关于档案的整理。陈垣先生认为档案是未成书册的史料，他对古代档案的整理有一套完整的设想和方法，这是他主持故宫博物院工作时的经验总结，对今天仍具有指导意义。他归纳整理档案的方法有八条。其一，分类，按照档案的种类，或由形式分，如纸样格式，长短大小，颜色红白，或成本的，散页的，都把它们汇别起来；或由文字分，如汉文的满文的蒙文的，都分在一起，这是最初步的工作。其二，分年，是分类之后，以年做单位，把同一年份的同类文件都集在一起。例如先分明清、清又分康熙乾隆，乾隆又分六十年，同年的按月日先后集在一起。其三，分部，档案有属于各部署的，例如兵部的文件归兵部，礼部的文件归于礼部，这样类推下去。其四，分省，例如报销册一项，有浙江省来的归在浙江省，福建省来的归在福建省。其五，分人，把一省一省的督抚所来的文件按人分在一起。雍正硃批谕旨，即是这种分法。其六，分事，是整理档案的较为细密的工作，把所有与某一事情有关系的文件，如乾隆时纂修《四库全书》的文件，接待英国使臣的文件，凡同一事的，都按年月集在一块，这样便理出头绪来，可以检阅了。其七，摘由，完成了分析的工作以后，再把每一文件的事由摘出来，使研究的人一看摘由便能了解内容的大概。此种工作非常重要。其八，编目，是最末一步的工作，就是把所有整理成功的档案编成几个总目，或分部，或分省，或分人，或分事，使后来检查档案的人只须将总目一查，便能依类查出。这八种方法实际上也是整理档案的八个步骤，由简到繁，由浅入深，条分缕析，其核心则是如何更方便读者使用。以现代思想和方法整理古代档案史料，陈垣先生是当之无愧的开拓者和奠基人。
    从事古籍整理工作还必须具备历史年代学、避讳学知识。古籍产生的时代，古籍中的年代记载，古代有关历法、纪年问题，中西回三历换算问题，都是古籍整理工作中无法回避的，不掌握历史年代学知识，不解决这些疑难，古籍中的许多问题都无法解决。陈垣先生在历史年代学方面的主要贡献首推历表的编制，其次则为利用年代学知识考证史事。1925年和1926年，他的《二十史朔闰表》和《中西回史日历》相继出版，填补了空白，深受学界欢迎。对于从事中西交通史研究和古籍整理工作，是非常重要的工具书。
    避讳是中国历史上特有的现象，要求文字上不得触犯帝王及尊亲的名字，因此，古籍中因避讳改易姓名、官名、地名、年号的地方很多，给读者造成很大困难，因此陈垣先生说：“不讲避讳学不足以读中国史。”（《通鉴胡注表微·避讳篇》）还可这样说：不懂避讳学，不足言古籍整理。他在深入研究历代避讳现象的基础上，参考前辈学者的研究成果，完成了《史讳举例》八卷，举例八十二，这应是古籍整理工作者的必读书。下面举一个他用避讳学知识校勘古籍的例子。《北齐书·神武纪》载高欢的父亲名树，而《北史·齐纪》及《魏书·高湖传》作树生。同为正史，记载不同，高欢的父亲叫高树呢？还是叫高树生呢？陈垣先生用避讳学知识解决了这个疑问。据《北齐·杜弼传》：“相府法曹辛子炎谘事，云须取署，读署为树，高祖（高欢）大怒，杖之。弼进曰：‘礼，二名不偏讳。孔子言征不言在，言在不言征。子炎之罪，理或可恕”。孔子的母亲名征在，古礼二名不偏讳，单言二名中的一个字是可以的，不算犯讳。陈垣先生说：“若单名树，则弼言无稽矣。唯名树生，故弼言此。”由此可以推论高欢父亲的名字是二个字，即高树生，《北齐书》脱落一“生”字。遗憾的是中华书局校点本《北齐书》并未借鉴陈垣先生的研究成果而加以改正。
    三、古籍整理的丰硕成果
    陈垣先生关于古籍整理的态度和归纳总结的方法（包括这方面的专著）已如前述，就具体古籍整理的成果而言，亦硕果累累，蔚然大观。以下作一简要介绍。
    （一）影印翻刻稀见古籍
    陈垣先生参与影印翻刻许多稀见古籍，其中首推《四库珍本丛书》。众所周知，陈垣先生是我国最早研究《四库全书》的学者。1915年，承德文津阁《四库全书》到京，他即费十年心力，全面系统地翻阅一遍，写出了《文津阁书册数页数表》、《编纂四库全书始末》、《四库撤出书原委》等文章，揭开了蒙在《四库全书》上的神秘面纱。当时政府和出版界有影印《四库全书》之议，但由于此书部帙太大，其具体情况如有多少种书，每种书有多少册、多少页，大部头的书有多少部，每部有多少卷、多少册、多少页，心中无数，无法估算纸张、制版、印刷、装订的费用，而陈垣先生的调查和阅读，使影印预算有了准确的依据。
    1920年，徐世昌任总统，命朱启钤为监印总裁，欲费690万银元，印造200套《四库全书》，终因费用过巨而未能实行。后教育部与上海商务印书馆两次商议印制《四库全书》，亦未果。1933年，教育部与商务印书馆改变全印计划，决定选印《四库全书》中的部分书籍。共聘请15名专家，确定选印231种，成《四库全书珍本目录》，用文渊阁本缩印1500部。陈垣先生就是15名专家之一，他对这次影印成功做出了重要贡献。首先他于文津阁本《四库全书》非常熟悉，于文渊阁本《四库全书》亦很了解，（他曾出任清室善后委员会委员，得阅故宫文渊阁书）这在当时无人能比。如1930年，中央图书馆筹备处编印《影印四库全书未刊本草目》，请有关专家审议，其中《例言之三之乙》曰：“文津阁本所缺之书，应否列入目录，以备检查文渊阁本。”陈垣先生说：“文津阁本所缺之书，文渊阁本亦缺，无庸列入目录。”当时能如此明确指出这一点的。恐怕不会有第二人。再如《例言之一》曰：“（《四库全书》中）其已有宋元刻本即流传已少，有同未刊者，亦为选入，以广其传。”陈垣先生说：“重在未刊诸书是也。其已有宋元刊本，流传虽少，若将来有人刊出，库本即失其价值。”这条意见最为精彩。影印四库珍本以未刊行之书籍为重点，但如果宋元刻本尚存，就不要影印《四库》本，应影印比《四库》本更早的本子，在校勘学和史源学上强调祖本和最早的史料，其价值和意义不言自明，这对影印古籍和读书治学都是极重要的提醒。
    陈垣先生于故宫博物院成立之初任图书馆长，除《四库全书》仍存文渊阁外，将宫中所藏其它古籍集中存放在寿安宫前后殿及左右相属之延楼，逐日检点，将稀见且有价值的书籍刷印流传。又对宫中档案进行整理，编印《文献丛编》、《史料旬刊》、《清文字狱档》等，披露大量珍贵史料，受到学界的广泛欢迎。在此期间，值得一提的是他发现了一部重要丛书--《四库荟要》，这是在编纂《四库全书》的同时精选出来的一部丛书，份量约为《四库全书》的三分之一。《荟要》共钞成二部，其一存放在圆明园之长春园的味腴书室，同文源阁《四库全书》一样，于1840年被英法侵略军焚毁；另一部即贮于故宫御花园之摛藻堂。《荟要》以前很少有人知道，陈垣先生也是在研究《四库全书》时才知道有此书的。《荟要》的发现是学界一件大事，曾引起广泛关注。有关《荟要》的详细情况，刘乃和先生在《史学史研究》1985年第3期上有专文考述，可参阅。
    陈垣先生是宗教史专家，曾致力于宗教古籍的翻印整理。如校对《铎书》并作序，校刊《灵言蠡勺》并作序，校刊《辩学遗牍》，影印《名理探》等。