第二次世界大战中，日本细菌战部队的罪恶，已为中、美、日、英等许多国家有良心的学者和记者所揭露，然而，关于日本军部对该部队的领导和密不可分的关系，却论述不多。日本军部对各战斗部队的严密控制和领导，是众所周知的。但由于731部队等细菌战部队的极端罪恶性的性质，至今一涉及日本军部对这些细菌战部队的领导责任，仍使人触目惊心，愤慨不已。这里，根据我所掌握的资料，作如下论述。
    一、日本军部积极策划和建立细菌战部队并使之成为侵略政策的一部分
    细菌武器是一种违反起码人道原则，异常残酷和惨无人道的战争工具。1925年，各国在日内瓦签订了禁止在战争中使用细菌武器的协议，而日本拒绝参加，说明军部明知细菌武器与人道和科学的任务是不相容的，却从20年代后期起，就在考虑、策划和准备使用细菌武器，作为其对外政策的一部分了。
    果然，1928年，日本军部派遣专攻病理学和细菌学、积极鼓吹细菌战的军医官石井四郎赴欧洲考察。1930年，石井考察回国后，日本陆军省和参谋本部立即准备建立研制细菌武器的机构。他们认为，细菌武器是一种很有利的进攻性武器，若不进行此种准备，在实现自己的目标过程中，会遇到严重的困难。后来，石井在同部下的谈话中，谈到日本军部为何要成立731部队这样一种研究机关的原因，他说："日本没有充分的五金矿藏及其他制造武器所必需的原料，所以日本务必寻求新式武器，而细菌武器便是其中之一。"（注：731部队生产部部长军医少将川岛清受审记录，见《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，莫斯科外国文书籍出版局，1950年。以下各细菌战犯受审记录均出此书。）明确地表述了日本军部的考虑。
    这样，1932年，参谋本部在日本陆军军医学校内，设立了最初的细菌武器研究机构"防疫研究室"，由石井四郎主持工作。1933年，又在所侵占的中国东北离哈尔滨70公里的背荫河地区，设立了秘密的细菌研究所，称为"加茂部队"或"奈良部队"，细菌战研究成了参谋本部军医学校的正式课题。到1936年，参谋本部呈请并由天皇发布敕令（密令）（注：关东军司令部第一作战部部长松村知胜、关东军司令部医务处长梶冢隆二受审记录。），在中国东北建立了两个庞大的细菌基地，以便从事先前已由石井在实验室中开始进行的罪恶实验，并指定了部队的人员数额和建立的房屋，这两个细菌基地，一个在长春市南5公里，对外称"关东军军马防疫部"（若松部队），1941年改称"第100部队"，另一个在哈尔滨南20公里的平房地区，对外称"关东军防疫部"（石井部队），后改称"东乡部队"和"关东军防疫给水部"，1941年发动太平洋战争前改称"关东军第731部队"。背荫河研究所的人员和设备，也全部迁至平房，工作人员增至2000人，任务是大量生产细菌武器和研究细菌战的方法，以保证日军能进行大规模的细菌战。根据天皇的密令，日本军部开始组织编制731部队的工作，如挑选该部队的军官和建立基地等等。也就是在这一年，由陆军大臣发布命令，把石井四郎从东京军医学院（时石井为该校教授）调去担任731部队长（注：梶冢隆二受审记录。）。
    1939年和1940年，随着该部队研究工作的进展、部队作用的增加和工作重要程度的提高，天皇又屡次发布密令（注：川岛清、梶冢隆二受审记录。），命令对731部进行扩充和改编，并成立四个支队。密令规定了成立各个支队的期限和地点（海拉尔、牡丹江、孙吴和林口），把731部队工作人员扩充到3000人，包括各支队的人员在内。与此同时（1939年），又密令在北京（先农坛庆成宫）成立了"甲字1885部队"，在南京（原中央医院，今军区总院）建立了"荣字1644部队"，定员各1500人。同一年，又在广州（中山大学医学院）建立了"波字8604部队"，定员1200人。到1942年，又在新加坡（原昭南爱德华七世医院）建立了"冈字9420部队"，定员208人，后发展到590人。这些部队，都是与731部队配套的细菌战部队，隶属于参谋本部第九陆军技术研究所（九研，也叫"登户研究所"）领导，同时也隶属于各地区派遣军。
    可见，正是在天皇和军部的积极策划和命令下，日本的细菌战部队才发展成为一支拥有7000至8000名科学技术工作人员的庞大的细菌战部队的。
    二、日本军部下令极力研究制造最有效的细菌武器和寻求其使用方法
    所有这些细菌战部队，都遵照陆军省和参谋本部的指令，进行大规模的细菌生产、用活人进行试验和寻求使用细菌武器的最有效方法，陆军省和参谋本部为此提供了一切必要的原料、设备和材料。其生产细菌的能力，以731部队为例，在每个为期几天的生产周期内，最低限度能生产出3万万亿细菌，实际上已不计其数（注：见秋山浩：《731细菌部队》，京都三一书房，1956年。）。731部队以公斤为单位计算，每月培养出300公斤鼠疫菌、600公斤炭疽热菌和1000公斤霍乱菌，即直接从营养液浮面上撇出来的粘稠状细菌糊。
    遵照日本军部的指令，关东军总司令通过司令部所属各部处，领导731部队研究及生产细菌武器的罪恶活动，如关于研究使用细菌武器的方法，关东军司令部组织了几个专门的委员会，由关东军参谋长、作战部长、第100或731部队长及关东军司令部个别军官参加。委员会关于使用细菌武器的决定，交由关东军总司令批准后，呈报给参谋本部，等参谋本部批准某种武器后，将此种决定通知关东军司令部，然后由关东军司令部颁发大量生产必要病菌的命令给731或100部队。关东军总司令山田乙三说："所有关于使用细菌武器，以及编制必要部队来实际运用细菌武器的事宜，都是由参谋本部根据关东军司令部的报告策划的"，关于使用细菌武器的命令，则"由帝国大本营颁发"（注：关东军总司令山田乙三受审记录。）。关东军军医处长梶冢隆二也供认："细菌武器的制造、试验和实际使用方面，都是遵照参谋本部的指令进行的"。
    关于细菌试验的结果，即用活人实验的结果，则由731部队领导人越过关东军司令部，直接呈报，视其内容如何，或呈报给帝国大本营，或呈报给陆军省及军医研究院（注：关东军总司令山田乙三受审记录。）。1644部队编制"日报"的军画兵石田甚太郎则揭露说，1644部队记录各研究室的实验结果和数据，及被实验者人数增减等机密事项，他每天都编写"日报"（一科日记），一式两份，其中一份送呈中支那派遣军总司令部（注：1644部队军画兵石田甚太郎《人生日记》，见〔日〕《战争责任研究》，第10号。）。
    所需要的经费，以731和100部队为例，按照参谋本部有关生产此种或彼种细菌武器的要求，由陆军省保证一切必要的经费，即由陆军省拨给，而由关东军司令部支付。
    这样，在日本军部的严密管理和积极领导下，各细菌战部队经过各种研究试验，得出如下结论：即用传染病媒介物去传染饮用水及食物，是使用细菌武器的有效方法。并认为，鼠疫跳蚤最为合适，因为跳蚤既能保证鼠疫菌的安全，使它免受外界因素的影响，又可以使人体受到传染，以达到军事上的目的。为此，仅731部队，就使用了4500个饲育器，繁殖了几千万只乃至不计其数的跳蚤，饲养了十几万只老鼠。
    但是，只有传染病媒介物，还不足以促成疫病的流行，还必须明白知道人的生理条件和特点。他们认为，只有在研究人的生理特点的基础上，才能知道用人工方法引起疫病流行的条件，所以731部队早在1933年加茂部队时期起，就用活人进行实验，来研究这种生理特点了。而为了用活人进行实验，在部队内设立了特殊的监狱，专门关押供实验用的中国人、苏联人和其他国家人。据调查，仅1940年至1945年的5年中，在731部队内因被传染致命细菌而死亡的至少有3000人，1940年以前死亡的还没有计算在内。
    其他的细菌战部队也都用活人做试验。如1644部队就用大批俘虏进行细菌试验，据日本学者森正孝和《每日新闻》记者朝野富三对17个日本当事人进行的调查，1644部队还与"九研"一起进行活人试验，其证言是：实验在极度秘密的情况下，于1644部队内供研究用的建筑物中进行，为防泄密，直接参加者限"九研"工作人员7人和1644部队军医2人。"九研"工作人员装作军医，在中国男俘胳膊上注射大剂量的剧毒和氰酸，观测其反应。一个亲自把氰酸注射到中国男子身上的"九研"技术人员A（住东京，1905年生）说："若被（俘虏）察觉而闹起来就不好办了，所以干净利落地注射。该男子立即发生痉挛，身体哆嗦，微微颤抖。仅几十秒钟，就一边抽搐，一边气息奄奄。心脏完全停止跳动只几分钟。"（注：森正孝等：《日本对中国的侵略》，明石书店，1991年版，第461-462页。）
    最后，参谋本部批准了三种使用细菌武器的方法，即：一，由战斗机撒播细菌；二，从飞机上投掷特种细菌炸弹；三，用细菌在地面上传染居民点、蓄水池、水井和牧场等等。
    三、日本军部命令对中国进行细菌攻击和积极准备对苏联进行细菌战
    日本细菌战部队在研究制造细菌武器的同时，就在中国一些地区不断使用细菌进行破坏活动，致使疫病流行，中国居民大量死亡（注：后来日本参谋本部和陆军训练总监部拟定的《军事破坏队阵中教范》中，特别指示使用细菌武器进行破坏。帝国大本营陆军处第二部颁布的采用军事破坏队的指令中，具体地提到使用自来水笔式的细菌"手枪施放器"。这种自来水笔式的细菌喷射器，每排4支，连部3支。）。到1941年，日本军部细菌战的准备工作已经基本完成，大批制造细菌武器的条件已经具备。于是，在实验室及打靶场条件下进行的实验，就扩展为准备进行大规模细菌战和对中国和平居民进行罪恶的细菌攻击了。
    在此之前，1939年8月下旬，石井四郎就遵照参谋本部的命令，在对苏、蒙的诺门坎战役中，进行了一次小规模的细菌战实验，在哈勒欣河撒下了肠伤寒与沙门氏菌。但由于当时该部队还缺乏适当的撒播手段，细菌在流水中立即失去感染力，收效甚微（注：《远藤三郎日记》，见《日本侵华研究》第三期。）。尽管如此，日本军部对这次行动仍十分重视，731部队不仅得到了关东军第六军司令官荻洲立兵中将颁发的奖状，日本大本营陆军部还于次年5月23日在各报刊登了授予该部队奖状的消息。
    1941年6月，德国向苏联发起突破进攻，日本军部趁德苏战争之机加紧对苏备战，命令关东军进行重大军事调动，即所谓的"关特演"（关东军特别大演习），以便能在战局对日本最为有利的时刻，以武力解决北方问题。这时，日本军部就考虑使用细菌武器。为此，参谋总长向731部队下达了"指示信"，命令731部队加紧研究鼠疫细菌，作为对苏攻击的武器。还特别指示大量培养跳蚤，作为撒播鼠疫菌的媒介物，称"鼠疫跳蚤有巨大的战略意义"。（注：731部队生产部部长军医少将川岛清受审记录，见《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，莫斯科外国文书籍出版局，1950年。以下各细菌战犯受审记录均出此书。）与此同时，帝国大本营参谋本部也给关东军总司令发布训令，命令"着手准备进行对苏的细菌战"，关东军总司令为此专门召集会议，研究对苏的细菌战问题。（注：关东军兽医部长高桥隆笃中将受审记录。）