人类社会的历史是极其纷繁复杂的，在历史展开过程中，呈现出光怪陆离的色彩。它比抽象原理具体、生动、丰富得多。并且历史现象和本质之间又是有矛盾的。人们对于历史本质、历史规律的认识，只有经过科学的思维活动才能达到。历史唯物主义原理虽然为历史研究指明了总方向和总线索，但是，没有科学的思维方法，人们的认识还是难以深入到历史本质的各个具体层次。此外，在史料学和历史编纂学方面也离不开辩证思维方法。旧史料学主要是运用形式逻辑的方法来搜集、鉴别和整理史料。就事论事是其显著特点。马克思主义史料学改变了旧史料学的这种思维方法。强调寻找有关史料之间的内在联系，强调分析和综合的有机统一。对于个别史料的考察，如果只是孤立地进行，而不把它们放在一定的历史条件下观察，不以它自身的发展以及它和周围世界的联系上纵横追溯，就不能如实地把握它，深刻地认识它。编纂史书更是要有逻辑性，那是无须赘言的。然而形式逻辑只能做到甲乙丙丁的现象罗列。要使各个具体的史实成为合乎规律的历史发展过程中的一个个环节，则必须掌握辩证思维方法。
    史料学和历史编纂学作为研究的基本技能，也是马克思主义史学方法论体系不可缺少的一个环节。就拿史料学来说，确定个个具体的史实，即对历史现象的感知，是认识历史这个思维过程的出发点，是科学抽象的前提和基础。离开了这个前提和基础，就根本无法进行科学的抽象。试想，如果对历次农民起义的具体内容一无所知，能够得到：“农民的阶级斗争”这一反映本质的概念吗？只有对于历史现象的比较全面的感知，才有可能正确地抽取历史本质，找到历史发展的规律。再说，史学作为一门科学，必须建立在真实的基础上。历史事实是治史的基础，只有把历史事实考察得细致、周全、准确，认识由这些事实所构成的历史过程才有可靠的根据。如果细节俱错，历史规律的真实性、科学性也就无从谈起。恩格斯说：“唯物主义的认识论的发展，哪怕是单单对一个历史实例，都是一种科学工作，要求多年的冷静钻研。因为这是很明白的，单靠几句空话是做不出来的。只有大量的，批判审查过的，透彻地掌握住了的历史资料，才能解决这样的任务。”（《政治经济学批判》附录二）只有掌握了历史研究的基本技能，对史料进行具体的分析研究，才能寻得人类历史的发展规律。
    在史学方法论的三个层次中，目前认识历史的科学思维方法是最薄弱的环节，我国史学界基本上还没有突破传统的思维方式。因此，这方面的研究更应引起我们的重视。
    一切科学思维方法基本上可以分为历史的方法和逻辑的方法两大类。历史的方法是指按照对象产生和发展的自然进程进行研究并揭示其发展规律的方法。逻辑的方法是指用概念、判断和推理等理论形式研究和揭示对象发展规律的方法。
    历史的方法具有两个基本特征：第一是历史性，也就是按照历史上依次出现的人物和事件进行研究；第二是具体性，也就是根据历史上自然发生和依次出现的具体人物和具体事件进行研究。历史方法的实质并非单纯地描述具体的历史事实，盲目地追随一些历史细节和偶然因素，而是通过这些描绘去发现和说明历史活动的内在规律性，抓住隐藏在偶然性背后活动的必然性。
    历史科学是一门具体科学，而不是纯粹的理论科学。它需要向人们展示历史发展的具体过程。一切重要的曲折过程和偶然现象，对于再现历史发展的完整情景是必不可少的。历史方法能帮助人们寻求历史发展的线索，使人们的目光始终不离开历史发展中的重要曲折过程和偶然现象。因此，它是历史研究的基本方法。但绝不能因此否定逻辑方法在历史研究中的运用。逻辑方法也具有两个基本特征：第一是典型性，它摆脱了历史发展的自然过程，从最能体现历史本质和发展规律的因素入手进行研究；第二是抽象概括性，它在研究历史时，撇开了曲折过程和偶然现象，以一系列概念、范畴和前后一贯的理论体系反映出历史的本质及其发展规律。
    历史的方法和逻辑的方法虽是两种不同的研究方法，但实际上却是互相联系，不能分割的。
    首先，这两种方法同样是为了揭示人类历史的发展规律，只不过逻辑方法是采取理论论证的形式，而历史方法则是采取事实描述的形式。但是，理论论证必须以考察具体事实为基础，否则就会变成空洞的理论，失去其认识力量；而事实描述也必须以逻辑联系为依据，遵循历史的内在逻辑，反映历史发展的规律性。否则就会变成杂乱无章的史料堆积，达不到其认识目的。
    其次，这两种方法中的任何一种都不可能以纯粹的形态，单独存在于认识过程中。它们是互相渗透的。既没有不包含历史方法因素的纯逻辑方法，也没有不包含逻辑方法因素的纯历史方法。逻辑方法同样是历史的方法，只不过是摆脱了历史的形式和起扰乱作用的偶然性而已。历史方法也同样是逻辑的方法，只不过是把理论体系体现于历史形式之中罢了。
    第三，运用历史方法研究历史，必须借助于逻辑方法。“历史常常是跳跃式地和曲折地前进的，如果必须处处跟随着它，那就势必不仅会注意许多无关紧要的材料，而且也会常常打断思想进程”，“会使工作漫无止境。逻辑的方法对历史事实经过抽象概括，抛弃细节，抓住主流；抛弃偶然，抓住必然；抛弃曲折和偏差，抓住基本方向和基本线索。它反映的历史是“修正过的”历史，它以理论形式反映了历史发展的规律，可以对历史的方法起指导作用。因为有了规律性的知识，就有了通观整个历史过程和全部历史材料的总观点和总线索。人们从这个观点和线索出发，就能区分史料所反映的主流和非主流，本质和非本质的东西。使那些偶然的，甚至曲折倒退的历史现象都得到科学的说明。
    历史方法和逻辑方法是辩证统一的关系，在历史研究中必须坚持历史方法和逻辑方法相统一的原则，才能深刻地揭示历史的本质及其发展规律。五十年代以来，我国史学界讨论的史与论的关系问题，其实也就是历史方法与逻辑方法的关系问题。在这里，“史”指具体的历史过程及构成这个过程的一系列事实；“论”则是指对具体历史过程和历史事实的理论观点。史与论不能割裂，论是理解史的钥匙，史必须用理论观点来说明和统帅。同样，论也不能离开史，史是论的客观基础，为丰富和发展理论提供条件。史与论，历史的东西与逻辑的东西在客观上就是统一的，并不是马克思主义史学强加给人们的主观要求，历史方法与逻辑方法统一，史与论的统一，这是反映了史与论内在客观联系的。因此，历史研究的结果应是史与论的高度统一，它本身是史，但不是僵死史实的堆砌，而是用大量史实表现出来的理论体系；它本身又是论，但不是范畴的排列顺序，而是按照一定理论体系联系起来的史实。它是客观历史的多方面本质联系在史学家思维中的再现。