反宗教运动无疑给苏联各宗教带来巨大灾难。对于俄国人或俄国教民来说，他们按时参加教堂活动已经多少个世纪，宗教生活已经成为他们生活的重要部分，如今，人为地毁掉了教堂，让他们失去了净化心灵、寄托思想的地方，他们能平静地接受这个事实吗？实际情况也确实令人感到惨痛，在西伯利亚，几百公里内没有一座教堂，它们全被毁掉了。信仰东正教已近千年的祖祖辈辈的教民，突然没有了洗礼，没有圣餐，没有教堂婚礼，也没有礼拜仪式，死者没有殡葬仪式，他们失去了信仰自由。[⑩]在当时的苏联，产生了一个新的术语：关闭教堂。“只要有苏维埃当政，就没有什么宗教仪式。时间在流逝，教堂门上的锁生锈了，钥匙也锈了，门不能再开启，而教堂内部也亦破败不堪……”[①①]列宁格勒一位统计学教授伊丹·库尔加诺夫的统计表明，这次反宗教运动使苏联丧失了660万人，其中绝大多数是神职人员和信徒。[①②]地方政府在关闭教堂、驱逐神职人员之后，把教堂改为旅馆、医院等等，有的干脆炸毁。
    修士和神职人员被驱逐后的去向是：a.被遣返回原籍；b.以违法罪名被审判，被关押；c.健康的修士被送入疯人院。很多修士没什么罪名，因为不愿离开修道院而被非法逮捕，非法关押。以切尔诺波尔地区为例，当地的民兵和反宗教志愿人员开着卡车冲进修道院，手中握有铁棍的克格勃人员撞开各屋的门，将修士拖向卡车，他们抓住修士的胳膊和脑袋，像根木头似的把他们扔进卡车。外面的人发现后，猛烈撞击关上的大门，愤怒的人群想制止这些迫害罪行。当局调来了消防卡车，用强有力的水枪向愤怒的人群喷射。
    为加强与宗教作斗争，苏联政府又颁布一些新法令，其中最重要的是严厉禁止对未成年人进行宗教教育，严禁儿童和青年进入教堂；禁止神学院、修道院和教堂接受不满30岁的人。很多信教青年人只好转入地下，他们即使在主要宗教节日也不能进入教堂。大学生、医生、工程师等知识分子坚决禁止去教堂参加活动。当局最怕的是儿童和少年信教，这样便无法消灭宗教。很多信教的母亲被传讯到学校或警察局，被警告禁止携带其子女进入教堂，否则他们的子女将被送往“特殊学校”。同时还规定，“禁止组织朝圣者去宗教崇拜场所，禁止朝圣者在教堂过夜。”[①③]从1960年12月28日起，基辅禁止香客进入远的或近的隐修洞穴；牧师的国家登记注册证件也被取消，使他们丧失了进行宗教活动的合法权利；高级教士的宗教活动和教堂的宣传活动次数都作了限制规定。国家还以服兵役为由征召神学院学生入伍或取消神学院学生在校居住许可证，目的是使神学院没有学生。所有这些措施，使东正教会及其他教会在经济来源上，在信徒来源上，在宗教活动上受到重重的阻截和打击，使其奄奄一息，以加速宗教的“消亡”。
    在反宗教问题上，赫鲁晓夫把权力下放地方，这是赫氏自以为得意的权术中的一招，其实甚是拙劣。地方政府领会上级意图，不择手段，不顾政策，作出了许多败坏国家名誉的事。例如，在轰轰烈烈的反宗教高潮中，对信徒个人大施压力，有的对信徒个人作“思想工作”，强迫他改变信仰；有的地方则召开群众大会，强迫信徒在会上讲述自己的“思想落后”或宗教如何“反动、骗人”等；对屡经教育仍坚持信仰者，则对他们进行人身污辱，强迫他们做最下贱的工作；如果是大学生，就开除他们的学籍。[①④]为强制对儿童实行反宗教教育，政府甚至强迫信教的家庭把孩子送入寄宿学校，进行“思想隔离”；而大量的牧师，则以“诱使青年人入教”或“使洗礼婴儿死亡”等罪名，逮捕入狱。苏共中央强调，对在儿童、青年中传播宗教观念的反社会主义教派的头子，必须依据苏联法律严惩不贷。
    在打击宗教的运动中，地方政府听任反宗教者使用暴力，或者根本就是政府方面暗中授意，致使许多地方出现侮辱信徒人格、人身权利而激起公众愤慨事件，有些地方为此发生大规模的冲突并有众多人身伤亡。其他如朝圣者受到警察肆意殴打；女修士被凌辱致死；坚持宗教信仰者被折磨致死等等。有的死者在归还尸体时身上仍带有刀伤或瘀伤。在大量的事实面前，苏联政府也不得不承认有对信徒施暴和伤害宗教感情之事。赫鲁晓夫下台以后，为平息教徒的愤懑，苏共中央曾发表声明，承认“行政干涉教会的事务是不可取的。”[①⑤]声明实质是承认了反宗教的事实，也承认了赫鲁晓夫作法的错误。继赫鲁晓夫之后上台的勃列日涅夫，一方面终止了对教徒“肉体”的直接攻击，另一方面也没有公开对这一极左政策予以纠正，或给予受害者平反。但无论如何，一场反宗教的暴风雨随着赫鲁晓夫的倒台终于是过去了。