（二）古籍专题资料汇辑和编制目录索引
    陈垣先生在这方面做了大量工作，现择其要者介绍数种。
    1、《道家金石略》。这是陈垣先生为研究道教各流派而编纂的一部石刻史料汇编。他从20年代开始汇辑，上起汉魏，下至有明一代，共录1300余通，金元部分过其半。他在《南宋初河北新道教考》一书中说：“余昔纂《道家金石略》，曾将《道藏》中碑记及各家金石志、文集并艺风堂所藏拓片，凡有关道教者悉行录出，自汉至明，得碑千三百余通，编为百卷，顾以校仇不易，久未刊行。其金及元初部帙，十之一属道教旧派，十之二属大道、太一，十之七属全真。元并江南，始有正一诸碑，与全真对峙，然河北大部仍属全真也。”此书后经陈智超先生增补校正，于1988年由文物出版社出版。煌煌巨制，令人敬佩。
    2、《中国佛教史籍概论》。佛教典籍是很多研究史学的人望而生畏的，很少有人介绍，能利用的人更少。陈垣先生说：“中国佛教史籍，恒与列朝史事有关，不参稽而旁考之，每有窒碍难通之史迹。”（《缘起》）故此，他选用不同体裁的三十五种佛教典籍，从内容、编纂方法、史料价值和在史学研究中如何应用等几个方面作了详尽的介绍和评述。
    3、《敦煌劫余录》。这是陈垣先生主持北京图书馆工作时编定的反映该馆馆藏敦煌经卷的一部专题目录。此书编写难度很大，他在序中说：“夫写定之难，阙为首尾不俱之残轴。轴首尾无经名而轴中有品名，尚易定也。虽无品名，而其文为吾人所常习，如《金刚》、《法华》之类，亦易定也。惟久佚及罕习之经论，往往一残轴比勘多时，谘询多人，仍不能考定。”而他知难而进，不单在考证上解决许多疑难，留下许多精辟之论，而且在全书的编排上，借鉴中国传统目录和西方现代索引的编制方法，颇具特色。（前面已详述，兹从略）。
    4、《明末清初教士译著现存目录》。这是他研究中国天主教史时所编目录，分说教、天文、历算、地理、艺术等部，惜未正式出版。
    5、《乾隆基督教目录》。陈垣先生欲仿《开元释教目录》之例，网罗乾隆以前基督教中的名著叙跋而著录论列之，部分与《明末清初数士译著现存目录》重。
    6、20年代，陈垣先生在北大研究所国学门任导师时，曾指导同学编纂古籍目录索引，其中以古代类书居多，计有：《艺文类聚引用书籍》、《太平御览引用书籍增订目录》、《太平御览引用书细目》、《太平广记引用书籍增订目录》、《慧琳一切经音义引用书目录》、《希麟续一切经者义引用书细目》等。
    （三）《元典章校补》与《旧五代史辑本发覆》
    《元典章校补》是陈垣先生的一部力作。《元典章》为元代一部重要的典制书，因书中多方言俗语白话，前人往往不予重视，而陈垣先生则认为此书是“研究元代政教风俗、语言文字必不可少之书。”（《元典章校补释例》序）他的第一部史学专著《元也里可温考》就曾大量引用此书中的材料进行论证。由于前人不重视，故传世版本甚少，直至民国初年，才由沈家本刊刻行世。但沈刻本谬误极多，他前后共搜集到五种版本与沈刻本对校，有聚龙里巴陵方氏旧钞本、南昌彭氏知圣道斋抄本、吴氏绣古亭影抄元本、阙里孔氏藏影抄元本、故宫藏元刻本，其中故宫藏元刻本为他在故宫博物院任职时所发现，对校勘工作帮助最大。1930年5月至31年2月，他利用这9个月的时间集中进行校勘工作，从沈刻《元典章》中校出伪误、衍脱、颠倒诸处一万二千余条，仿照宋楼大防《乐书正误》的格式略加变化，成札记6卷，阙文3卷，并做表格1卷。另有《释例》6卷单独刊行。为了便于读者使用，在刻印此书时采用木版，且字体版式全仿沈刻本原书，有沈刻本者可配叶装订。这是他时刻想着读者的又一例证。
    《旧五代史》是清乾隆年间修《四库全书》时从《永乐大典》中辑出的，是《二十四史》中唯一的辑佚本。陈垣先生以《册府元龟》校《旧五代史辑本》，发现除一般的传写脱误、遇讳改字外，原来的“胡”、“虏”、“夷”、“狄”等字亦全部改易，其它缘犯忌而改窜的地方也所在多有。但自四库辑本刊行后，许多学者不明真象，以为真本如此，录诵引据，信奉不疑。陈垣先生花费巨大精力，将《旧五代史辑本》全面校勘一过，积累了大量资料，仅稿本就有三尺多厚，从中精缩成《旧五代史辑本发覆》3卷，为恢复《旧五代史》的本来面目做出了重要贡献。此书除了具备重要的史学价值外，还有重要现实意义。四库馆臣辑佚之时，乾隆皇帝明令禁止在刊写中将胡虏夷狄等字改易或空字，违者严惩，但馆臣仍删改如故。为什么会这样呢？陈垣先生说：“今薛史辑本之改窜，更甚于空白改写，其敬慎耶？其不敬之甚者耶？抑以为空白改写，终留痕迹，不若迳将史文删改灭迹，可以免诏书之诘责耶？然安知后之人不能发其覆，岂非所谓欲盖弥彰也。”他进一步指出：“今乃辑佚，何能轻易其词。此义馆臣岂不知，然而仍效昔人改窜中秘书之故智，欲以一手掩天下目者，其视清朝之心实与明季诸人无异也，不过一则阳斥之，一则阴指之而已。呜呼！四库馆之开，清之据，中国百三十年矣，士大夫之心理仍若此，此其故亦耐人寻思哉！”（《旧五代史辑本发覆》卷3后论）此书写作之时，日本侵略者步步进逼，华北形势岌岌可危；此书刊刻之日，北平已经沦陷，日伪政权如“北平维持会”等已开始运作。陈垣先生此书此论于此时发表，对知识界颇有鼓舞作用。傅增湘为此书作序，曰：“孰知隐伏于士大夫之衷曲者，固沈挚而不可磨灭如是耶！其外之虔恭愈甚，斯其内之厌弃也益深，君子观人心之未亡，而知国事尚有可为也。援庵之为此编，殆亦有感于是。”傅氏之言盖深得“发覆”之深意。这是陈垣先生在抗战八年中的第一部史学论著，从此他治学“颇趋重实用”，“颇提倡有意义之史学”，其目的则是“正人心，端士习”，（《陈垣来往书信集》第302页）将学术研究、古籍整理同当时中国的社会现实结合起来，体现了一位爱国学者关注国家、民族命运的伟大精神境界。