在义和团运动的研究中，存在着一个颇为矛盾的现象：即义和团运动兴起的直接原因是反对基督教会，但在学术研究中学者注意到了义和团运动的起源、过程及对中国社会的影响，唯独很少有人研究它的反教对基督教会产生什么影响。王治心曾谈到：“说到更正教（新教），在1900年以后，与从前大不相同。”[1]（P242）显然，王氏作为当时的教会史专家是感觉到了这种深刻的变化。不过，本文并不打算全面讨论义和团运动之后中国基督教会的发展状况，只是集中探讨义和团运动对基督教主要世俗活动即其教育事业的影响，从中透视反教运动与教会事业之间那种复杂的互动关系，为义和团研究填补一点空白。
        一、义和团运动之前的教会学校
        19世纪中国基督教教育的出现是传教士在华宣教事业的副产品，也是中西文化交流的自然结果。自从马礼逊1818年在马六甲创办了“英华书院”，开传教士办学的先例之后，鸦片战争以来，传教士利用不平等条约的特权逐步在中国各地办学。19世纪五六十年代，教会小学大量涌现，70年代教会小学向中学过渡。据1877年第一次全国基督教传教士大会统计，当时已有中、小学347所，学生达5917人[2]（P480）。80年代起，一些后来发展成著名教会大学的学院逐渐问世，如武昌的博文书院，上海的圣约翰书院，山东的文会馆、广文学堂，广州格致书院，南京汇文书院及通州潞河书院等。到义和团运动之前，教会学校在中国已经有了很大的发展。根据1890年统计，全国教会学校的学生从5917人增加到16836人[3]（P732）。这些学校形成了清政府以科举为目标的教育体制之外，一个独立的现代教育体系。
        不过，由于教会学校是在特殊历史条件下发展起来的，到19世纪末也存在着一些明显的问题。首先，教会学校的创办起初只是某个差会，甚至是某个传教士的个人行为。所谓教会教育并没有系统的计划。这些学校分散在不同的地区，在办学对象和教育方针上彼此之间并无协调和合作，对教会资源的利用效率较低。虽然早在1879年的《教务杂志》中，传教士认为不同的差会必须联手办学[4]（P467），但由于教会学校各有其主办差会背景，传教士亦有不同的办学理念，在办学宗旨和行政架构上也不容易协调，联合的计划始终未能顺利推行。例如北京的汇文大学（Peking University）和通州的潞河书院（North China College），虽然都自称大学，但师资力量和办学资源根本无法和西方起码的所谓学院相比。要克服这种困难，唯一办法就是联合办学。早在19世纪90年代初，两校就商谈过合并事宜，但因为两校的传统不同，汇文大学较早已实行了英语教学，并准许非基督徒入学[5]（P19）；而通州潞河书院还没有开设英语课程，并且十分强调办学的宗教目标（5）（P31）。双方均怕联合后会丧失自己教派的办学特色，因此未能达成任何联合协议。另一个例子是广州的格致书院（Canton Christian Chllege，即岭南大学的前身），该校建立初期曾一度与培英书院（Pui Ying School）合并，但未几又分开了。主要的原因是两校的办学宗旨各不相同。格致书院本不隶属任何宗派教会，学校的宗教气氛较开放，且注重科学教育；但培英书院是属于北美长老会，十分强调宣教及神学，学校充满浓厚的宗教色彩。两校虽在1893年合并，但至1898年，再度分立[6]（P19）。由此，教会学校在中国的发展虽较迅速，但在不同差会所办学校之间的合作上，却有很大的困难，成为中国基督教教育持续发展的一大障碍。
        其次，教会教育完全不为清政府所接纳，甚至受到排斥。这一方面是由于从传教到教会办学，都是清政府因战败而不得不强咽的苦果，始终被官方看成一种异己的力量。另外从管理上来看，由于教会学校建立之际，清朝政府只有礼部专门负责掌管科举考试及选拔人才晋官事宜，并没有管理近代教育的机构，教会学校所提供的教育又无法与国家的考试制度挂钩，教会学校毕业生的资历并没有得到国家的承认，毕业生的出路受到很大的限制，很难在政府及地方机构中找到工作，只能集中为教会或教会机构服务；亦有部分毕业生因英语能力较强，转而投身在商业或外贸机构（洋行）工作。因此，教会教育在19世纪末中国社会中仍然是处于边缘化的地位。
        不过，清政府在教育改革方面倒并不完全排斥传教士。早自1860年代初，清政府在北京、上海及广州开办的三所同文馆，分别聘请了丁韪良（W.A.P.Martin）、林乐知（Young J.Allen）、傅兰雅（John Fryer）及哈巴（Andrew Happer）任教师。此外，传教士还就清政府的教育改革提出过许多建议。如创办登州蒙养学堂（即登州文会馆）的传教士狄考文（Calvin Mateer）曾建议由清政府在各城乡设立童蒙学（即幼稚园），以接收儿童入学，并强调儿童不分贫富贵贱，都应该有入学读书的机会。他亦提议在一府或两三府中设立一所文会馆，以实行较高层次的教育[7]（P98）。林乐知也曾为清政府设计了一个循序渐进的学制系统：“即是童年6、7岁者必入初学塾，教以浅近各书；稍长，升入文学塾；更长，升入书院，此皆兼习各学者也。至升入博学院，则有分类专习之学矣。每一小乡镇必设初学塾，一塾不能容，不妨多设二三塾；一州、县及户口繁盛之大镇必设文学塾；一府必设书院；一省必设博学院。”[8]（P140）这些传教士关于教育改革的言论对当时中国的洋务运动和维新变革等产生了积极的影响。不过，他们对中国教育制度的影响仍然是十分有限的。反观1900年前的中国教育，主流的思想仍然是停留在正式的科举制度上。新式的教育虽已逐渐为国人引进，可惜1898年的维新变革推行不久即又发生政变，以慈禧太后为首的顽固派仍然掌握着朝廷的大权，推翻了维新派所建议的教育改革。因此，真正的教育变革只能发生在义和团运动之后。