关于标点。陈垣先生说：“现在我们要整理史料，第一步的工作便是在翻印旧书的时候，最低限度，要将旧书点句，能分段分节，加以标点符号更佳”。（《中国史料的整理》）虽然“五四”白话文运动已获得了胜利，新书加标点符号已为人们广泛认可，但对于整理古籍是否加标点符号、是否分段仍认识不一，如当时（1928年）出版王国维的《王静安先生论文集》就没有点句，之所以不点句，可能是崇古之风犹存。陈垣先生明确提出这一看法是有现实意义的，也是有针对性的。古籍整理最基本的工作是标点和分段分节，这在今天已成为共识，而在七十年前作为一个学术主张，则具有开创性的味道。
    陈垣先生认为，古籍只有标点、分段、分节才能便于人们阅读，节省时间精力，并指出古代读书人读书也需要有章节句读，“八、九百年前宋代的学者，便已经整理出一部现在我们见到的章节句读非常明白的《四子书》了。就是旧刻的佛家经典，也是有圈点的。”（《中国史料的整理》）句读标点对研究者和普通读者来说都是必要的。
    关于校勘。校勘是整理古籍，还古籍以本来面目的重要工作。校勘在我国有着悠久的传统，从西汉末年刘向、刘歆父子校理群籍算起已有二千余年的历史，历代学者在实践中总结出不少有益的经验，特别是宋代，对校勘经验开始了有意识的归纳，如彭叔夏的《文苑英华辨证》、廖莹中的《刊正九经三传沿革例》等。清代考据学兴，乾嘉诸儒以注经考史、校勘典籍为治学之依归，校勘学有了长足的发展，在理论和方法上，都有总结、有论述、有实践。如顾广圻、卢文弨等校勘古籍以善本，特别是宋元旧版为依据，强调保持原貌，注明异同而不加改动，后人称之为对校派。而段玉裁和王念孙、王引之父子等重视各种异文资料，依靠自己的学识，主张改正错误，后人称之为理校派。陈垣先生将刘向以来校勘学成果以及清人校勘学的观点和方法融会贯通，使传统校勘学走上科学的轨道。他取对校派与理校派的精华，去掉他们的偏见。第一，他继承了对校派使用的校勘方法，将版本依据，特别是把搜集古本、善本放在重要位置，强调用多种版本对校，但同时又抛弃了对校派过份迷信宋元旧版的弊端。第二，他继承了理校派注重通例、重视利用版本以外的各种异文资料、重视运用各学科知识订正错误的方法，但同时去掉了他们容易忽视版本依据，只凭学识而出现臆改的缺陷。且清儒校书多囿于经书和小学，于史籍着意不多，而他则从校史入手，总结归纳校勘学的理论和方法，使之适用于各类古籍，具有普遍的指导意义。
    陈垣先生校勘学的精华体现在《元典章校补释例》中，这是他在校勘沈家本刻本《元典章》的工作中总结出来的。他前后共校出沈刻本《元典章》伪误、衍脱、颠倒等一万二千余条，撰成《沈刻元典章校补》。其后，又从这一万二千余条中取十分之一，加以分类说明，为例五十，分六卷，即《元典章校补释例》。他说：此书“非仅为纠弹沈刻而作”，而是“将以通于元代诸书及其它诸史”，并能“于此得一代语言之特例，并古籍窜乱通弊”（《元典章校补释例》自序）。由此看出，他所做的这一工作，非仅为校勘《元典章》一书，而是以它作为典型材料，有目的的总结校勘的一般规律，以广泛用于古籍的校勘。
    此书中的“校法四例”又是全书的精义所在，是校勘方法论的科学概括。校勘四法即对校、本校、他校、理校。对校，以同书祖本或别本相对校；本校，以本书前后互校；他校，以他书校本书；理校，不凭本而凭理。这四法是校勘的一般方法在校勘工作的不同阶段、不同条件下的具体运用，理论性和实用性都极丰富，限于篇幅，不再赘述。
    这部书刚一出版就在学术界，特别是在从事古籍整理的学者中引起轰动。胡适为此书作序，称：“这部书是中国校勘学的一部最重要的方法论”，“是新的中国校勘学的最大成功”，推崇备至。当时在北大、清华两校讲授校勘学的清华大学教授刘文典看到此书后给陈垣先生写信，“说：“深佩先生校订古籍之精而勤，与方法之严而慎。凡研讨元代典章制度者固当奉为南针，即专攻版本校勘之学者，亦当谨守先生所用之法则也。”（《陈垣来往书信集》第610页）并将此书存放系研究室供师生参阅。
    就古籍校勘而言，陈垣先生的贡献巨大，迄今未有人超过。六十年代，国家组织国内一流学者点校《二十四史》，就曾将陈垣先生的《校法四例》印发给各组，作为重要参考书。可以说，从事古籍整理而不懂校勘四法是难以胜任工作的。
    编制目录索引也是古籍整理的重要内容。陈垣先生治学是从目录学入手的，他一生的学术研究从未离开过目录学，用目录学的方法整理古籍、为学术研究服务是他一贯提倡的。他对于编制古籍目录索引有系统设想，提出除编制一般古籍目录外，还应编制群书篇目目录和重要书籍索引。传统古籍目录大多只著录书名、卷数、著者、版本等，于书中篇目，特别是文集中的篇目未曾注意，这对于学术研究实在是不方便。分类编制篇目目录则便于研究利用，这也是他自己在研究中的切身体会。他曾亲自动手将《四库全书》集部中的部分文集篇目抄录编排，颇便使用。
    陈垣先生还认为重要书籍应当作索引，这是借鉴西方书籍的有关做法提出的。将一书（当然是重要的经典古籍）中的人名、地名、事件等编成索引附于书后，会使“学者研究学问时间极省而效能极高”。（《中国史料的整理》）他承担《新、旧五代史》的点校任务，在动手之前，曾让刘乃和先生编制人名、地名索引，虽然前期工作很费时间，但具体点校时就容易多了。古籍整理应当重视编制索引，可惜他的这一建议没能引起同行的足够重视，直至今天仍然如此，很令人遗憾。
    陈垣先生重视古籍目录的编制技巧，多有创见。他编纂的反映北图馆藏敦煌经卷的目录--《敦煌劫余录》，共十四卷，分三部著录：第一，“总目”，列书名、译者或撰者、卷数、轴数、页次等；第二，“检目”，按千字文顺序排列，既是原轴的编号，又是排架号；第三，各轴一一著录，有原号、起、止、纸数、行数、附记六项。三个部分互相配合，既揭示了藏书内容，又便于读者检索。胡适在《〈敦煌写经题记〉与〈敦煌杂录〉序》中说：“陈垣先生的《敦煌劫余录》流行于世，其考订之详，检查之便利，已远在巴黎、伦敦诸目之上。”（《胡适书评序跋集》）此言断非溢美之词，可作为编制古籍目录的范本。
    此外，陈垣先生编纂的宗教目录如《中国佛教史籍概论》、《道家金石略》等，也示人以方法和路径，都是独具特色的古籍目录。
    陈垣先生还提出将古籍中的有关材料用分类或专题的方法编纂汇辑，可称专题资料汇编，这对于研究者来说是非常便利的，我国古代的类书、政书就有这个意思。这也是古籍整理的重要方法。