第三，学术思想史研究渐成热点。学术与思想之间有着极为密切的关联。近代中国史上的不少思想家，也是著名的学问家，是著作等身的学者。以前的思想史研究对于思想家或者思想人物的政治思想、文化思想关注较多，而于学术思想相对关注较少。实际上，思想演变不仅表现于政治思想和文化思想，而且也表现于或者借助于学术流变。近年来随着近代思想史研究的进一步深入和研究领域的进一步扩展，学术史研究逐渐成了研究热点，近代学术史流变中的传统学术思想的近代走向和现代学术之建立等问题已引起越来越多学者的关注，并出现了一些学者所讲的“思想家淡出，学术家凸显”的局面。学术界对这些问题的研究，主要从两个方面展开：一是对晚清和民国学术史上一些著名学者的学术思想进行个案研究，包括康有为、梁启超、严复、章太炎、王国维、胡适、陈寅恪、陈垣、傅斯年、顾颉刚、吴宓、钱钟书、范文澜等“国学大师”。这方面较有代表性的集中成果是中国史学会前任会长、著名史学家政逸主编北京图书馆出版社出版的《二十世纪中国著名学者传记丛书》。该丛书自1999年推出后，先后出版了《张君劢学术思想评传》（郑大华著）、《梁漱溟学术思想评传》（郑大华著）、《熊十力学术思想评传》（丁为祥著）、《冯友兰学术思想评传》（宋志明著）、《钱穆学术思想评传》（汪学群著）、《张东荪学术思想评传》（左玉河著）、《赵元任学术思想评传》（苏金智著）、《顾颉刚学术思想评传》（刘利娜著），《郭沫若学术思想评传》（谢保成著）、《金岳霖学术思想评传》（王中江著）、《吕振羽学术思想评传》（朱政惠著）、《翦伯赞学术思想评传》（王学典著）、《范文澜学术思想评传》（陈其泰著）等20多部著作，在国内学术界产生了一定的影响，并受到海外学术界的好评。此外，胡适在近代学术史上的地位也倍受研究者的重视，并取得了丰厚的成果。如耿云志的《胡适与五四后中国学术的几个新趋向》，章清的《重建范式：胡适与现代中国学术的转型》，刘巍的《“诸子不出于王官论”的建立、影响与意义——胡适“但开风气不为师”的范式创新一例》，罗志田《大纲与史：民国学术观念的典范转移》等论文及陈平原的《中国现代学术之建立——以章太炎、胡适为中心》一书，都是这方面研究的重要成果。二是对清末民初的重要学术流派进行专题研究，包括晚清经学、理学、民国史学的新史学派、古史辨派、唯物史观派等。这方面的成果有陈其泰的《清代公羊学》，史革新的《晚清理学研究》，罗志田的《清季民初经学的边缘化和史学的中心走向》，刘大年的《评近代经学》等论著。与此同时，近代学术史上的其他重要问题如晚清的学术分科、整理国故等也都受到研究者的关注，有人开始尝试用新理论、新方法和新视角来研究清末民初中国学术转型问题，罗志田的《权势转移——近代中国的思想、社会与学术》和桑兵的《晚清民国的学术史研究》是这方面的代表性著作。在学术史资料的整理方面，由刘梦溪主编河北教育出版社出版的多卷本《现代学术经典》和由戴逸主编北京图书馆出版社出版的10卷本《20世纪中华学案》值得关注。前者按人物编辑，每人一卷。后者借用了传统的学案体编撰方法，分“综合”、“哲学”、“史学”和“文学”卷，依据学派按人编辑。
    第四，思想史研究对象与方法引起学界的强烈关注。中国的思想史学科出现的年月并不短，但思想史界一直缺乏方法论的自觉，对于思想史的研究对象与范围，思想史与哲学史的区别，以及思想史的具体研究方法等等，都缺乏有深度的讨论，直到今天学者们对思想史应该研究哪些内容还不太明了，许多思想史著作写进了哲学史的内容，甚至以哲学史为主，学科界限混淆不清。胡适是中国哲学史的开山人物，但他后来把自己的《中国哲学史大纲》（上）改名为《中国古代思想史》，显然他已经发觉，他的书还不能算是纯粹的哲学史。然而改称思想史，似乎也不太合适，因为其中又有许多哲学史的内容。另一个例子是侯外庐先生的《中国思想通史》，哲学史的内容所占篇幅相当不少。而侯外庐的《中国近代哲学史》却又大量地写进了思想史的内容。上个世纪80年代以来出版的一些“中国近代思想史”著作与“中国近代政治思想史”和“中国近代哲学史”著作在内容上也并无多大区别。近年来，随着社会史研究的兴起和西方用社会史的研究方法研究思想史之方法的输入，中国的学术界也对思想史的研究对象和方法诸问题产生了越来越浓厚的兴趣，尤其是葛兆光的《中国思想史》出版后，葛氏在该书中提出的将知识、思想与信仰作为思想史研究的主要对象的主张引起了学术界的较大反响，赞成者有之，批评者更有之。2001年南开大学举办了“思想与社会”学术讨论会。与会者强烈呼吁打通思想史与社会史。庞朴指出“所谓的‘思想’，是‘社会’的思想；所谓的‘社会’是‘思想’的社会；因而，我们提倡的思想史，应该是有其社会根据的思想史，而社会史，也应该是有其思想指导的社会史”。刘泽华认为，思想与社会的互动主要研究两方面的问题，一是思想的社会化和社会的思想化，二是思想（观念）的社会与社会的思想观念，目的是要“呈现出‘思想的社会’、‘社会的思想’以及‘思想社会化和社会化的过程’”。为厘清思想史研究的对象与方法等问题，从而推动中国近代思想史研究的进一步发展，2002年中国社会科学院近代史研究所思想史研究室与《历史研究》编辑部在北京共同召开了“中国近代思想史研究方法学术讨论会”。与会者首先检讨了现有思想史研究的缺陷，认为思想史的研究对象与范围还比较模糊，与哲学史和专门思想史的界限不明，有关著作范围狭窄，缺乏深度。有不少学者提出应当扩大思想史的范围，打通思想史与社会史，将大众思想纳入思想史的研究视野。他们在承认精英思想理应是思想史主要研究对象的同时，认为思想史研究必须对民众思想以及民众思想与精英思想之间的互动关系予以足够的重视。也有学者认为，思想史仍应以思想家的思想为主体。耿云志研究员认为以往思想史研究精英思想的问题在于纯粹就思想论思想，没有充分说明思想家的思想与相应对的时代环境和人民生存状态的紧密关系，也没有追踪思想家的哪些思想是通过何种社会活动或社会渠道渗透到平民中间去的，并沉淀在人民的思想观念中，最后通过平民的行为方式显映出来，使原本与实际历史进程息息相关的思想变成了从观念到观念的运动。而作为中国近代思想史研究对象的思想家的思想，应该是什么样的思想呢？在他看来，“它应当紧紧抓住中国人应对内忧外患，为追求独立、统一、民主和富强而提出的思想主张”。此外，对思想史的研究方法问题，学者们也提出自己的观点，有人强调思想家文本解读的重要性，有人强调加强理论思维的重要性，还有学者认为应当借鉴其他学科以及西方思想史研究方法，建立本土化的中国思想史研究范式。总之，近年来中国近代思想史研究对象与方法等问题不仅受到关注，而且成为热点，这一问题研究的深入必将推动思想史研究的深化。
    自上个世纪80年代以来，中国近代思想史研究虽然取得了不少成就，以前学术研究中的教条主义倾向得到了明显的纠正，研究范围更为广泛，研究日趋理性、细致和深化，但我们在充分肯定成绩的基础上，也必须对存在的问题有清醒的认识。其中最主要的问题是低水平重复的研究较多，而创新性的研究较少。思想家的思想总是在一定的历史环境下，依据一定的思想材料提出来，然后对社会发生一定的影响。但是一些思想史的研究论著，眼光局限在思想家本身的著述中，满足于罗列思想家的若干思想主张，而对于思想家思想的时代以及时代的议题缺乏把握，对于思想家的思想渊源没有进行细致梳理，对于思想家的思想主张以何种形式对于当时社会发生了何种实际的影响没有进行具体考察，对于与思想家同时代的其他思想家的思想主张缺乏应有了解。于是，思想家的思想和主张与思想家生活的时代的关系，与前人思想的关系，与同时代思想界、知识界的关系，以及对于时代与历史的影响等等，都没有得到应有的体现。思想成了思想家闭门造车的产物，成了游离于现实历史进程之外的精怪。还有一些研究者似乎不明了思想史研究的本质，把思想史研究与一般的历史研究混同起来，研究思想家的思想时，以大量的篇幅介绍其生平，阐述其政治活动或社会活动，而于其思想本身反而研究甚少，甚至对思想家思想的基本脉络都缺乏准确的把握。又有一些研究者，把历史研究当作注经，习惯于把经典作家的某些结论当作先验的结论，找一些材料，搭配上去，就算是完成自己的研究了。此外，还有少数研究者仍然习惯于以“进步”、“反动”来区分思想家，满足于对思想家做出“进步”或“反动”的评判。另外，目前的中国近代思想史研究中思想家的个案研究，专门思想史，如哲学史、政治思想史、经济思想史、法律思想史、宗教思想史、文化思想史、学术思想史等等都有一定的进展，但要在这些研究的基础上构筑综合性的“中国近代思想史”学科的基本框架，写出一部能够得到学术界认可的、并具有学术影响的“中国近代思想史”著作，除了推进既有的个案研究、专门思想研究、专题研究之外，还必须进行跨学科的、综合性的研究。换言之，至今为止的中国近代思想史研究，在多学科、跨学科的研究方面还比较薄弱，有待进一步加强。除此，如何正确处理思潮史研究与思想家研究、思想家的个人思想与人民大众的集体思想的联系与区别，也是值得进一步研究的问题。
    根据目前中国近代思想史研究的状况，推测今后一段时期内（10-15年左右）中国近代思想史研究的趋向是：第一，思想家的个案研究仍将是中国近代思想史研究的重点，研究对象会进一步从主要的思想家扩展到一般的思想性人物，研究会更深入、更理性、更细致。第二，对于思想家思想来源的追溯会成为深化思想家研究的一个重要路向。第三，学术史研究将继续受到关注，并会有更多的学问家或学者走进研究者的视野。第四，中国近代思想史上的若干重大问题，如革命与改良、激进与保守的思想分野与对比，近代中国文化转型中传统因素与外来西方文化的作用及其相互关系和评价，中国近代思想中的国家、社会与个人以及马克思主义中国化等问题，将会成为学术界关注的热点。第五，多学科、跨学科的研究将会加强，尤其是思想史与社会史、思想史与政治史、思想史与文化史的结合研究将进一步受到重视。第六，中国近代思想史的研究对象与方法问题，仍将为学术界所关注和思考，随着近代思想史研究的进一步深入，一些新的研究方法会运用于学者们的研究之中。