年鉴学派的研究开拓了历史研究的新领域，把历史研究从政治、军事、外交史扩展到经济学、地理学、社会学、人类学等无所不包的广泛的研究范围中去。历史研究不再是限于朝代的更替、帝王的变迁、战争和政治制度的沿革等狭小圈子。物价、工资、人口、婚姻、家庭、死亡、宗教、爱情、巫术、神话、权力等，都成为年鉴史学研究的主要对象。他们开辟深层历史学的研究，从人类学、社会学、心理学等方面再现历史，使历史不单是表现自然、社会，而是表现人的内心活动，使人的内在的精神状态和社会现实融为一体。年鉴学派史学家强调历史经验的差异性，坚持从众多的角度去研究历史，推动了法国当代文化史的发展，并始受到西方史学界的重视。
    但是，年鉴学派的思想和方法论也不无欠缺之处。尽管近年来年鉴史学家通过数量方法，使历史研究取得了重大进展，如数量经济学、人口统计学，对精神状态诸要素进行结构统计分析、计算机处理等等，但历史学是否像某些年鉴史学家所夸大的那样仅仅是数量史，仍然是个疑问。注重数量方法，排斥非数量方法，可以引起两种后果：
    第一，统计方法趋于强调结构的重复性和非变化过程，历史的变化容易被忽视或很难通过定性的描述来说明。
    第二，在逻辑分析过程中，历史学家成为统计数据的收集者。而数量方面仍面临着几个难以逾越的障碍。首先，数量方法以充分的历史资料为基础，没有历史材料就无法进行统计分析。在人类历史中，真正能满足历史家需求的充足的历史资料，不过是近代或当代，古典文明和中世纪时期资料贫乏，限制了数量方法的使用范围；其次，数学符号不能代替语言描述和解释，历史学不能仅是一堆数字和公式的组合，对于历史规律的描述必须用定性方式，所以，数量方法仅仅是历史研究的手段之一；再者，数量方法适用于结构分析，但结构分析本身仍存在着许多局限性。结构内部的动态平衡、结构转换用数量方法是很难表示的；最后，人类科学的发展是否能把社会科学研究过程全部转化为自然科学研究过程，这关系到对于人的意识过程能否完全用计算机手段进行模拟，也关系到是否能揭示人的意识过程、精神现象、心理过程的内在关系。年鉴派史学家认为“数量历史能够在将来计量现在无法计量的事物，可以打开了解人类行为基础的大门，并揭示人类行为的动机。”⑤这种看法显然过分乐观。仅从现在看，数量方法是不能完全取代社会科学、历史科学方法的。另一年鉴派史学家勒高夫就已经承认，“文献爆炸部分地反映出历史学关心所有的人的愿望，但新史学不应勉强要计算机去计算无法计算的东西或忽视不可计量的素材，不应单靠计算机去编制历史或重温实证主义史学家的旧梦，让文献客观地制造历史，自己却袖手旁观。”⑥
    数量分析的局限使年鉴史学家只是对中世纪晚期和近代的研究有所突破，对古代、中世纪早期的历史和当代史的研究进展甚小，原因在于古代、中世纪早期所遗留的历史资料太少，新方法难以渗透到其中的研究中去，所以不得不采用传统史学的方法；当代史资料过于庞杂，且受现在的社会观念、政治观点的影响，历史学家本身不能不受干扰，所以年鉴派史学家认为，“当代史的问题应由后代人来解决”。年鉴派史学家的目的是对过去做出解释。
    年鉴学派的历史理论重结构、轻规律。布鲁戴尔的三层次历史观具有典型意义。他的历史观强调历史的长时段、地理环境的决定作用。虽然布鲁戴尔否认自己的地理历史论与孟德斯鸠在《论法的精神》中的地理环境决定论具有共同的特征，但在他的地理历史论中，地理环境对于人的日常生活、社会活动的直接作用是明显的。在《地中海和腓力二世时代的地中海世界》第一章中，他所论述的地理历史仅仅涉及到人口迁移、农业生产类型等，这种地理历史的意义显然有些过于狭隘。人类在空间上的分布、运动变化以及地理历史对社会产生的影响远不止于这些。如匈奴西迁、阿拉伯人对地中海的封锁、新航路的开辟，都有巨大的相应后果。布鲁戴尔既忽视自然历史之间相互运动、变化的关系，也同样忽视人类的社会历史与历史事件之间的错综复杂的关系，即如何解释历史事件对社会发展变革的决定性作用。政治事件往往在历史的转折关头使历史发生根本性的变化，最后改变了历史本身。布鲁戴尔虽然确定了长时段、中时段和短时段三层次历史的构架，并依次说明其重要性，但并未从历史规律的角度去探索、认识这三种历时性要素在地中海整体的共时性结构中的相互变化的关系。
    对政治事件的作用，第三代年鉴史学家有恢复其声誉的迹象。勒高夫声称：“排斥政治史不再是一项信条，因为政治的概念发生了变化，新史学不能对政治置之不理。同样，建立在崭新基础上的历史事件也恢复了名誉。”⑦第三代史学家开始对政治事件进行探讨、研究，但对年鉴史学家来说，政治史和历史事件在人类社会发展过程、人类文明史中的重要地位和作用，仍是一个有待解决的重要问题。
    从黑格尔、马克思、韦伯到汤因比，都试图去发现和揭示历史的内在规律。黑格尔认为历史是绝对观念复归的异化过程；韦伯从历时性和共时性两方面，从多元化的因果规律上去揭示西方文明历史的本质，说明历史发展的规律就是文明社会的兴衰过程；汤因比的文化形态史观，通过文明之间挑战与应战的发展过程，来说明历史发展的规律就是文明社会的兴衰过程；马克思的历史唯物主义则从生产力和生产关系的矛盾运动入手，证明了人类历史发展的根本规律。但是，在理论上摇摆于历史哲学和实证主义批判考证方法之间的年鉴历史学派，一再表示不感兴趣于历史决定论即所谓历史的内在规律。如果说“总体史观”代表着年鉴学派的史学理论，那么“总体史观”本身在共时性结构方面的局限性则显示出理论上的不足。首先，由于注重结构，轻视历时性过程，忽视历时性和共时性的转换关系，因此它不可能从人类社会自野蛮时代进入文明时代以来，一直到当代的整个发展过程中，去发现人类社会发展的内在规律；其次，过分地偏重于研究手段、方法，放弃了理性思辨。这是法国历史学家和德国历史学家的区别。尽管兰克史学强调实证方法，但德国人重视思辨的传统是人所共知的。理论是否能上升到哲学的高度，反映能否把握住规律并对其进行解释的理论能力的问题。年鉴学派的理论与其说是理论，不如说是一种手段、方法。第三，历史研究的一个重要课题，就是在对历史进行研究的过程中去发现规律，并预测人类的未来，这就是“历史为当代服务”的一个重要意义。黑格尔从绝对精神的异化过程中试图证明普鲁士王国的兴起；汤因比在否定了世界不同地区、不同历史阶段的二十五个文明之后，预示基督教文明的最后胜利；韦伯从古代资本主义制度的兴衰来论证当代资本主义的合理性；马克思的历史唯物主义通过人类社会不同社会阶段的更替，证明阶级社会必将消亡，社会主义、共产主义的必然最终实现。但年鉴学派史学家却很少做出这样的解释和预见。他们回避理论体系，不喜欢历史决定论的研究方式，避免在史料不充分的情况下寻求理性的思辨过程。勒高夫说，“我们所希望的是历史科学今后能够更好地避开历史哲学的诱惑，抛弃以天命自居的吸引，更好地向人类亲身经历的历史看齐。”因此，年鉴史学家不由自由地偏近于实证主义的研究方法。不同的是年鉴学派在史料的范围上，对于历史问题的分析上，其着眼点区别于实证主义。年鉴学派的史学理论最后仍徘徊在再现历史和问题历史之间。