第三，门卫制度。由于史馆是机密单位，常常修纂《实录》这样事涉宫闱的秘典，所以一般是不准闲杂人员随便出入的。万历间史馆总裁张居正要求“除典守誊录人役随同共事外，一应闲杂人等，不许擅入！”（注：张居正：《议处史职疏》，《张太岳全集》卷三十九。）太宗时曾与修《太祖实录》的史官李至刚，“尝以罪褫冠服，平巾（即着便服）入史馆供职，阍人谁何之。李既不敢举其衔，又非徒役，乃自称‘修史人’”（注：焦竑：《玉堂丛语》，卷之八，《谐谑》。）。这则记载说明明代史馆的门卫--“阍人”是比较负责的。此外，史馆还设有校尉负责守卫。修《大明会典》时，就有“校尉照旧应用”。
    第四，考勤制度。凡是在史馆修史的史官，每天上班必须签到，倘若迟到或旷工，则进行登录，并将其名字公布出来以通报批评。景泰间，史馆纂修《环宇通志》，“馆中诸公日多不至”，史馆令“门吏每晨会后具报到否，揭不至者职名于东阁上”（注：尹直：《謇斋琐缀录》卷二。）。
    第五，纂修制度。它是史馆的业务管理制度。明代史馆依据修纂项目的需要，设立监修，以勋戚充任，对史馆进行政治监督；业务上设立正副总裁，由内阁辅臣和翰林院学士充任，进行业务领导和规划，由纂修官具体编纂，同时设立催纂加以督促，此后又有校正官进行文字校正和史实核订，最后由誊录官进行缮写。在史官进行修纂的同时，还设有收掌典籍官，负责档案邸报奏疏等史料的管理。可以说基本上做到分工合作，行之有效。史书修完，还要进行统一体例的工作，廖道南指出：纂修国史，每分为十馆，……十馆所修不能统一，则择人总勘。”（注：廖道南：《殿阁词林记》卷十七，“开局”。）然而，纂修管理上也存在一些积弊，使得史籍的修纂久拖不成。万历时，首辅大学士兼总裁张居正鉴于《世宗实录》迟迟未能修完的局面，提出了实行正副总裁责任制，专任责成，定期完成的目标管理制度：“事必专任乃可以图成，工必立程而后能责效。……盖编撰之事，草创、修饰、讨论、润色，必工夫接续不断乃能成书，而职责要紧又在副总裁官。吏部右侍郎诸大绶、礼部右侍郎王希烈原系《世宗皇帝实录》副总裁，今各馆草稿未经修饰，宜责二臣专管……立为程限，每月各馆纂修官务要编成一年之事，送副总裁看详；副总裁务要改完一年之事，送臣等删润。每年五月间、十月间，臣等将纂完稿本各进呈一次。大约终月可完一年之事，终季可完三年之事，从此渐次积累，然后后功可期。”（注：《神宗实录》卷五，隆庆六年九月辛亥。）这种修纂制度上的改革，使卷帙浩繁的《世宗实录》得以顺利完成。
    第六，奖励制度。史馆每完成一部史书都要实行奖励，其形式是赏赐和升擢。以纂修实录为例，监修和总裁在明代前期各赏赐白金一百两、彩币六表里，织金罗衣一袭，马一疋并鞍一副；纂修官各赏四十两白金，后期略少。赏赐对象是所有参加实录修纂的史馆工作人员，甚至裱背、军校、匠役、吏员等。除了病故或受处分的外，可谓人人有份。赏赐钱物外，明朝政府还要对实录修纂人员进行升擢。升擢一般都是晋升一级官职或升俸一级，且都为京官而不外升。那些位极人臣的监修、总裁官已极品，无法再迁，便加授荣誉职衔如少师、太保、太傅、柱国、光禄大夫等。那些位低职卑的官员，实录修成后并不升其职，而是升俸一级。史馆的奖励制度对史馆修纂活动的正常进行起到了一定的推动作用。
    但是，史馆并非完全的实体机构，没有人事权，对来自各衙门的史官难有有效的管理和约束，所以有时候史馆管理的效果并不十分理想。史官常常散漫无纪：他们随便请假不来上班，在外面租私寓“逍遥宴饮”（注：《熹宗实录》卷五十五，天启五年正月癸酉。），他们天热时不顾体面，竟在史馆“多亵服执笔”，以致于景泰帝看见后，还以为是收拾笔墨并负责锁门的匠人（注：尹直：《謇斋琐缀录》卷二。），他们甚至在史馆中吵闹对骂，斯文扫地。景泰间修《寰宇通志》，史官丁珵与宋怀“忿怒失色，詈言于馆中”，有人写诗讽刺道：“参议丁公性太刚，宋卿凌慢亦难当。乱将毒手抛青史，故发伧言污玉堂。……”（注：尹直：《謇斋琐缀录》卷二。）这些管理上的缺陷，使史馆的修书活动常常出现懈怠弛废的局面。
    明代史馆的更革，与明代皇权强化息息相关。首先，明代史馆承元之制，改变了唐宋以前相对独立的馆阁形式，并入以文学侍从和艺技供奉为主职的翰林院中，并由内阁插手其中，以致于使史馆的面目变得十分模糊。其次，第一次设立了以政治监督为专职的监修一职。唐代虽设监修，但由文臣（宰相）担任，其职能是业务领导，相当于明代的总裁。明代的监修则由武臣担任，这些人多为朝廷勋戚，代表皇帝对史馆进行监控。这些更革，为后世积累了丰富的经验和教训。从清代实录馆的运作来看，很多方面都吸收了明代史馆的经验教训（注：参见王清政《清代实录馆考述》，《江汉论坛》，1999年第2期。）。 比如正副总裁的专任责成制度，便是对张居正经验的继承。再如清代修史机构对监修总裁（相当于明代的监修）的人选进行改进，由既是皇帝亲信又具有业务能力的高级文臣担任，便是汲取了明代监修由外行的勋戚武臣担任而形同虚设的教训。明代史馆在史书修纂机构的发展史上起到了承前启后的作用。