但是，对天人感应的记录司马迁并不是全盘否定，而是有所保留，他认为占验的记录中有部分可以验证，“推其文，考其应，不殊。比集论其行事，验干轨度以次，作《天官书》第五”（同上）。《天官书》集中记载了所谓天人之间确有感应的事例。这些事例可以分为两种，一种是天变作用于人世，一种是人世政事反应于上天。第一种如：
    春秋二百四十二年之间，日蚀三十六，彗星三见，宋襄公时星陨如雨。天子微，诸侯力政，五伯代兴，更为主命。自是之后，众暴寡，大并小。秦、楚、吴、越、夷狄也，为强伯。田氏篡齐，三家分晋，并为战国。
    秦始皇之时，十五年彗星四见，久者八十日，长或竟天。其后秦遂以兵灭六王，并中国，外攘四夷，死人如乱麻，因以张楚并起，三十年之间兵相骀藉，不可胜数。第二种人事对天的感应如：
    秦之强也，侯在太白，占于狼、弧。吴、楚之强，侯在荧惑，占于鸟衡。……
    汉之兴，五星聚于东井。平城之围，月晕参、毕七重。诸吕作乱，日蚀，昼晦。吴楚七国叛道，彗星数丈，天狗过梁野；及兵起，遂伏尸流血其下。……此其荦荦大者。若至委曲小变，不可胜道。其他传中也记载了不少这类事例。
    从以上可知，司马迁对天人感应的记载基本持否定态度，认为多凌杂不实，不可信从，又有一定程度上的批判。但另一方面，他又为天人感应保留了相当的地盘，指出有些天象变化确实与人事有紧密关系。
    但应该指出的是，司马迁同董仲舒在此问题上是有不同的，他把董的学说加以改造，减少了神学色彩，更多地肯定了人的价值，如前所说认为人也可感应于天即是明显的例子。再如对人间朝代兴衰原因的不同解释。董仲舒说：“帝王之兴也，其美祥亦先见，其将亡也，妖孽亦先见。”（《春秋繁露·同类相动》）司马迁接过他的话做了全新的改造：“国之将兴，必有祯祥，君子用而小人退。国之将，贤人隐，乱臣贵。”（《楚元王世家》）把天下兴亡归结于人事，归结于是否任用人才，从唯心主义转向唯物主义，化腐朽为神奇！
    天人之间确实有着密不可分的关系。人是由自然界分化产生出来的，人类社会只是自然界这个大系统中的小系统，受其制约。另一方面，人类不断地与自然进行物质、能量的交换，改造着自然，同时也改造了人自身。自然界，主要是大气圈、地圈和太阳也会对人类政治生活发生某种影响，但却非得通过中间环节不可。如风霜水旱，造成农业减产或颗粒不收，地震造成人畜大量伤亡等。引起人心波动，当权者又未能及时妥善地加以处置等，进而导致农民起义、朝代更迭。抽去了中间环节，把天象与人间政事硬性联系起来，天人关系只会模糊化。仅仅因为天象变化同人事变化是同一时间发生的，便断定两者之间有必然的因果关系，这样的依据未加批判和反复思考的前提得出的结论是虚假的。只要有一个反例，天人之间互相对应的结论便会立即被否定。司马迁也注重验证，只承认验证了的天人感应，但他在从观念到实践的过程中却没有抓住天人关系的本质联系。这是其天人思想产生模糊性的原因之一。
    三
    司马迁在五德终始与鬼神问题上亦是亦非的态度，是其天人思想产生模糊性的又一原因。
    邹衍五行学说把天人关系作为研究对象，认为天人感应中天居于主导地位，人间的兴盛衰亡、朝代的更迭，都只是天意的体现而已。《封禅书》记邹衍之事，取怀疑贬低态度，认为荒诞怪异之事由邹衍兴起，“驺衍以阴阳主运显于诸侯，而燕齐海上之方士传其术不能通，然则怪迂阿谀苟合之徒自此兴，不可胜数也。”《孟子荀卿列传》附有邹衍传，同样认为他“深观阴阳消息而作怪迂之变”，“其语闳大不经”，可见司马迁对邹衍学说基本是否定的。
    然而《封禅书》又说各朝兴起与五行有关，黄帝得土德，夏得木德，殷得金德，周得火德，秦得火德；汉高祖“亦自以为获水德之瑞”（《历书》）。另有《五帝本纪》、《周本纪》、《高祖本纪》、《文帝本纪》、《屈原贾生列传》等都记载了五德终始的事。司马迁对这些记载持何种态度？《史记》信从《春秋》笔法，或于“太史公曰”中直接表明态度，或在行文中表露某种倾向，但在上面所举各传中却没有这样做，这就使司马迁在五德终始问题上有某些含混不清的地方。
    鬼神是天命的体现者，对鬼神问题的态度也体现对天命的认识。司马迁否定鬼神的存在，但也多记鬼神应验之事。
    《太史公自序》引司马谈《论六家要旨》谓：“凡人所生者神也，所托者形也。神大用则竭，形大劳则敝，形神离则死。死者不可复生，离者不可复反，故圣人重之。由是观之，神者生之本也，形者生之具也。”这里分析了精神与物质的关系，指出精神必须依附于形体，二者并存并灭，从理论高度上否定了鬼神存在的可能性。
    司马迁对汉武帝耗费大量人力物力求神成仙的行径予以揭露，指出他“东巡海上，考神仙之属，未有验者”。“方士之候祠神人，入海求蓬莱，终无有验。而公孙卿之候神者，犹以大人之迹为解，无有效。天子益怠厌方士之怪迂语矣，然羁縻不绝，冀遇其真。自此之后，方士言神祠者弥众，然其效可睹矣。”（《封禅书》）神仙之事“未有验者”，“无有效”，“其效可睹矣”，表明了作者的倾向，认为这些都是无稽之谈，只可姑妄听之，万万不可信从。《留侯世家》说“学者多言无鬼神”，反映了当时进步的思想倾向，也代表司马迁的看法。
    那么，《历书》、《封禅书》、《高祖本纪》、《孝文本纪》、《孝武本纪》等都记有所谓云气、天子云气等神怪征兆，《封禅书》、《秦始皇本纪》、《高祖本纪》等多记鬼神之事，又是为什么呢？司马迁解释说，为了实录和保存史料：“退而论次自古以来用事于鬼神者，具见其表里。后有君子，得以览焉。”（《封禅书》）这些说明，司马迁不信鬼神，态度明朗，继承了《春秋》不语怪力乱神的好传统。