抗日战争时期，毛泽东建党思想得到系统总结和多方面展开而达到成熟，中国共产党许多卓越领导人对它的形成和发展都作出了重要贡献，陈云在抗日战争时期当了7年中共中央组织部长，写了许多文章，涉及到党的建设的许多方面，对党的建设做出了独特的贡献。
    一、关于党员队伍建设问题
    陈云非常重视党员队伍建设问题。他指出：“在党的建设中党员的意义和作用这一问题，占有头等重要的位置。”（《陈云文选》〔1926年-1949年〕第64页，以下涉及此书只注页码）
    为了提高党员质量，陈云在《怎样做一个共产党员》一文中，提出共产党员的六条标准：第一是终身为共产主义而奋斗。第二是革命利益高于一切，要求党员要对于民族、对于革命、对于本阶级、对于党，表示无限的忠诚，把个人利益服从于民族的、革命的、本阶级的和党的利益。第三是遵守党的纪律，严守党的秘密。要求每一个共产党员坚决地自觉地遵守党的纪律，与一切破坏党的纪律的言行和倾向作斗争，使自己成为遵守党的纪律的模范。第四是百折不挠地执行党的决议。共产党员不能只是口头上拥护党的决议，而在于坚决执行决议，在实际工作中实现这些决议。第五是群众模范。广大人民群众是根据党员的实际行动来衡量党的，所以党员一举一动都要给非党群众造成好的影响，成为各方面的模范。第六是学习。学习马克思列宁主义理论，培养坚定的党性。还要学习历史，学习军事知识，学习文化，尤其重要的是随时随地在实际中学习，向群众学习。（第72-77页）
    针对抗日战争时国统区党组织所处的特殊环境，陈云特别强调要清除不健全分子。他说：“目前党内的不健全分子应该淘汰，使之退为党的同情者，团结于党的外围。”（第169页）他又说：“如果党员的政治质量不高，如果党内混入奸细，那就不能与敌对势力作残酷的斗争。我们在全党范围内提出党员的质量应重于数量，那么，在敌占区及大后方，这个方针就更为重要，更应严肃对待。”（第139页）
    党员对党要忠诚老实，这是陈云一再向党员提出的要求。他指出：“我们共产党内也不允许有对党言行不一致的党员，不允许任何党员对党讲一句假话。”他又说：“党员对党隐瞒应该向党报告的事情是极端错误的。我们共产党不允许党员有这样的行为。”（第133页）
    在土地革命战争时期，有些党员脱离了党或同党中断了组织联系。抗日战争时期，其中有些人又要求恢复党籍或重新入党。陈云提出了解决此问题的四个原则：长期脱离党，但仍在继续为党工作，党内有人证明者，恢复党籍；长期脱离党，自称仍在为党工作，但党内无人证明，而今日已具备入党条件者，重新入党，候有证明者，恢复党籍；曾经参加党的工作，中有相当时间（一两年）脱离党的工作，未做违反革命利益的事，而现在已恢复党籍者，则脱离党的工作的这一时期，不算在党龄之内；长期脱离党，未做违反革命利益的事，经过相当长期的考察而今已具备入党条件者，重新入党。（第70页）
    二、关于干部队伍建设问题
    陈云在《关于干部工作的若干问题》一文中，引用了斯大林讲的：“人才、干部是世界上所有宝贵的资本中最宝贵最有决定意义的资本”和毛泽东在六届六中全会上的报告中讲的“政治路线确定之后，干部就是决定的因素”的论述后，指出“这是通用全世界的，不但外国通用，中国也通用；不但共产党通用，国民党也通用。”“这些话无疑是十分正确的，因为党的一切决议和政策，都是要通过干部去实现。党的干部不同于一般党员，是党的骨干。干部在党的组织中占重要地位。党看重干部的作用，认为没有坚强的干部队伍，我们党的事业就不能发展，就不能取得革命的胜利。”（第144页）
    关于如何挑选干部，陈云提出四条标准：第一，忠实于无产阶级革命事业，忠实于党。就是革命利益高于一切，有为党慷慨牺牲个人一切的决心。第二，与群众有密切联系。第三，能独立决定工作方向并负起责任。必须能独立工作（因为是战争环境，中国又大）；在失去联系时能独立负责，但又不是拒绝上级领导，忠于职守，拿得起，放得下。第四，守纪律。
    在具体的干部工作方针上，首先，他提出了了解人、气量大、用得好、爱护人的干部政策。所谓了解人，就要做到“看人不要只看一时，只看一面”。要克服看人的两种毛病，一种是一只眼睛看人，只看一家一面，不看全面，第二种毛病只看这个人今天干了什么，没有看到他以前干些什么，只看到他本领的高低，没有看到他本质的好坏。所谓气量大，就是要“善用各种人才”。所谓用得好，就是“在你领导下的人都很高兴工作，都很积极工作，能够这样，工作就一定会做得好”。所谓爱护人，就是“使用干部不要今天拉起来，明天放下去，好象打桩一样”，“对下面干部任何不安心问题，都要想法子去解决”，“当着解决一个干部的问题，关系到他的政治生命的时候，要很郑重、很谨慎、很细心地去处理它。”（第48-55页）其次，陈云还提出了了解干部和审查干部问题。他指出：“审查干部，必须区别好坏，了解优点和缺点。但在现状下……首先要区别好坏，这种审查是不可免的。审查干部必须实事求是、客观、严格。结论应该是不可反驳的。切忌以直观的推测为依据。”不单看言论和态度，主要看本领和实际。不仅看一时一事，主要看整个工作历史。审查干部必须对党对干部有高度责任心。不能疏忽大意，不能冤枉好人。审查干部必须采取正当的方法，绝对不准以特务的手段对待党的干部。审查干部必须做出符合实际的书面结论，切忌含含糊糊和悬而不决，切忌空口无凭。第三，他提出了教育和培训干部的原则。陈云提出，老干部需要教育，新干部更需要教育。革命基本理论和实际工作教育要一致起来。只停于实际，就不会有远大目光；只停于高远理论，就不能解决实际问题。理论和实际两者不能或缺。要打破轻视实际的观点，也要反对不安心学习理论的思想。分配干部适当的工作，使其负责，在工作中受到教育。在工作中，发现干部有错误时，要及时教育之，纠正之，说服之，使之在工作中求得教训，并鼓励他们吸取和正确地运用别人的经验。发展其长，克服其短。适当表扬优点，适当批评弱点。（第149-150页）第四，关于加强党内干部团结的原则。陈云分析，当时干部不团结有四种：新干部与老干部；军队干部与地方干部；外来干部与本地干部；同类干部（军队与军队、地方与地方、部门与部门）之间。其中，以新老干部的不团结为最多最久。干部闹不团结的原因，从客观上说，是工作性质不同，要求不同，个人的经历不同，工作能力强弱不同，等等。从主观上说，是个人主义、本位主义、官僚主义，互不佩服，有功必居，有过则推，不以党的利益为重。解决团结问题，应鼓励干部互相了解、互相学习、互相尊重。必须使所有干部认识一个基本问题，领导革命的基本力量是党，不论新干部和老干部，军队干部和地方干部，外来干部和本地干部，都必须在维护党的利益的原则基础上团结起来。（151页）第五，加强干部部门的工作。陈云认为，干部工作是组织部门中最主要的工作。干部部门要有相当数量和质量的干部，人选力求忠实，公正，有能力（包括有一定的革命经验和社会经验，以及细心、耐烦等）。干部部门应经常了解、考核、选拔干部、向党委提供意见。干部的任免、奖惩等重大事项，应按组织原则，根据考察材料，并考虑干部部门的意见，经党委会讨论通过，不是一两人说了算。