《季刊》编委会主任胡适在1919年曾经阐述新文化运动的宗旨是“研究问题，输入学理，整理国故，再造文明”（注：胡适：《新思潮的意义》，《新青年》第7卷第1号，1919年12月。）。在《季刊》的创刊号上，胡适撰写了《发刊宣言》，对他所提出的整理国故的倡议作了详细的阐述。这是一篇十分著名的有关整理国故的宣言。胡适在文中首先描述了在“西学”冲击下所表现出的悲观情绪：“有些人还以为西洋学术思想的输入是古学沦亡的原因，所以他们至今还在抗拒那他们自己也莫名其妙的西洋学术。有些人还以为孔教可以完全代表中国的古文化，所以他们至今还梦想孔教的复兴，甚至于有人竟想到抄袭基督教的制度来光复孔教。有些人还以为古文古诗的保存就是古学保存了，所以他们至今还想压语体文字的提倡与传播。至于那些静坐扶乩、向迷信去自寻安慰的，更不用说。”国学的处境并不乐观，盲目地自大、简单地提倡、消极地僵守，都不是解决问题的正确态度。胡适在总结了自清代三百年以来学术研究的成绩和缺点后，论述了研究和整理国故的方法与原则。第一，扩大研究范围。打破以往国学的狭隘范围，主张国学领域“包括上下三四千年的过去文化，打破一切门户成见。拿历史的眼光来整统一切，认清了‘国故学’的使命是整理中国一切文化历史，便可以把一切狭陋的门户之见都打空了”。第二，注意系统整理。具体包括民族史、语言文字史、经济史、政治史、国际交通史、思想学术史、宗教史、文艺史、风俗史、制度史。第三，要进行比较研究，反对学术上的闭关自守。“向来学者误认为‘国学’的‘国’字是国界的表示，所以不承认‘比较研究’的功用。”“附会是我们应该排斥的，但比较的研究是我们应该提倡的。有许多现象，孤立的说来说去，总谈不通，总说不明白，一有了比较，竟不经解释，自然明白了。”
    这篇《发刊宣言》使《季刊》在创刊伊始就明确表明了整理国故、研究国学的方法和目的。《季刊》之于国学和整理国故的态度，在当时和以后的学术界产生了很大影响。
    二、《季刊》反映的中国史学近代化的特点
    中国史学近代化，最重要的标志是打破了传统史学相对封闭的藩篱，与西方史学思想与方法的接触、碰撞和融合。一方面，继承和坚持传统史学，特别是乾嘉历史考证学的无徵不信、实事求是的优良传统；另一方面，借鉴、接受和引用西方先进的史学观念和史学方法。妥为处理好这两方面的关系，其结果表现为研究领域的拓展、研究课题的变化、治学观念的扭转和治学方法的更新。如前所述，北大所形成的学术风气和研究体制，《季刊》所倡导的整理国故，对于史学近代化无疑具有积极的促进作用。《季刊》在诸多方面都明显地反映出了这种发展趋势。
    （一）拓展新的研究领域，丰富研究课题传统史学的研究对象主要以政治史、军事史为主。从《季刊》的内容上看，涉及到了许多新的研究课题，内容更加广泛，视野更为开阔，其中尤以宗教史、民族史、思想史、历史地理学等方面最为突出。
    陈垣的宗教史著述《火祆教入中国考》、《摩尼教入中国考》分别发表在《季刊》第1卷的第1号和第2号上。宗教史是近现代以来在学术界颇被重视但又公认为艰难的一个领域。陈垣涉及这一领域，并取得了被称为“古教四考”和“宗教三书”的突出成就。上述两文即“古教四考”中的“二考”。火祆教、摩尼教都是流行于唐代的外来异教，文章对于两教传入中国的时间、过程、发生的转变以及与佛、道等大教的关系作了详细考证，注重从宗教与社会政治的变化而产生相应变化这一角度立论。这是首次对这些宗教的系统研究。其他宗教史方面的力作，还有汤用彤的长篇论文《竺道生与涅槃学》（注：《国学季刊》第3卷第1号，1932年3月。），叙述了人乘涅槃的翻译、传译、修改过程，考察了竺道生等人对此的研究和阐释。王维诚的七万余字的论文《老子化胡说考证》（注：《国学季刊》第4卷第2号，1934年。），在比较详尽地掌握了有关材料的基础上，对老子化胡说作了全面性的考证，论述了自东汉老子化胡说之由来，经三国、两晋、南北朝、隋唐、宋元、明清诸朝对此说的辩论和禁毁过程。汤用彤的另一篇文章《读〈太平经〉书所见》（注：《国学季刊》第5卷第1号，1935年。），通过对《太平经》和《太平经钞》的对比，得出两书的卷帙版本状况，认定其为汉代之旧书，还论及了《太平经》与道教及佛教的关系。孙楷第的《唐代俗讲之科范与体裁》（注：《国学季刊》第6卷第2号，1936年。），论述了唐代佛教传输的有关情况。
    民族史研究在传统史学中的地位愈来愈显得重要，学者们利用不断发现的新材料，运用新的眼光和新的方法研究、看待民族史，使得这个研究领域取得了前所未有的新成绩。《季刊》对此非常重视，相继发表了多篇有份量的论文。陈垣的代表作之一《元西域人华化考》（上编）最早发表于《季刊》的第1卷第4号上。这部著作征引书籍200余种，对元代文化发展状况作了全面探讨，涉及元代西域人在儒学、佛教、史学、礼俗、文学、美术等多方面的成就，通过阐述元代西域各族接受汉文化的事实，纠正了明以来轻视元代文化的倾向。该文被称为“石破天惊”之作（蔡元培语）。全书以专著形式出版时，陈寅恪在为之作的序中写道：“近二十年来，国人内感民族文化之衰落，外受世界思潮之激荡，其论史著作，渐能摆脱清代经师之旧染，有以合于今日史学之真谛，而新会陈援庵先生之书，尤为中外学人所推服。”（注：陈寅恪：《陈垣元西域人华化考序》，《金明馆丛稿二编》，上海古籍出版社1980年第1版，第239页。）方壮猷的《鞑靼起源考》（注：《国学季刊》第3卷第2号，1932年6月。）论述鞑靼与柔然、突厥、室韦等族的相互关系，得出了鞑靼族属柔然苗裔、于元明期间壮大起来的结论。张鸿翔的《明北族列女传》（注：《国学季刊》第4卷第1号，1934年。），仿传记体裁，把上起洪武初年、下迄崇祯末年的明朝270年间北方各族妇女关于政治、习俗、通婚、生活等历史状况分族别记述下来，包括女真、鞑靼、兀良哈、瓦剌、哈密、沙洲、土鲁番以及种族未详者。其独出心裁的选题和全面周详的论证，即使在今天仍然具有价值。傅乐焕的《宋人使辽语录行程考》（注：《国学季刊》第5卷第4号，1935年。）对宋辽关系作了相关考证。
    《季刊》对于思想史领域也有涉及。1924年适逢清代思想家戴震诞辰200周年，次年出版的《季刊》第2卷第1号为戴震专号，刊载了胡适用了近两年时间完成的论著《戴东原的哲学》、魏建功的《戴东原年谱》以及容肇祖的《戴震说的理及求理的方法》。这期专号对戴震的生平、思想、学术作了一次深入详尽的研究。胡适《颜李学派的程廷祚》（注：《国学季刊》第5卷第3号，1935年。）、钱穆《龚定庵思想之分析》（注：《国学季刊》第5卷第3号，1935年。），分别对清代思想家程廷祚和龚自珍的思想进行了论述。另外，《季刊》还发表了钱玄同为方国瑜标点本《新学伪经考》所作的长序，篇名为《重论经今古文学问题》（注：《国学季刊》第3卷第2号，1932年6月。）。文章阐述了作者对于经今古文学问题的成熟看法，“是站在古代语文学的立场来考辨‘古文经’，只是‘求真’，两不偏袒”（注：黎锦熙：《钱玄同先生传》，载于曹述敬《钱玄同先生年谱》，齐鲁书社1986年第1版，第185页。）。钱玄同在文章的最后写道：“我们今后解经，应该是以‘实事求是’为鹄地，而绝对破除‘师说’、‘家法’这些分门别户、是丹非素、出主入奴的陋见。”剥下经学神圣的外衣，剔除后人的穿凿附会，才是正确对待经学的态度。