1963年7月9日，英国、马来亚、新加坡、沙巴、沙捞越在伦敦签订了《马来西亚的协定》。协定规定：北婆罗洲、沙捞越殖民地、新加坡与马来亚联合邦联合，成为沙巴洲、沙捞越洲和新加坡洲。联合邦称为马来西亚。协定规定自马来西亚成立起，英国政府放弃对北婆罗洲、沙捞越和新加坡的主权和管理权；英国政府和马来亚联合邦政府于1957年10月签订关于对外防御和互助援助的协定及其附件，协定于1963年8月31日起生效[12]（P132-134）。
    英国政府撤销英国女王在沙巴、沙捞越和新加坡的宗主权和司法权。北婆罗洲和沙捞越各自成立了自治政府，北婆罗洲加入马来西亚后，改称沙巴州。新加坡政府也宣布从英国政府手中接管国防和外交大权，为马来西亚的成立准备条件。英国和马来西联合邦签订的防御与互助协定的适用范围扩大到全马来西亚。英国继续使用新加坡的军事基地。
    在英国学者看来，新加坡、婆罗洲和沙捞越与英国分手是一种友好的分手，是一种在形式上分开而不是实质的脱离，并且似乎没有足够的良好的理由拒绝这个自然而来的、十分容易接受的英联邦的衣钵[13]（P51-55）。“马来西亚”社会的复杂性质使之比较容易并且也比较实际地接近其本身也是一个复杂社会的英联邦，因为后者提供一种针对缓和社会紧张局势交换情报的手段[13]（P51-55）。马来亚拒绝参加东南亚条约组织证明，它认为英联邦关系以及全部在英联邦内的特定的防务协定和措施在目前已经是足够了。
    合并中政治条款的不明确性以及种族问题、联邦议会席位分配不均等矛盾，最终导致新加坡从马来西亚分离出来。1965年8月9日，新加坡脱离马来西亚联邦，自行成立新加坡共和国。英国对新加坡脱离马来西亚独立没有表示反对。因为英国估计新加坡岛上有大约20％的经济依赖英国的军事保护，所以英国未来的防御政策主要涉及新的小部分领土[14]（P62）。只要英国在新加坡保留军事基地的条款未被取消，英国对新加坡的独立任其所为。
    从表面上看，马来西亚联邦的建立，是英国政府主动采取的放弃东南亚殖民地的行动（除文莱外）。但实际上，英国政府同意合并的前提是保留其在这些殖民地的军事基地和经济利益，是企图用新殖民主义方式取代旧殖民主义统治方式。马来半岛和北加里曼丹在历史上虽然有各种经济上的来往，但从来没有统一成为一个国家，它们之间的政治联系基本上是英国促成的[2]（P151）。印尼和菲律宾反对马来西亚计划，是因为它们认为，英国人在殖民地问题上喜欢搞分而治之，以便英国人能利用矛盾控制局势。但在马来西亚问题上却是一个例外，所以印尼一直认为这是英国人试图从北面包围印尼的一个阴谋，而菲律宾也认为这是英国人早已设计好的新的殖民统治形式[2]（P153）。 英国之所以同意马来亚联合邦总理拉赫曼的合并计划，是出于自身力量的考虑，是想通过保留军事基地和驻军来换取合并，而不是英国对这几块小殖民地不感兴趣或对殖民地大发慈悲。
    三、撤离远东，无奈之举
    1965年威尔逊政府发表国防白皮书，明确表示英国将继续保留亚丁和新加坡，但威尔逊政府打肿脸充胖子的政策并没有维持多久。1966年2月， 威尔逊政府发表国防白皮书宣布，英国军队将从亚丁撤退，新加坡仍作为英国在远东的桥头堡。1966年12月，英国内阁国防委员会会议决定，推迟削减英国在远东二分之一的军队和中东三分之一的军队。1967年7月，威尔逊政府另作了一个国防补充条款，许诺到70年代中期英国从新加坡和马来西亚撤军[15]（P292-293）。英国之所以要从新加坡和马来西亚部分撤军，是因为它已无能力再支撑对印度尼西亚的“对抗”。1963年至1966年，英国支持马来西亚与印度尼西亚“对抗”。这是继英国在马来亚发动殖民战争之后又一次在东南亚大规模部署军队。
    马来西亚与印度尼西亚的“对抗”给英国带来沉重的财政负担，使它深感武装部队人员（特别是海军）不足[1]（P98-99）。这是促使威尔逊政府最终决定放弃东南亚的根本因素，同时也是60年代中期民族解放浪潮和英国连续不断的经济危机的结果。1964年威尔逊工党上台时，英国在香港、新加坡、马来西亚以及中东海湾地区仍驻有大批军队。1966年英国对东南亚的态度还是继续维持英国在该地区的军事存在[16]（P138）。但不久，威尔逊政府深陷经济困难，同时面临殖民体系的瓦解。在这双重压力下，1967年2月，威尔逊政府被迫宣布，从1968年4月起将大大减少在新加坡和马来西亚的驻军。1967年，英国的经济危机进一步恶化，工党政府发表了国防政策补充声明，宣布进一步削减新加坡和马来西亚地区的驻军，表示在情况允许的条件下，到70年代中期英国将全部撤出马来西亚和新加坡。1968年1月，威尔逊在下院宣布，英国政府决定将在1971年底完成从新加坡、马来西亚和海湾地区的撤退[17]（P103-104）。
    英国从东南亚撤离始于1947年底，终结于1976年，前后共29年。如果以文莱苏丹独立为限，战后英国撤离东南亚历时36年。从英国撤离东南亚的全过程看，撤退本身不是出自英国对其殖民统治的反省，而是英国不断恶化的经济危机、霸权地位的衰落以及世界范围内的民族独立浪潮迫使英国政府采取的无奈之举。从总体上看，英国从缅甸、新加坡、马来西亚和文莱的殖民撤退是较为和平而平稳的，但在和平撤离的背后，新生国家也付出了巨大的代价。英国政府与独立国家签订的撤离条约和协定长期束缚着新生民族国家的发展，尤其给独立国家的国防造成了严重的依赖性。