尽管如此，参谋二部的军方首脑仍持反对态度。他们认为，在美苏对立日趋激化的情况下，这些措施在政治上会带来严重后果。他们主张，解除公职的时间应限制在1937、1938、1941和1942这4年内。 解除级别应是“敕任官以上”，而不是“奏任官以上”〔3〕。金融、 产业界首脑的公职不应解除。陆海军的“少佐以上”应改为“大佐以上”。最后，民政局接受了参谋二部的要求，将“奏任官以上的官职”改为“敕任官以上的官职”，将军需省的官员排除在解除之外，“超国家主义的、暴力主义的、秘密爱国团体的骨干分子”一项中，将解除对象限定在“创立者、干事和理事”，把“组织者、指导者、顾问等”排除在外，而且，命令解散的团体由172个减少到27个，惩罚方针大大缓和。 但对职业军人更加严厉，美国新任参谋长马歇尔主张，少壮军官是日本侵略政策的积极追随者和战争行为的主力，所以，命令占领当局将解除公职的范围从“少佐以上”扩大到“少尉以上”。
    这样，经过多次协调和磋商，SCAPIN／550和SCAPIN／548两个文件最终确定下来，1946年1月4日，麦克阿瑟发布命令，将这两项指令正式下达给日本政府，这就是使日本政府感到震惊的《解除公职指令》。
    二、解除公职令的实施
    盟总发布的“解除公职指令”（正式名称是《关于解除不受欢迎人物公职之件》）规定，整肃对象为：战犯；职业军人、谍报机关和宪兵队的官兵及军属；极端军国主义团体等的骨干分子；大政翼赞会、翼赞政治会、大日本政治会的骨干积极分子；满铁、东洋拓殖公司等殖民地和占领地的开发机构、金融机构的高级职员；殖民地和占领地的行政长官；其他军国主义者和极端国家主义者。〔4〕
    币原内阁起初曾秘密制定了一份“备忘录”提交盟总，要求进一步明确公职解除指令的内容，对那些虽在其位但并不知道其行为“有害”的当事者是否也在被解除之列，如果把这些人都算在内，被整肃者恐怕要达到20多万人。但盟总认为，如果按照“备忘录”的要求去逐个甄别“被整肃者”，将会大大拖延整肃过程，影响占领目的的实施。所以，麦克阿瑟1月25日断然拒绝了日本政府的要求， 明确指出：“凡以自己的行动和态度赞成和参与日本扩张主义的人物，均应从政治机构中全部清除掉”。“这是为防止日本重新出现领土扩张主义倾向的必要措施”。〔5〕面对盟总的强硬态度， 币原内阁曾一度想步东久迩内阁后尘而辞职，但后来还是改变主意，决定改组内阁并执行盟总指令。2月9日，日本政府公布了实施“SCAPIN／550号文件”的第一阶段计划， 根据这一计划，被整肃的团体达119个，1942 年大选中由翼赞政治会推荐的382名议员，全部失去议会议员资格。〔6〕随后于28日成立了以新任内阁书记官长楢桥渡为委员长，各省厅次官为委员的第一次公职资格审查委员会（即所谓“楢桥委员会”）。第一次解除公职从此开始。
    盟总要求日本政府将大选推至1946年3月中旬以后进行， 以便在选举之前对候选人进行“事前审查”。所以，1月30 日日本政府公布实施了《关于确认众议院议员候选人资格文件》（第2号内务省令）。 随后以内阁人事课为中心，在内务省、大藏省和商工省等的协助下，对候选人逐一进行了审查，到3月9日以前，被审查对象达3384名，其中3132人通过审查，93人被列为整肃对象，159 人主动撤消申请（其中包括1942年选举时的113名“推荐议员”）。进步党的原274名众议院议员中只有14人通过审查，其余均被整肃。〔7〕
    但是，盟总对这一审查结果并不满意，认为战后第一次大选，应该从严审查，而日本政府则尽量想维持现状，避免变动太大，双方出现明显的分歧。大选结束后，对当选议员又进行了复查，结果又有10名议员被刷了下来。其中包括准备就任众议院议长的三木武吉（自由党），自由党干事长河野一郎等人。大选结果，自由党获140个议席， 进步党获94席，社会党获92席，自由党虽未过半数，但升为第一大党，总裁鸠山一郎有望组阁。
    但是，1946年5月3日，麦克阿瑟发布了《关于国会议员的解除与排除》的备忘录，鸠山一郎首当其冲，成为被解除的对象，楢桥委员会认为鸠山是无辜的，双方产生对立。5月22日， 外相吉田茂取代鸠山就任首相，不久楢桥委员会被迫解散，6月末， 以著名宪法学者美浓部达吉为委员长的第二次公职审查委员会（即所谓“美浓部委员会”）成立。该委员会的成员虽仍以官僚为主，但身为学者的美浓部，比起楢桥来更能为盟总所接受。
    美浓部委员会成立后，在5月至9月的4个月内， 对日本政界和官界进行了整肃，对枢密院、贵族院和众议院的审查结果，共有191 人被解除公职，对政府各部门的审查，共整肃905人，其中内务省官吏344人，占总数的38%，人数最多。〔8〕
    盟总对上述结果仍不满意，8月20日， 民政局官员召见日本政府的有关负责人，提醒他们“日本方面最近只在指令的字句上作文章，有无视其精神乃至宗旨的倾向”。围绕整肃范围等问题，日本政府和盟总的矛盾越来越明显，在这种情况下，美浓部委员会在第二次解除公职令开始实施的1947年1月4日宣布解散。该委员会共审查了3759人， 其中3495人通过审查，264人被解除公职。
    美浓部委员会（第二次委员会）解散的当天，“中央公职适否审查委员会”（第三次委员会）成立。“第三次委员会”成立的背景，除了盟国方面对美浓部委员会不满意这一因素之外，还有整肃范围的进一步扩大。1946年11月，盟总和日本政府商定，整肃将从中央向地方扩展，审查标准也更加严格。在1947年1月4日公布实施的“扩大公职解除令”（第二次公职解除令）〔9〕中规定：解除公职在中央一级向经济界、 言论界扩大，同时在地方一级从都道府县向市町村扩大，因此，在中央和地方有必要成立审查委员会。
    首先在东京设置中央审查委员会，由首相牵头，成立由外务省原事务次官松岛鹿夫为委员长和9名成员组成的“公职适否审查委员会”， 继续进行资格审查。中央审查委员会负责审查地方委员会的委员和与选举有关的地方官员、都道府县知事以及东京以外的五大市（大阪、神户、京都、名古屋、横滨）的市长、参众两院的议员候选人。2月中旬， 46个都道府县“公职适否审查委员会”和人口在5万人以上的118个市的“公职适否审查委员会”全部成立。