首先，在崔述的心目中，圣人的道德无比崇高，“五经”所体现的古圣先王之道是人类的最高境界，应为万世之准则。对圣人之言“皆为尊信不疑，不必于圣人言外别立一意也”。[15]（P612）然而他并不清楚，圣人也会受到时代、社会、个人见闻及学识的限制，经书上的记载不可能事事确切。
    其次，由于崔述过分尊崇圣人，因此其考辨古书古史的目的是，阐释蕴藏于经书中的儒家精义，实现圣人之道。他十分迷信经书，尤以《诗经》、《尚书》两书为甚，主张“居今而欲考唐、虞、三代之事，是非必折衷于孔、孟，而真伪必取信于《诗》、《书》，然后圣人之道可明也”。[16]（P921）受此局限，崔述错误地认定《尚书》中的《尧典》和《禹贡》为夏代的原始文献，并不加分析地加以运用。崔述这种笃信儒家经典和崇拜圣人权威的思想，对其古史辨伪学说产生了深刻的影响：他把阐释《五经》和发掘圣人本意，作为经史研究的崇高使命；他反对舍经典以求圣人之道，凡与经传不合者，皆当作理解者的主观成见或曲解而不予置信。结果，崔述在经史考证中，常常放弃自己的理性判断以及大胆疑古的思想，盲目尊从经书的权威。前文谈到崔述对三代先王、五德终始说等古史的考辨，正是由于不见于经传，他才大胆怀疑。崔述学识的局限主要就在于他坚持以“五经”为基准考辨古史，只敢怀疑传记和诸子书中的古史记载，对古帝王和圣贤的神圣地位没有丝毫疑意。他虽自云：“不好有成见，于书则就书论之，于事则就事论之”，[2]（P16）但实际上，迷信圣人的偏见始终制约着他的古史研究。他对圣人的维护突出表现在他对《孟子》一书中某些错误的古史记载的辩护上。在《孟子事实录》中，崔述指出了这些记载的失实之处，但又说：“《孟子》一书……果孟子所自著，不应疏略如是……盖孟子之门人万章、公孙丑等所追述”。[17]（P433）这显然是为孟子推卸责任。诚如顾颉刚对崔述的认识：“他著书的目的是要替古圣人揭出他们的圣道王功、辨伪只是手段。……所以他只是儒者的辨古史，不是史家的辨古史。”[18]（P59）
    再次，在建构古史体系上，崔述意欲用经书直接整理出古史，破传而不疑经，只重“破”而不在乎“立”，虽然在廓除旧的古史体系上有所建树，但他以经书为考证古史的唯一准绳，对先秦时代的子书、史书一概加以摈弃，因而在确立可信古史体系上能力有限，用功不足，难有作为。从现代史学发展看，古书中的材料只够打破旧的古史体系，而要建立可信的古史体系，不仅要用文献史料，还要用考古资料、甲骨文、金文资料考证和发现古史，甚至要运用人类学、地质学、历史地理学的现代科学成果揭示历史真相。以现代史学观念评判，崔述的经史研究可分为两个层次，一是对儒家圣贤和经书的信仰，二是历史事实的真伪与否。因此，在客观上他不可能重建一部系统的信史。
    此外，崔述治学是闭门自修，独学无友，少于交游，主张学贵于精，读书不必多，他本人确实有“鄙陋少文，学问不广”[16]（P922）的一面。如他辨伪《古文尚书》，而对前人辨伪此书的一些名著却未曾读过，甚至连阎若璩那部给《古文尚书》定性的《古文尚书疏证》也未见到，可见其视野的狭窄。崔述写《五服异同汇考》历时几十年，原因就在于他没能找到《大唐开元礼》和明代的《孝慈录》，而《大唐开元礼》就收在《四库全书》中（在史部的政书类）。这说明他闭门治史，不熟悉《四库全书》目录，缺乏目录学知识，也无法掌握治学之门径；又无师友可交流，故崔述进行古史辨伪时，常常依靠实际经验和逻辑推理，其结论多用演绎法得出，其著述难免有偏颇失实之处。然而，瑕不掩瑜，崔述在中国史学史上的开创之功不可忽视，就前人对古史而言，愚者信而不疑，智者存而不论，起而作爬梳剔抉，辨伪祛疑的，崔述堪称为第一人。尽管其治史的目的是在维护道统，但他辨伪的结果却破除了许多伪说，足以毁坏道统，并终于在近代反传统的疑古风气下破土而出，愈见璀璨的光华。
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