《吾妻镜》共五十二卷，是编年体的日记，作者不详。“吾妻”日语“东”的意思。“镜”同“鉴”，所以此书又名《东鉴》。它记述了从安德天皇到龟山天皇（1180—1266）武家草创天下的历史。在书的跋中说“若夫国家之盛衰，世道之得失，可以借鉴，可以资治者，姑待异日之评，遂书以为跋”。（《吾妻镜·跋》）虽然没有材料说明此书和《资治通鉴》的直接关系，但从此书的书名和《跋》中是不难看出它是受到了《通鉴》影响的。
    《神皇正统记》是1339年由北畠亲房所作。北畠亲房是日本镰仓末期到南北朝时代的重要政治家和理论家。他是当时的名僧玄惠法印的弟子。玄惠法印虽为僧徒，却精通儒学，尤对《资治通鉴》颇有研究。据一条兼良的《尺素往来》所载：“当时付玄惠之议，《资治通鉴》、《宋朝通鉴》等人人传授。”并特别指出北畠亲房“得到蕴奥云云”。《大日本史》也说他“曾读宋人司马光《资治通鉴》，于大义有所见。”（《大日本史》卷165），可见北畠亲房对《资治通鉴》的造诣很深，并从中受到很大的启发。于是，他以《资治通鉴》的大义名分论为基本原理，把儒家思想和日本的神道相结合，阐明以天皇为中心的日本国体，并为统治者提供历史经验。书中附有许多议论，有《国体论》、《正统论》、《帝道论》、《臣道论》、《政治论》等，不少是针对时弊有感而发的。书成之后，他效法司马光把它献给了后村上天皇。这部书在体例上和《通鉴》并不完全一样，又较为简略，和《通鉴》无法相比。但采用编年和附有议论却同《通鉴》很相似，正如日本学者所说：“在根据见到的治乱兴废之迹，以做为政治之资的意义上和中国的史学思想有某种联系。”（津田左右吉：《愚管抄和神皇正统记的中国史学思想》）还有的日本学者则直接了当地说《神皇正统记》是对《资治通鉴》的活用。必须指出，《神皇正统记》（以后的一些日本史书也是如此）把名分论和正统论紧密地联系在一起。而司马光在大谈名分论的同时，却对正统论有着自己的看法，他并不能把大义名分的思想贯彻到底。这反映了他思想上的矛盾和中国历史“易姓革命”的现实。而在标榜“万世一系”的日本把名分论和正统论紧密结合在一起，却是很顺理成章的事。可以说北畠亲房的正统论是司马光的名分论在日本的合理廷伸。北畠亲房是维护日本国体尊严和以尊皇为基础的史学的首创者和开拓者。他所著的《神皇正统记》和他的思想为以后的《大日本史》及近世的许多史学著作所遵循，从而敲响了皇政复古之钟，对明治维新产生了一定的思想影响。
    在日本完全模仿《资治通鉴》的是，江户时代林罗山父子受幕府之命主编的官修史书——《本朝通鉴》。江户时代是日本儒学最兴盛的时期，也是儒家史学最发达的时期。因而《资治通鉴》更为许多儒学者所推重。林罗山是日本近世儒学家思想的先驱者，并在德川幕府中担任大学头，在当时文化学术界是举足轻重的人物。他的儿子林鹅峰也是有名的思想家。他们对司马光和《资治通鉴》给予很高的评价，并深感“中华通鉴名闻于世，朝鲜亦有《东国通鉴》”，而日本也应该有这样一部著作，才能互相比美。（《国史馆日录》宽文四年条）可见编写《本朝通鉴》是他们早已就有的宿愿。
    《本朝通鉴》是林罗山从1644年开始撰写的。1650年完成了从神武天皇到宇多天皇的四十卷，初称《本朝编年录》。林罗山去世后，林鹅峰又继续其修史事业。在1664年奉敕改名为《本朝通鉴》，林鹅峰欣喜地说：“司马温公者，古今俊杰也，今所编修，偶同其名，虽出官裁，亦是一家之大幸也”。（《国史馆日录》宽文四年）这既表明他钦佩司马光的史才，又感到自己责任之重大。由于工程浩繁，他学习司马光发挥助手作用的做法，专门成立国史馆。由他的两个儿子林春心、林常春及人见友元、坂田井伯元等硕学鸿儒担任助手，另外还有不少门人帮忙，充分发挥群体的优势，广泛搜集资料，引用书达五百二十余部，终于在1671年完成。总共三百一十卷，从神武天皇到后阳成天皇，前后二千多年，这是一部日本空前未有的编年体通史。林鹅峰在《读本朝通鉴序》中说：“若夫一字褒贬，劝善惩恶，非所企及，然据事直书，其义自见，则岂不为后代之鉴戒哉！，表明了与《资治通鉴》同一旨意。他宣扬大义名分，阐明日本国体，又贯穿了排佛精神，这些都说明他直接承袭了司马光的修史思想。同时这部书也象《资治通鉴》一样保存了不少已散佚的日本史料，因而具有重要的史料价值。《本朝通鉴》是在《资治通鉴》的直接影响下产生的，它的出现为日本史学发展增添了光辉。
    比《本朝通鉴》稍后的《大日本史》，是当时水户藩主德川光国亲自主持编修的纪传体通史。德川光国是江户初期有名的政治家，水户学派的创始者。他设立《彰考馆》，以编修《大日本史》为中心，大力提倡儒学。他还专门聘请流居在日本享有很高声望的明末学者朱舜水为其宾师。朱舜水非常注重历史，认为“经简而史明，经深而史实，经远而史近”，尤爱《资治通鉴》，并写有读《资治通鉴》札记。德川光国也非常重视《通鉴》这部书，说：“辨《春秋》《通鉴》之理致”，可以“鉴于古今治乱”（德川光国《西山公随笔》），并把学习《通鉴》做为他设讲筵的重要内容。负责编修《大日本史》的总裁安积觉是朱舜水的得意门生，在十三岁时就师事朱舜水，有诗称他“家学亲承舜水传”，“余姚一派流日东”。 他也非常喜欢《资治通鉴》，“其妙处，佳处，悉抄录之”，（《先哲丛谈》卷五）曾做了认真的精读。日本著名史学家新井白石认为，他由于读《通鉴》而磨炼了笔力，提高了史识。这些都无不给《大日本史》的编修以深刻的影响。所以，《大日本史》虽然主要是模仿《史记》的纪传体通史，但却明显地打上《资治通鉴》的印记，许多地方有相似之处，主要表现在以下几个方面：一、都强调了历史的劝惩、借鉴作用。司马光说《资治通鉴》“鉴前世之兴衰，考当今之得失，嘉善矜恶，取是舍非。”（司马光《进书表》）“使观者自择其善恶得失以为劝戒”（《通鉴》卷六九）《大日本史》也强调“史者之所以记事也，据事直书，劝惩自见焉……善可以为法，恶可以为戒，而使乱贼之师知惧，将以稗益世教，维持纲常。”（《大日本史》叙）二、都以大义名分为宗旨。《通鉴》开宗明义第一篇就大谈“名分论”，这同样是《大日本史》的思想核心，并根据日本的国体把名分论和正统论密切地联系在一起。三、都对史实做了考证辨异。正如安积觉说的那样，《大日本史》参考了《通鉴》之体，“故参核诸书，甄别异同，则似温公考异。”（《修史本末》卷下）四、都极力主张排佛。正因为《大日本史》和《资治通鉴》有许多共同点，所以一些日本学者认为它很近于《资治通鉴》。
    《大日本史》是中国儒学史观的产物。它推动了日本江户时期儒学的发展，它所倡导的大义名分和忠君爱国的思想，尽管是封建主义的东西，但在当时的历史条件下，对于加强中央集权，维护日本统一，具有一定的进步作用。同时，还为明治维新的“尊王倒幕”、“尊王攘夷”做了思想上的准备，对日本社会变革起到了一种特殊的作用。
    《资治通鉴》虽然是为封建地主阶级服务的，但它体现了当时我国史学的新成就，包含着我国一千多年的古代文化，对于促进日本史学的繁荣和文化的发展产生了不所低估的影响。