在经济上，伴随着军事征服与占领任务的完成，东南亚各殖民地进入殖民经济开发阶段。霍尔说：“1900年开始了一个开发殖民地的新阶段，它比以前更紧密地把东方同西方的生产体系联系在一起。”（注：引自新编剑桥世界近代史（12）[M].中国社会科学出版社，1987 （中文版），432.）由于外国资本和商品的渗入， 东南亚国家自然经济日益解体。在农村，商品化农业发展，土地进一步私有化，外国种植园主和本国地主经营的农场、种植园迅速增加；采矿业、出口加工业发展，与此同时，对外贸易迅速发展。一方面，东南亚的资本主义经济因素增长，现代交通、通讯、金融与货币系统建立起来，城市兴起，人口空前增长。1870年至1940年间东南亚地区的人口从5500万人迅速增加到1.45亿人。（注：R.D.希尔。东南亚系统地理[M ].福建科学出版社，1985（中文版）64页。）另一方面，西方国家资本大量输入，控制了东南亚国家的经济命脉，经济发展服从于宗主国的需要，处于单一化、片面化的畸形状态，对西方发达的中心国家依附的“边缘化”状态日益加深。
    进入20世纪，东南亚国家的社会结构与阶段关系也发生深刻的变化。传统的封闭的村社日益瓦解，商品货币关系渗入农村，从事商品化生产的农民与市场联系在一起，农民依然受到封建地主、商业高利贷者的剥削，但现在农村状况已与旧式的农村有所不同。随着城乡资本主义因素的发展，新的阶级：工人阶级、资产阶级和小资产阶级形成、发展起来。由于学校教育的一定发展，东南亚国家的知识分子队伍形成。殖民统治的影响力已深入到东南亚社会生活各个方面，并造成了它自身的对立物，这促进了民族的觉醒，推动了民族运动的高涨。
    从殖民入侵开始，东南亚各国的反殖民主义斗争就日益展开。16-19世纪中叶以前，东南亚的反殖斗争是封建领主、贵族官员和部落首领为领导，斗争限于封建复国、恢复君主制的范围；农民起义、勤王运动是主要形式；19世纪末、20世纪初，东南亚民族主义勃兴，成为“亚洲觉醒”的一个重要表现，运动具有新的内容与发展方向。在西方资产阶级民主政治思潮的影响下，建立君主立宪或民主共和政体的民族主权国家成为民族主义者的奋斗目标。第一次世界大战与俄国十月革命对东南亚产生了巨大的影响，一战后，民族主义和社会主义思潮迅速传播，东南亚的共产党先后建立，民族主义组织涌现，反帝反殖的民族解放斗争进一步发展，成为世界被压迫人民解放运动的重要组成部分。
    （四）二次大战和战后年代是东南亚殖民主义史的第四时期，这是东南亚的反殖民斗争空前高涨和殖民统治体系走向瓦解的阶段。二次大战期间，特别是1941年太平洋战争爆发后，日本侵占了东南亚各国，取代了英、法、美、荷等西方殖民国家的地位，建立了日本独占东南亚的殖民“新秩序”。这打破了欧美殖民国家分别统治东南亚国家的旧格局，东南亚地区首次出现由一个殖民大国单独统治的局面，东南亚殖民主义史进入了一个新阶段。
    然而，20世纪40年代的日本，是一个军事法西斯化的帝国主义国家，它对东南亚的统治又是在战争环境下进行的，其殖民统治方式与方针政策比西方殖民国家更为严酷和僵硬。日本对东南亚的殖民统治是仰仗武力实现的。东南亚的占领地区，统治方式虽不相同，但实行军事法西斯的集权统治，是政治上的基本特征。为了将东南亚国家变为日本的人力、物力的供应基地，日本占领当局推行“竭泽而渔”的经济榨取政策，掠夺东南亚的粮食、石油和其他战略资源。日本还以“亚洲人治亚洲人”为幌子，灌输以“皇国”（日本）为中心的“大东亚共存共荣”思想，实施殖民同化的文教政策。日本占领虽然短暂，但造成了东南亚国家经济严重衰退，给广大人民带来了巨大的苦难。
    太平洋战争期间，东南亚的形势和社会矛盾发生了深刻的变化。法西斯侵略势力与反法西斯民主势力之间的矛盾取代了东南亚被压迫民族与西殖民统治之间的矛盾，抗击日本侵略，争取民族解放的斗争成为首要任务。从日本入侵之日开始，抗日武装斗争的烽火燃遍东南亚半岛与海岛地区，各阶层人民投入反侵略斗争的洪流。东南亚被压迫民族为摆脱殖民枷锁的反抗斗争迅猛发展，达到前所未有的水平和空前巨大的规模。这是东南亚民族独立运动飞跃发展的大转变时期。
    第二次世界大战给东南亚以巨大的冲击，使东南亚社会发生了一系列的重大的变化。日本在战局不利的形势下，1943年宣布承认缅、菲“独立”，1944年又宣布同意印尼“近期内独立”。1945年，日本发动了军事政变，推翻法国在印度支那的殖民政权，宣布承认越、柬、老三国脱离法国“独立”。日本对东南亚占领地区殖民政策的这些调整与让步，其用意在于争取东南亚各国亲日政权继续支持日本的侵略战争，并对抗日益高涨的人民抗日斗争。然而，它挽救不了日本军国主义必然覆灭的命运。相反，促进了东南亚民族民主革命力量的大发展。
    二战期间，东南亚各国民族主义和人民革命的力量空前增长，大战的胜利加速了殖民制度的崩溃，并为东南亚各被压迫民族的独立奠定了基础。
    1945年8月，反法西斯的第二次世界大战胜利， 日本在东南亚的殖民统治体制崩溃。战后国际局势发生重大变化。随着德意日法西斯的溃败和英法荷等西欧殖民国家的削弱，尤其是在战时直接统治东南亚地区的日本帝国主义的崩溃，国际力量对比发生了有利于东南亚国家独立运动的变化。帝国主义在亚洲的殖民体系遭到沉重的打击，东南亚国家民族独立运动进一步高涨。1945年8月， 印度尼西亚和越南掀起了八月革命，建立了印度尼西亚共和国和越南民主共和国。同年10月，老挝宣布独立。1946年菲律宾宣布成立独立的共和国。1948年1月， 缅甸联邦共和国成立。1953年11月，在印度支那三国抗法战争胜利发展的基础上，柬埔寨赢得了独立。1954年7月， 关于印度支那停战的日内瓦协定签订，越、老柬的独立获得国际上的承认。1955年，马来亚获得“部分自治权，1957年8月，马来亚联合邦成为英联邦范围内的独立国家。1959 年新加坡和文莱实现内部自治，从40年代中期到50年代末，英、法、荷、美在东南亚的殖民地一个又一个取得政治独立，东南亚的殖民统治体制基本解体。
    进入60年代，东南亚国家摆脱殖民统治的进程继续发展。1963 年9月，马来亚、新加坡、沙捞越和沙巴组成“马来西亚联邦”。1965年，新加坡脱离该联邦，建立了独立的新加坡共和国。文莱达鲁萨兰王国于1971年获得“完全的内部自治”，1984年1月正式宣布独立。至此， 东南亚国家均成为独立的民族国家，统治东南亚数百年的殖民制度寿终正寝。
    然而殖民主义势力是不愿自动退出历史舞台的。大战结束后，英法荷等殖民国家卷土重来，发动了殖民战争，企图恢复和保持殖民制度；美国则凭藉其强大的经济这军事实力，一面支持英、法、荷的殖民战争，压制东南亚的民族独立运动，另一方面，以援助为手段，向东南亚国家渗透与扩张，以排挤和取代英、法、荷。
    在战后世界形势发生巨大变化、民族独立浪潮汹涌澎湃、西方殖民国家争夺更趋激烈的新情况下，殖民国家不得不考虑改变旧的统治方式，调整殖民政策，采取殖民主义的新形式与新手段，其特征是“容忍殖民地政治上独立，但仍保持直接或间接的经济控制，利用新技术将外缘地区更彻底地结合在国际市场经济之中”。（注：罗荣渠。开拓世界史的新视野（代译序），载斯塔夫里亚诺斯。《全球分裂--第三世界的历史进程》上册[M].商务印书馆，1993（中文版），8.）这种殖民主义的新方式与新手段早在19世纪即已在拉丁美洲出现过，不过当时不是作为主要殖民手段而已。
    因而，随着一系列民族独立国家的诞生，殖民统治体制虽已宣告崩溃，但以美国为首的西方国家仍凭藉它们的经济优势，从政治、经济、意识形态等领域对刚获独立的东南亚国家进行渗透扩张，以实现不带政治兼并的经济兼并。
    挣脱了殖民枷锁的东南亚国家，在取得了政治独立后，面临的主要任务是大力发展民族经济，实现国家的工业化和现代化，并加强区域合作，为建立公正、合理的国际经济政治新秩序而继续斗争。