马克思主义史学方法论是一个多层次的科学理论体系，它至少应当包括三个层次：历史唯物主义原理，认识历史的科学思维方法和史学的基本技能。
    历史唯物主义原理是马克思主义史学方法论的最高层次。马克思主义强调世界观和方法论的统一，历史唯物主义既是唯物的，又是辩证的。它一方面是历史科学的理论基础，另一方面又是历史科学的研究方法。恩格斯指出：“马克思的整个世界观不是教义，而是方法。它提供的不是现成的教条，而是进一步研究的出发点和供这种研究使用的方法。”（《马克思恩格斯全集》第39卷、第406页）历史唯物主义以人类社会及其发展过程为研究对象，揭示了人类社会发生、发展的规律。它为历史研究指明了总方向，提供了总线索。在人类历史上第一次把历史学置于科学的基础之上，开辟了“以科学态度研究历史的途径，即把历史当作一个十分复杂并充满矛盾但毕竟是有规律的统一过程研究的途径。”（《列宁选集》第2卷、第586页）实践证明：历史唯物主义对历史研究是带有普遍意义的指导方法，它是不可能为其它任何一种哲学体系取代的。
    在历史研究中，历史，包括历史人物、历史事件和历史过程等，是不以人们意志为转移的客观存在。然而，人们在研究同一历史人物、历史事件或同一历史过程时，往往会得出完全相反的结论，这是由于人们对客观历史的认识不同而造成的。正确的认识需要科学的思维方法。辩证思维是建立在科学基础之上的思维方法，是人类思维发展的高级阶段的思维方法。按照列宁的说法，任何科学都要以辩证的思维方式来把握自己的对象，因此，“任何科学都是应用逻辑。”辩证思维包括许多具体的思维方法，其中主要有分析和综合；比较、归纳和演绎；具体的方法和抽象的方法；历史的方法和逻辑的方法等。在认识历史的思维过程中，需要综合运用这几种方法。只有这样，历史研究才能高屋建瓴。对历史现象进行全面、深入的考察。从一团乱麻中理出头绪，把握历史的主干、脉络和全貌，反映出极其生动，丰富的社会历史内容。识认历史的辩证思维方法是辩证逻辑在历史研究中的推广和运用，它是史学方法论的第二个层次。
    作为史学研究对象的历史，无论是历史上的人物，事件和过程都已经消失，今天的人们既无法改变它们，也不能使它们重视。研究历史又不可能直接观察历史，而只能凭借史料，也就是凭借历史遗留下来的痕迹。可是，史料和客观历史之间有着极大的矛盾。史料只能是客观历史的一个部分，一个方面，或一种现象。它与客观历史，有局部和整体，现象和本质的区别以及年代久远，流传失真的矛盾。要解决这些矛盾，就必须掌握搜集，鉴别和整理史料的基本技能。这是整个历史研究工作的前提和基础。此外，历史研究的成果必须用一定的表达形式反映出来，从根本上说，认识内容决定了表达形式，但是表达形式也有相对的独立性。而且要随时代条件的变化而变化：史学家在编纂史书时采用的方法，一定程度上影响到他能否准确，完美地表现错综复杂的历史现象及其发展规律。因此，史学的编纂方法也是历史研究的一项基本技能。史学家在这两个方面积累起来的丰富经验和提出的一系例原则逐步系统化、理论化、就构成了史学方法论的第三个层次，即史料学和历史编纂学。
    史学方法论的三个层次是相互联系，密不可分的。历史唯物主义原理是带有普遍意义的指导方法。离开了历史唯物主义，思维活动就会失去方向，也就无所谓科学性可言。例如：比较是一种最基本的思维方法，但并不等于说它本身就是一种现成的科学方法。在历史研究中运用比较方法总要从属于一定的历史观。比较法的性质及其作用的大小要依它从属的历史观而定。古今中外都曾有人运用过比较法来研究历史。我国司马迁的《史记》，古希腊希罗多德的《历史》，近代德国莱布尼茨，法国伏尔泰，孟德斯鸠以及我国梁启超等人的著作中都曾经运用了这种方法。第二次世界大战以后，在西方，比较研究更为流行。马克思主义经典作家也充分肯定比较法的重要性，并为正确运用比较法研究历史树立了典范。恩格斯在他的名著《家庭、私有制和国家的起源》中出色地运用了比较法研究家庭史。毛泽东在《新民主主义论》这部重要著作中，把中国民族资产阶级与沙俄帝国的资产阶级比较，又把它和历史上欧美各国的资产阶级比较。从多方比较中，更准确地把握了中国民族资产阶级的特性。阐明了新民主主义革命的性质和策略问题。同样是运用比较法研究历史。马克思主义史学家和一切旧史家得到的却是迥然不同的结果。事物总有现象和本质两方面，因此比较也有现象比较和本质比较。如果仅仅停留在现象上，在低级层次上或是枝节上比较。并由此对事物的全体作出结论，那是没有不错的。但是，要从事物的根本问题上，本质上进行比较，要使比较法真正成为科学方法，就必须在一种正确的历史观指导下进行比较。比较研究会遇到比较的目的性和方向性问题，标准问题，划分类型问题以及深入剖析历史现象等问题。这些问题只有靠历史唯物主义才能正确解决。在复杂的历史现象中，把握住正确的方向和实质，真正见到“同中之异，异中之同”，揭示各种历史现象的一般规律和特殊规律。
    对史料的收集，鉴别和整理，也只有在历史唯物主义指导下，进行科学的分析，才能透过种种假象，深入地抓住它们的本质，使材料的生命观念地反映出来。比如，同样是对甲骨文的研究，罗振玉，王国维等学者所能做到的只是互相之间毫无联系的一字之考，一事之辨，敦沫若却能从中看到一个活生生的奴隶制社会。两者的区别在于有无历史唯物主义原理的指导。
    但是，应当看到：历史唯物主义原理所揭示的只是人类社会的一般规律，它所使用的概念和范畴，虽具有高度的概括性和抽象性，但只能反映社会存在和社会发展的最基本方面。