在壁画临摹方面处于国内领先水平。通过敦煌石窟历史考古研究，整理公布了《敦煌莫高窟内容总录》、《莫高窟供养人题记》等一批基础资料，成为敦煌学研究的必备参考书；依据洞窟艺术风格，采用考古类型学进行了分期断代研究；结合敦煌文献考订出了一批洞窟的修建年代及其窟主，勾勒了敦煌石窟营造史的轮廓；清理发掘了南区窟前殿堂遗址和北区洞窟；调查、考证、解读了大部分壁画的内容，探讨了壁画内容产生的背景与石窟的性质；在此基础上，敦煌研究院又正在按佛教、社会、艺术的分类对壁画的内容进行全方位的系统的研究。
    目前的敦煌研究院已是国家特设的专门从事敦煌文物保护、研究的机构，也是我国石窟文物保护研究的基地。现有在编职工242人， 兼职职工15人。研究院设有石窟保护研究所、美术研究所，考古研究所、文献研究所等10余个部门，是全世界最大的敦煌文物保护研究专业实体。
    敦煌文物保护研究的对比，充分证明了江泽民同志关于三个代表的论述。没有中国共产党，就没有敦煌莫高窟的今天！