四、自治方案和全民公决
    1998年5月苏哈托在人民的反对声中被迫下台， 也为东帝汶问题的解决带来转机。6月11日，哈比比政府下令释放13名东帝汶政治犯。 随后印尼提出以释放古斯芒为条件，换取国际社会承认印尼对东帝汶的主权，遭到葡萄牙的拒绝。10月6 日印（尼）葡在纽约联合国总部开始谈判东帝汶前途问题。两国关系也得到恢复，1999年1月互设了代办处。
    印尼在东帝汶驻有6万军队和警察。 印尼每年对东帝汶的拨款占到东帝汶国内生产总值的85%以上。1999年需要提供1 亿多美元的资金。这对陷入经济衰退低谷、自顾不暇的印尼来说是一笔沉重的负担。同时，印尼要改变外交被动局面，争取国际货币基金组织、世界银行和西方国家的巨额贷款和援助，就必须首先处理好东帝汶问题。不管结果如何，东帝汶问题到了该了结的时候了。1999年1月27日， 印尼政府作出重大让步，宣布将在东帝汶实行广泛自治，并将把该方案交由东帝汶人选择。2月10日印尼把古斯芒从监禁改为软禁。
    5月5日，印（尼）葡两国外长和联合国秘书长安南在纽约达成协议：在“没有暴力或其他恐吓形式的安全环境”下，东帝汶将对是否接受印尼提出的自治方案进行全民投票。协议顾全了印尼的体面，没有要求印尼事先撤军，而是规定由印尼负责东帝汶投票前后的治安，联合国派出警察顾问协助。
    亲印尼、支持统一的群众不愿意就前途问题进行公决，更担心东帝汶走向独立，因而很快组成几十支民兵组织，恐吓、骚扰和攻击支持独立群众。东帝汶一时暴力跌起，数百人丧生。在国际社会的谴责下，印尼不得不压服民兵暂时收敛。6月底对立各派接受联合国、 印尼和东帝汶教会调停，达到暂时停火与和平参加投票的协议。公决前景并不明朗，统独双方都称有信心获胜利，但同时又做好失败后拿起武器的准备。
    联合国为投票活动投入3000万美元， 并派出了460 名民事警察， 300名军事观察员以及600人的投票观察团。因为对立两派冲突造成的治安问题，原定于8月8日的投票日期推迟了两次。8月6日选民登记工作结束，85万总人口中，几乎是所有合法选民都参加了登记，而6 月印尼大选中东帝汶只有43.9%的选民参与。8月30日，投票平稳进行。 许多人天不亮就等着投票站开门，以尽早投下自己神圣的一票。9月3日，安南宣布投票结果，78.5%的选民拒绝接受印尼提出的自治方案，而愿意选择独立。
    投票是公正的，结果也客观反映出东帝汶的人心所向，但失望的亲印尼民兵开始了疯狂的报复性袭击。在短短几天内，帝力80%的建筑被毁，西部各县劫掠一空，大批支持独立群众遇害，25万难民逃入西帝汶，近30万人躲进山区。当地印尼军警未能有效制止流血悲剧，甚至部分人支持并参与民兵的行动，引起国际社会极度不安。美、澳、英、法等国中断与印尼的军事合作，并威胁要进行经济制裁。9月13 日印尼被迫“邀请”联合国向东帝汶派驻多国维和部队。20日以澳为首的维和部队开始部署， 随后印尼军队撤出。 截止10 月初驻东帝汶维和部队已有4000人，暴力活动得到遏制，局势趋向缓和。
    根据联合国最近提出的方案，在新的印尼议会批准投票结果后，东帝汶将由联合国托管，在经过一段3年左右的过渡时期后走向独立。 东帝汶还面临诸多考验，如安置难民、消除暴力冲突、争取民族和解、重建崩溃的经济、调整与印尼的关系等等。尽管道路未必平坦，但东帝汶的历史已翻开新的一页。它的最终独立也是势所必然的。
    最后应当指出，国际社会深刻关注和同情东帝汶的悲惨经历，联合国安理会在解决东帝汶问题上也表现出高度的热情和少有的一致性。这是因为，东帝汶问题是战后非殖民化进程中的特殊遗留问题，是冷战国际关系下强加给一个弱小民族的悲剧。它与冷战后的民族分离主义有着本质不同。东帝汶走向独立，并不意味着一定会产生连锁效应。另一方面也应当看到，90年代东帝汶问题的“再发现”与西方推行“人权”外交的大气候是分不开的。全民公决后骤然升级的暴力活动，导致印尼在西方国家的压力下接受联合国部署维持和平部队，从而使东帝汶成为继科索沃之后西方“人道主义干预”理论的又一实验场。这些新动向必须引起世人的格外注意。