1941年12月，日本偷袭珍珠港挑起太平洋战争以后，日本军部又决定进一步发展生物化学武器，以"剿灭敌对民族"。这份由参谋本部作战课制定的文件，已由日本立教大学讲师伊香俊哉于1994年12月在日本防卫研究所图书馆发现，文件共14页，其中要求进一步扩大731细菌战部队的规模（注：《人民日报》，1994年12月10日。）。
    在这以后，据日本防卫研究所图书馆收藏的日军作战参谋日记说："1940年9月18日，日军细菌战部队（主要是731部队和南京的1644部队）在中国宁波、金华、玉山、台州、丽水进行细菌攻击。"其10月7日的日记说："迄今为止，已经发动了六次（这样的）攻击"，并对以后撒播细菌的方法进行了讨论。第二年11月4日，又派遣一架九七式轻型轰炸机在湖南常德撒播了36公里长的染疫（鼠疫）跳蚤带。两周后，就收到了该地区大量流行鼠疫的报告（注：《朝日新闻》，1993年8月14日。）。由于当时处于战时条件下以及与此有关的民众大量迁移等情况，在浙江、湖南的广泛范围内，引起了疫病流行，中国和平居民大批死亡。
    至1942年，参谋本部命令731部队在中国的浙赣地区进行了一次大规模的细菌攻击，目的是探究使用细菌武器的最好方法"地面传染法"，即在日军作"战略退却"时，在铁路沿线一带施放细菌，日本军部设在南京的荣字1644部队也参加了这次攻击。这次细菌攻击，使中国大批和平居民死亡，以义乌县崇山村为例，全家死光的就有30户左右。第二年日本皇族三笠宫到1644部队视察时，该部队还特别制作了16毫米的电影供他观看，内容是该部队一科饲养白鼠，培育鼠蚤的情况和部队在作战中撒播细菌的情况，还把电影中的许多镜头印成照片，编成相册，给三笠宫带回日本去（注：1644部队军画兵石田甚太郎《人生日记》，见〔日〕《战争责任研究》，第10号。）。
    这样，到1942年，日本细菌战部队制造出几种能在战时广泛使用的有效细菌武器的任务，已经完全解决。这些武器，是用大量活人来试验过，并在几次用细菌攻击中国的行动中，即在成千上万无法自卫的平民妇孺身上，检验了各种细菌的致病效能的。
    四、日本军部把细菌武器作为最后的赌注，准备对美、英进行细菌战
    1943年，日本在瓜达尔卡纳尔惨败，1944年，美军前进至塞班岛和菲律宾，日本的最后失败只是时间问题了，这时，日本军部把细菌武器作为最后的赌注。
    据日本参谋本部金原节三医事科长的军务日记，1943年4月，为增产细菌武器，参谋本部曾召开秘密会议，嗣后，日本设在中国和新加坡的各个细菌战部队及日本国内的军医学校，都开始了大量增加带疫跳蚤和老鼠的生产。其中哈尔滨731部队每月产带疫跳蚤10公斤，广州8604部队10公斤，北京1855部队5公斤，新加坡9420部队50公斤，都是应参谋本部的要求进行的。又据参谋本部大冢文郎医事科长的军务日记，当时曾有一个先发制人"不必介意国际性问题"的大量使用细菌武器攻击缅甸、印度、中国、新几内亚、澳大利亚及其他岛屿的方案（注：《日军军务日记中记载有关1943、1944年的细菌战战备事项》，见《侵华日军细菌战纪实》，北京燕山出版社，1997年。）。
    到1944年5月，陆军省对关东军司令部又下达了增加细菌武器生产的训令，训令不仅要求关东军保证要有充分的对苏作战的细菌武器，而且要求保证太平洋战争有充分的细菌武器。上述大冢文郎日记则说："1944年7月7日美军占领塞班岛后，日本军部曾策划对塞班岛和比亚克岛的美军使用细菌武器，但最大的困难是带疫鼠蚤的生产和飞机数量不足。"又据参谋本部第一部长真田镶一郎少将1944年11月28日的日记记载：现有老鼠25万只，若按1000只老鼠生产鼠疫跳蚤1公斤，则每月若有30万只老鼠，即可生产300公斤。各部队分配的份额为：731部队150公斤，1644部队30公斤，日本国内30公斤等。并写道："如果我们（事先）注射疫苗，又彻底消毒，我方不会感染"。（注：《日军军务日记中记载有关1943、1944年的细菌战战备事项》，见《侵华日军细菌战纪实》，北京燕山出版社，1997年。）
    到1945年4月，美军在冲绳登陆后，参谋本部又给石井四郎下达加紧细菌武器生产的密令，陆军省也再次训令关东军总司令，要求增加细菌武器的生产。于是，从1945年春天起，731部队等开始狂热的细菌战的准备工作，细菌工厂24小时开工，甚至要求当地居民捕捉田鼠上交。石井四郎公开在部队高级军官会议上说，"向美英两国进行细菌战，是决不可免的"，"为要达到有利于日本的战局转变，我们必须使用最后的手段，包括细菌武器在内"（注：731部队生产部部长军医少将川岛清受审记录，见《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，莫斯科外国文书籍出版局，1950年。以下各细菌战犯受审记录均出此书。）。而实际上，早在1943年，日本军部就在准备对美英进行细菌战了，这一年，731部队的研究人员，就被派往沈阳的奉天战俘营，去检验美国俘虏的血液及其抗疫性了。因为，1942年11月，日军将1485名美、英、澳、新战俘运到奉天战俘营，731部队奉命派了32名军医，以预防传染病为名，至该战俘营进行各种病菌的预防接种，结果在105天时间内，共有186名死亡，都是美国战俘。731部队细菌制造班柄泽十三夫在伯力接受审判时，也供认：1943年夏，曾对奉天战俘营中的美国战俘的血液进行研究，证明"血清免疫不同人种并无不同"，这样，就可"以平常的方法进行细菌的培养"（注：731部队生产部部长军医少将川岛清受审记录，见《前日本陆军军人因准备和使用细菌武器被控案审判材料》，莫斯科外国文书籍出版局，1950年。以下各细菌战犯受审记录均出此书。及1947年1月1日东京审判时苏联检察团送交美国的有关柄泽十三夫的调查记录。）。
    山田乙三也采取了实现陆军省训令的一切必要措施，并几次亲自检查各细菌部队的作战准备情况，以保证他们随时可以作战。山田说："1945年，由于改善最有效细菌武器使用法的一切准备工作业已顺利完成，于是开始实行大量生产细菌武器，以便一旦奉到帝国大本营命令时，就能在任何方面实际运用这种武器。"（注：关东军总司令山田乙三受审记录。）当时参谋本部还准备实行代号为"夜樱花"的计划，即用潜艇运送细菌特攻队，将鼠疫菌撒向美国加利福尼亚南部圣地亚哥地区。这是当年参加特攻队的几名731部队士兵向《朝日新闻》记者揭露的（注：《光明日报》，1994年6月1日。）。
    所以，1945年，日本军部孤注一掷，准备进行大规模细菌战的危险迫在眉睫，他们准备造成鼠疫、霍乱、伤寒等疫病的大流行。只是由于世界反法西斯力量发动了总反攻，美国在广岛和长崎投下了原子弹，苏军迅速出击，给关东军以毁灭性的打击，迫使日本投降，才避免了日本军部准备造成更大的细菌战惨祸。1945年8月，日本军部面临彻底失败的命运，命令所有的细菌战部队销毁所有有关细菌武器的研究报告及其他罪证。1994年7月4日，一名不愿透露姓名的原日军中将军官，打破了半个世纪的缄默，承认1945年8月15日他曾受命"颁布命令毁灭所有（有关细菌战的）罪证"，现在他手里还有一份当时颁发的命令副本（注：《参考消息》，1994年7月7日。）。当时731和1644等各个细菌战部队在慌忙逃窜时，为隐瞒罪恶，按照日军统帅部的要求，焚毁一切房舍、设备和文件，对准备用作实验的俘虏，也全部用毒气氰酸把他们毒死，并把尸体拖到专门挖掘的大坑中焚烧，没有一个人能侥幸活下来。
    日军的各个细菌战部队犯下了不可饶恕的罪行，无论用什么上峰命令或军人地位作借口，都不足以为他们已经犯下的繁殖致命的细菌、用活人作试验和进行细菌战等罪恶勾当辩护。在这些人中，只有极少数人受到了正义的审判，他们之中的大多数人没有受到应有的惩罚。特别是驱使他们研制细菌武器，参加细菌战的天皇和军部，没有被追究任何细菌战的责任，甚至在战后研究这一战争罪行的学者中，也很少论及天皇、军部与细菌战部队的密不可分的关系和责任。而正是天皇和军部，策划和密令建立了细菌战部队，为这种罪不容赦的部队配备了军医干部，提供了大量经费，并极力督促其研究制造最有效的细菌武器，批准细菌武器的型式及使用方法，命令对中国用细菌武器进行破坏活动和发动大规模的细菌攻击，以及疯狂地准备对苏、美和太平洋、东南亚各国和地区进行更大规模的细菌战。他们是细菌战的发起者、鼓吹者和策划者、组织者。他们把本应为人类造福的最新技术用作残害人命的手段，准备使用细菌来大批消灭人类，以便在人类文明的废墟上建立自己的霸权。正是他们，是细菌战的主要战犯，犯下了为害人类和反对和平的极恶大罪，他们是逃避不了对细菌战所应负的重大罪责的。