二、义和团运动之后教会学校的变动
        义和团运动后清政府的教育改革，促使教会学校有了进一步的发展。1901年8月2日清政府下令：“除京师已设大学堂应行切实整顿外，著将各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府厅直隶州均设中学堂，各州县均设小学堂并多设蒙养学堂。”[9]（P76）1902年清廷正式废除八股文，并颁行张百熙草拟的中国教育史上第一部近代学制《钦定学堂章程》，史称“壬寅学制”，1904年又颁布了由张之洞编订的《奏定学堂章程》（即“癸卯学制”）。这两部中国近代教育史上最早学制的颁布和实施，结束了传统的儒学教育及科举制度，确立了小学、中学、大学预科和高等学堂、分科大学的三级学制，为建立近代教育体系奠定了基础。1905年清政府又宣布废除在中国行之久远的科举制度。为了达成彻底的改革，清政府更锐意仿效西方及日本的教育模式，扩大自然科学及实用知识教育，引进西方历史、政治、数学、科学等科目。清政府教育改革使得先行一步的教会教育受到中国学生的注意和欢迎，掌握西方科学知识的教会学校的毕业生成为各地新学校争相接纳的人才，教会学校在社会上也备受欢迎。
        义和团运动后清政府接纳传教士创办新的教育机构，扩大了基督教教育的影响。这方面最典型的例子是李提摩太参与创办山西大学堂。义和团运动中，山西被杀的传教士近200名之多，如何赔偿也就是运动后必须处理的首要问题。山西省新任巡抚岑春煊特意邀请传教士李提摩太（Timothy Richard）协助处理赔款事宜，因为李提摩太曾两度协助山东、山西两省赈灾事情，获得民间及官府的信任。李提摩太于是拟订了《办理山西耶稣教案章程》共8款，并建议用赔款兴办大学堂，以开导民智。其中第3条款说明规定：“共罚全省银五十万两，每年交出罚款的五万两，以十年为期，但此罚款不归西人，亦不归教民，专为开通晋省人知识，设立大学堂教授有益之实学，使官绅士庶不再受迷惑，请中西有学问者各一人总管其事。”[10]这建议经李鸿章和岑春煊同意，并决定把如何定课程、如何聘教习等，交李氏全权办理；十年之后，将大学堂归为省有，由政府接办。1902年春，李提摩太带部分从欧洲和美国聘请的教员到山西太原府时，发现当地官绅却有计划另设一官立大学，与李氏的大学堂相抗衡。为了避免浪费资源，李提摩太建议两校应合并办理，校内再分“中学专斋”和“西学专斋”（即分中、西学堂），这建议亦获巡抚岑春煊的支持[11]（P84）。
        由于早期西斋的学生质素较差，原先没有学过数学、物理、化学，对英语更是一窍不通，李提摩太初聘的外籍教师又多不懂中文，因此他便从上海、天津等地聘请了一批精通英语、文化素质较高的华人到西斋担任翻译，在学生与外籍教师之间担当中介。李提摩太从赔款经费中每年动用1万两银子在上海设立了山西大学堂译书院，聘请美国、日本、中国的一些学者翻译了一批较有影响的教科书，受到国内广泛的欢迎。为了提高西斋的地位，李提摩太规定西斋的教学分预科和正科两个阶段，预科学制3年，相当于中学水准；正科学制4年，相当于大学程度。他还倡议选派一批优秀毕业生到英国各大学深造，学习铁路、采矿、冶金、机电等实用学科。在国内，李提摩太也向清政府力争，建议凡预科生月考平均分数在80分以上的学生由巡抚委派考官进行毕业考试，及格者授予“举人”。大学本科学生完成学业后，可到北京的学部应试，及格者授予“进土”。这样便能将新式教育连接或取代旧式的科举制度了[7]（P126）。
        对于李提摩太没有利用山西大学堂作为传教的工具，不少传教士颇有微言，“指控李提摩太放弃了建立一所基督教大学的良好机会。他们不加思索地认为：对如此可怕罪行的惩办就应该将学校直接用于那为此来华捐躯的传教士们所想达到的目标。”[12]（P62）但李氏却有他自己的立场，他所坚持的是“学术的自由”和“信仰宗教的自由”。在学术自由的大前提下，大学堂应该尊重教师与学生有信仰及讨论宗教的自由，教师也可以在课堂内教授基督教或讨论宗教，但当然不能强迫学生信教。李提摩太认为：“我们应该容让学生有绝对的自由去相信或拒绝宗教信仰，我们也应该容让教授们保有绝对的自由去教导和与学生讨论关乎宗教信仰的问题”[13]（P27）。事实上，李提摩太的看法已获得到官方的谅解，至少以后再也没有人来反对或阻止他了。大学堂总教习苏惠廉（William E.Soothill）后来也补充说：“（虽然）大学堂开办以来，基督教神学从未列入大学课程中，但敦崇礼博士（前任总教习）却很满意他可以有机会在讲授世界文明时能讨论基督教所作的贡献。我本人亦很高兴能够在教授历史课时讲解不同宗教的历史，也有机会与学生、地方官员及领导讲解有关基督教的事情。”他还认为：“只要这所大学堂能够帮助当地官员、士绅、学者们消除他们对基督教的恶感，并能建立一个良好的（兼具学术与宗教自由的）形象，那是十分值得去做的事。”[14]（P258）
        1910年李提摩太到太原视察大学堂的工作，认为已有相当的成绩，应可提前交付清政府接掌，照样办下去。谁知北京的山西官僚，却从嫉妒而生反感，暗地改任曾留学德国的官员担当总教习，以图改变大学堂的教学方向。大学堂在1911年6月移交给清政府，同年10月辛亥革命爆发，山西大学堂终于被迫停办。李提摩太在山西大学堂的实验虽然很快便告一段落，却亦一再证明传教士对中国教育的关注，并没有因为义和团运动而产生恶感。相反地，李提摩太开始了山西省新教育的改革运动。山西省的新式教育的发展较其他各省起步晚，但在大学堂开办之后，教育上的改革有明显的进步，山西大学堂后来更成为其他省发展大学教育的模范，尤其是在实用学科的推动方面[7]（P128）。事实上，山西大学堂也成为山西近代教育发展的一个重要里程碑。
        义和团运动曾经引起全世界对中国的关注。一般人容易以为义和团运动必然引起外国人对中国人的憎恶，但事实上，义和团运动并未激起西方传教士对中国人的憎恨，也没有削减他们来华宣教的“热诚”；相反地，它却在美国多所著名的大学内掀起了另一股来华传教的热潮，尤其是带动及激发了“学生海外宣教志愿服务队”来华从事教育传教的热潮。20世纪的最初20年间，来华从事教育传教的人士大幅度增加，原来也是与中国义和团运动有关连的。在这方面，一个典型的例子就是“雅礼学会”（Yale-in-China）的诞生。