当时，国民党政府的官员十分腐败。“九·一八”事变后，前线将士浴血抗日，但装备较差，粮饷不继，广大人民饱受日寇蹂躏，过着难以想象的苦难生活，而两任行政院院长孔祥熙和宋子文无视国家前途命运，大肆贪污中饱，成为发国难财的新贵族。这种不平等现象激起傅斯年的强烈愤慨，他立刻发起反孔倒宋斗争。
        孔祥熙是国民党统治集团的重要成员之一，长期担任财政部长，1933年后又出任行政院副院长、院长。孔祥熙在担任上述职务的11年中，贪赃枉法，大发国难财。当时被揭露出的大贪污案就多达6起，其中最典型的是美金公债案，即孔祥熙和国民党中央国库局职员朋分美金储蓄券一事，孔分得3504260美元，该局职员也分得7995740美元，借以牟取暴利。该案消息传出后，傅斯年设法搞清内幕，在参政会上对孔祥熙提出质询，甚至准备好材料，愿与孔在法庭上对质。傅斯年的老师胡适怕事情闹大，来信劝傅息火，傅未加理会。蒋介石为保住自己的心腹，也亲自宴请傅斯年，为孔氏说情，傅仍不为所动，继续反孔。傅斯年掀起的倒孔浪潮使孔祥熙名声扫地，被迫下台。
        孔祥熙下台后，宋子文继任行政院院长。宋之腐败较前任有过之而无不及。他作风霸道，“各部长建议，置之不理是最客气，碰钉了更寻常。这是他有兴趣的部。如无兴趣的部，则路人相待，反正要钱无钱，说话不理”。[5]而对“一切其他人，他都不愿见，见亦无可谈，开会不到，立法院参政会请他不来，至于人民请愿，更不待说，见人傲慢而无话，似乎奴隶之外全是他的敌人。”傅斯年愤怒地说：不仅“民国‘民主’不容有此，即帝国专制又何尝可以，只有中国是他的私产，他才可以如此做的。”[5]此外，宋子文还利用职务之便，中饱私囊。1945年上半年，宋子文以筹备抗日经费为名，令黄金持有者献出40%的黄金，他趁机大捞一把。抗战胜利后，他怂恿部下以“接收”为名，到处掠夺，致使民怨沸腾。1946年3月，宋子文又打着稳定市场与法币的旗号，大量抛售中央银行储备美元和黄金，在1946年3月至11月间，宋氏家族控制的孚中公司借机套购15337万美元，孔氏家族控制的扬子公司套购18069万美元，两家共套购33406万美元，占中央银行售出外汇总额的88%左右，大发横财[6]（P282-283）。这一消息传出后，舆论大哗，傅斯年怒发冲冠，全力倒宋。1947年2月15日，傅斯年在《世纪评论》上发表了《这个样子的宋子文非走不开》一文，深刻揭露宋子文的种种不法行径，大呼“国家吃不消他了，人民吃不消他了，他真该走了。”他警告说：必须“彻底肃清孔、宋二家侵蚀国家的势力。否则政府必然垮台。”[5]这篇言辞激烈、有理有据的文章在社会上引起强烈反响，宋子文遂成众矢之的，不得不辞去行政院院长之职。
        国民党政权是建立在半封建半殖民地社会的基础之上的，受到帝国主义、封建主义和官僚资本主义势力的左右，腐败现象十分普遍。因此，傅斯年虽然将贪污腐化的两任行政院长孔祥熙和宋子文打倒，但无法彻底解决国民党政府中的腐败问题。然而，傅的反孔倒宋壮举也多少有利于抗战大业和社会进步，应该予以肯定。
        三、对民主的倡导与实践
        傅斯年不仅对封建道德和不平等现象等与民主相对立的东西进行批判斗争，而且为争取民主奋斗了30余年（1918-1950年）。这表现在以下几个方面：
        首先，他倡导个性解放。傅斯年在批判封建伦理道德的同时又指出：“我们必须建设合理性的新信条。”[1]所谓“新信条”，就是提倡个性解放，用他的话来说，就是要“充量发挥己身潜蓄的能力，却不遵照固定的线路”，摆脱个人之外的阶级、家族、地方、国家等一切束缚，“一意孤行”，“只承认大的方面有人类，小的方面有我”。[3]这种主张虽然过于偏激，无法实现，但它是对封建伦理道德压抑个性，否定人的价值的观念的彻底背叛，有利于冲破封建伦理的束缚，促进人们的思想解放。
        其次，他描绘了一幅自己心目中的“社会主义”蓝图。早在1918年，傅斯年就表现出了对社会主义革命的向往。此后，他屡次提到社会主义。1945年，傅斯年又接连发表了《罗斯福与新自由主义》和《评英国大选》两篇文章，较系统地描绘了自己的“社会主义”图案：即“破除社会里各种阶级”，对那些有关国计民生的生产资料（如土地、矿产、钢铁、交通、银行等）实行国有；[7]政府对生产实行调节，有计划生产；分配上“大家对于社会--效的劳平等，受社会的报酬也平等”。[8]
        怎样实现“社会主义”呢？傅斯年在1918年11月12日写了《社会革命--俄国式的革命》一文，认为“俄国式的革命--社会革命要到处散布了。”又说俄国革命“是现代应当有的事情，将来无穷的希望都靠着他做引子”，[9]表达了对十月革命的向往和羡慕之情，言外之意是说中国也应当走十月革命道路，通过暴力革命实现社会主义。可是，傅斯年并没有真正理解俄国十月革命道路，没有坚定的社会主义信念。不久，他写了《去兵》一文，认为兵对社会纯害无益，主张取消军队，反对暴力革命。次年，傅斯年在《新潮》上发表了《朝鲜独立运动之新教训》一文，进一步指出非暴力革命比暴力革命高明，单纯学生运动最纯洁。三年后傅又反对工人罢工。[10]到了晚年则主张由政府实行自上而下的改革。由此可见，傅斯年基本上反对暴力革命，改良主义是他实现社会主义的主要途径。
        再次，他力争实现教育平等。傅斯年长期在高等学校任教，并一度担任北京大学代理校长（1945-1946年）和台湾大学校长（1949-1950年）之职，在实践中逐渐形成了教育平等思想。傅斯年认为，当时社会上存在着严重的贫富不均现象，国家又不设立“奖金助金”帮助“有才无钱”的人，致使许多贫家子弟无法求学，他十分痛心。为改变这一状况，傅提出了三条主张：
        第一，解决贫家子弟求学难问题。富人后代受教育从来不成问题，但贫家子弟则十分困难。为了使那些品学兼优的穷学生完成学业，成为社会有用人才，傅斯年在1932年执教北大时就建议国家、省、县、学校及社会团体设立奖学金。他当上台湾大学校长后，又设立贫家子弟奖学金，[6]（P357）以缓解穷孩子求学难的问题。