西方态度的转变使印尼极其恼怒。印尼在东帝汶推行更加强硬的军事控制政策。逮捕处决了数以百计的所谓革阵同情者，并迫使东帝汶青年举行宣誓效忠仪式。1992年11月，印尼逮捕独立运动领导人萨纳纳·古斯芒，并判处他20年徒刑。另一方面，印尼采取比较灵活的外交策略，阐明印尼对东帝汶的政策，宣扬东帝汶经济建设成就，与葡萄牙和在国内的独立人士对话，安排国际代表团访问东帝汶等。在联合国秘书长的敦促和安排下，从1992年底到1997年初印尼葡萄牙两国外长就东帝汶问题进行了9轮会谈，但没有达成协议。
    在新形势下，抵抗运动把重点从开展游击战转向海外宣传活动，争取国际上的同情和支持。除葡萄牙及其前殖民地国家长期一贯支持外，国际人权组织、世界天主教势力和西方大国都不同程度地关注和干预东帝汶问题。有时这几股力量是结合在一起的。1994年11月亚太经合领导人会议在印尼召开前夕，30名东帝汶青年在美国驻雅加达使馆前要求独立，军警驱赶，结果又造成流血事件。1996年10月东帝汶宗教领袖贝洛主教和抵抗组织海外发言人拉莫斯-奥尔塔获得诺贝尔和平奖。颁奖委员会说印尼在东帝汶20年的统治是“制度性的压迫”，把和平奖颁给二人是要促进“公正和平解决”东帝汶问题。独立运动力量壮大，内外呼应，印尼受到的压力越来越大。
    印尼的占领使东帝汶社会重组。据统计，东帝汶有20万人死于战争、饥荒和迫害，相当于1975年人口的1／3。山民被迫离开深山住进“安置村”，告别了长期隔绝状态，也使传统部族文化不复存在。为造就出认同、热爱印尼的一代东帝汶新人，印尼大办学校，输入教师，灌输潘查希拉思想。但军事高压控制使这一政策难以如愿，反而为东帝汶人形成共同意识创造了条件。东帝汶青年不但一般都对印尼统治不满，而且是抵抗运动源源不断的生力军。印尼禁止使用葡萄牙语，要求推广印尼语，而东帝汶人则更愿意选择当地最大的方言德顿语。1990年德顿语成为第二教学语言，取得了当地通用语的地位。更为重要的是，天主教徒由1974年占人口的33%猛增到90%以上。天主教成为东帝汶社会文化特色。教会对印尼统治政策持强烈批评态度，始终不表态支持合并。德顿语普遍化和社会天主教化标志着新的东帝汶民族的形成。
    80年代以来，印尼在东帝汶实行“开发政策”，经济有所恢复和发展。但因基础落后，加上治安问题无法得到根本解决，东帝汶仍是印尼最穷的省份。人均收入只有200美元左右，55.34%的人口处在贫困线下。首要经济作物咖啡年出口不到200万美元，产量也只占印尼的2%，制造业更不发达，只占国内生产总值的1～2%。东帝汶人对“开发政策”同样深为不满。军方的巴特拉·英德拉集团垄断了东帝汶咖啡的生产、运输和销售，以及工程项目建设、檀香木炼油和大理石开采。它还掌握着娱乐旅馆、百货公司、电影等。此外，东帝汶有近20万来自巴厘、爪哇和苏拉威西的移民。他们从事行政、教育、农业、商业和建筑等，“占去了最好的土地、最好的工作、甚至街边的小商店”，经济上远比当地人优越。印尼要把东帝汶融入印尼经济，而独立人士和教会则认为“开发”造成当地人的进一步贫困和边缘化，东帝汶正在成为印尼的“殖民地”。
    四、自治方案和全民公决
    1998年5月苏哈托在人民的反对声中被迫下台， 也为东帝汶问题的解决带来转机。6月11日，哈比比政府下令释放13名东帝汶政治犯。 随后印尼提出以释放古斯芒为条件，换取国际社会承认印尼对东帝汶的主权，遭到葡萄牙的拒绝。10月6 日印（尼）葡在纽约联合国总部开始谈判东帝汶前途问题。两国关系也得到恢复，1999年1月互设了代办处。
    印尼在东帝汶驻有6万军队和警察。 印尼每年对东帝汶的拨款占到东帝汶国内生产总值的85%以上。1999年需要提供1 亿多美元的资金。这对陷入经济衰退低谷、自顾不暇的印尼来说是一笔沉重的负担。同时，印尼要改变外交被动局面，争取国际货币基金组织、世界银行和西方国家的巨额贷款和援助，就必须首先处理好东帝汶问题。不管结果如何，东帝汶问题到了该了结的时候了。1999年1月27日， 印尼政府作出重大让步，宣布将在东帝汶实行广泛自治，并将把该方案交由东帝汶人选择。2月10日印尼把古斯芒从监禁改为软禁。
    5月5日，印（尼）葡两国外长和联合国秘书长安南在纽约达成协议：在“没有暴力或其他恐吓形式的安全环境”下，东帝汶将对是否接受印尼提出的自治方案进行全民投票。协议顾全了印尼的体面，没有要求印尼事先撤军，而是规定由印尼负责东帝汶投票前后的治安，联合国派出警察顾问协助。
    亲印尼、支持统一的群众不愿意就前途问题进行公决，更担心东帝汶走向独立，因而很快组成几十支民兵组织，恐吓、骚扰和攻击支持独立群众。东帝汶一时暴力跌起，数百人丧生。在国际社会的谴责下，印尼不得不压服民兵暂时收敛。6月底对立各派接受联合国、 印尼和东帝汶教会调停，达到暂时停火与和平参加投票的协议。公决前景并不明朗，统独双方都称有信心获胜利，但同时又做好失败后拿起武器的准备。
    联合国为投票活动投入3000万美元， 并派出了460 名民事警察， 300名军事观察员以及600人的投票观察团。因为对立两派冲突造成的治安问题，原定于8月8日的投票日期推迟了两次。8月6日选民登记工作结束，85万总人口中，几乎是所有合法选民都参加了登记，而6 月印尼大选中东帝汶只有43.9%的选民参与。8月30日，投票平稳进行。 许多人天不亮就等着投票站开门，以尽早投下自己神圣的一票。9月3日，安南宣布投票结果，78.5%的选民拒绝接受印尼提出的自治方案，而愿意选择独立。
    投票是公正的，结果也客观反映出东帝汶的人心所向，但失望的亲印尼民兵开始了疯狂的报复性袭击。在短短几天内，帝力80%的建筑被毁，西部各县劫掠一空，大批支持独立群众遇害，25万难民逃入西帝汶，近30万人躲进山区。当地印尼军警未能有效制止流血悲剧，甚至部分人支持并参与民兵的行动，引起国际社会极度不安。美、澳、英、法等国中断与印尼的军事合作，并威胁要进行经济制裁。9月13 日印尼被迫“邀请”联合国向东帝汶派驻多国维和部队。20日以澳为首的维和部队开始部署， 随后印尼军队撤出。截止10 月初驻东帝汶维和部队已有4000人，暴力活动得到遏制，局势趋向缓和。
    根据联合国最近提出的方案，在新的印尼议会批准投票结果后，东帝汶将由联合国托管，在经过一段3年左右的过渡时期后走向独立。 东帝汶还面临诸多考验，如安置难民、消除暴力冲突、争取民族和解、重建崩溃的经济、调整与印尼的关系等等。尽管道路未必平坦，但东帝汶的历史已翻开新的一页。它的最终独立也是势所必然的。
    最后应当指出，国际社会深刻关注和同情东帝汶的悲惨经历，联合国安理会在解决东帝汶问题上也表现出高度的热情和少有的一致性。这是因为，东帝汶问题是战后非殖民化进程中的特殊遗留问题，是冷战国际关系下强加给一个弱小民族的悲剧。它与冷战后的民族分离主义有着本质不同。东帝汶走向独立，并不意味着一定会产生连锁效应。另一方面也应当看到，90年代东帝汶问题的“再发现”与西方推行“人权”外交的大气候是分不开的。全民公决后骤然升级的暴力活动，导致印尼在西方国家的压力下接受联合国部署维持和平部队，从而使东帝汶成为继科索沃之后西方“人道主义干预”理论的又一实验场。这些新动向必须引起世人的格外注意。