在西班牙美洲殖民地300多年的历史中， 秘鲁土著暴动和起义的次数最多，规模最大，反抗殖民统治最激烈。1780-1782年的图帕克·阿马鲁二世起义席卷了整个秘鲁总督辖区。如何解释这种现象？这当然同印加人的民族意识有关，但更重要的是由于西班牙殖民统治的残酷性造成的，下述委托监护制、土地持有制、商品摊派制和米达制等经济制度的令人难以忍受的特征，体现了西班牙王权的压迫性特点，它们的运作方式有助于解释印加人的行为。
    委托监护制。是西班牙国王为奖赏有功的殖民者（发现者、征服者、平息叛乱者、殖民开拓者）而实行的一种变形的封建领主制。在这一制度下，国王将某一地区一定数量的印第安人“委托”给殖民者由他“监护”，受委托者称为“监护主”，享有向印第安人征收贡税和征用其从事各种劳动的权利；负有保护印第安人并使之皈依天主教的义务；同时还必须居住在他的监护区所在的省份，向国王效忠，提供军事服役，并依所监护的印第安人的数量向国王交纳一定比例的税；监护权本身不含有土地所有权、司法权；印第安人名义上仍是国王的自由臣民，土著村社拥有自己的土地，村社内部事务仍由卡西克（酋长）管理。（注：罗伯特·S·张伯伦：《分派制-委托监护制的卡斯提尔背景》， 载《美洲人类学和历史学》第25卷，1939年6月英文版，第23-53页。 ）秘鲁最早的监护权是由征服者皮萨罗代表国王于1534年授予的。早期的委托临护区非常之大，一般由5000到10000户印第安人构成，到1540 年在前印加帝国的范围内已经有了约500名监护主， 但并非所有殖民者都能得到监护权，此时没有得到监护权西班牙成年男子约有5000名。（注：马格努斯·莫纳：《安第斯的过去：土地、社会和冲突》纽约1985年版，第38页。）
    监护主经常滥用权力，任意驱使和剥削印第安人。印第安人交纳的实物贡税包括玉米、大豆、小麦、大麦、土豆、辣椒、可可、鸡蛋、鱼、蜂蜜、蜡饼、盐等食品，骆马、鸡、火鸡、猪等牲畜，棉布和其他纺织品，陶制品，贵金属，有时是货币。土著提供的劳役包括为监护主耕种土地，放牧牲畜、采矿、搞建筑、当搬运夫和从事家庭服务等。贡税的种类和数量，劳役的形式、范围和时间全凭监护主的意愿和需要来决定。印第安人被要求每年到监护主土地上劳动若干周或几个月，为此有些印第安人甚至要走40里格（386.4华里）的路， 结果不得不荒废了自己家的土地。（注：弗雷德里克·B ·派克：《秘鲁近代史》辽宁人民出版社1975年版，第64页。）一些监护主将他们监护的市镇和地区视为国王赐与的个人财产，吞并监护区的土地，并将他们所监护的土著出租给他人使用，甚至将监护权出卖和转让给他人，他们自认为对土著拥有司法管辖权。由于西班牙人对印第安人的残酷剥削，同时也由于西班牙人和他们的黑人奴隶传染给没有免疫力的土著以天花、麻疹、疟疾、伤寒症等疾病，土著人口急剧减少，1532-1625年秘鲁的土著人口从900 万下降到70万，中部沿海谷地下降得更快，到1575年就从原来的85000人降至3441人。（注：马格努斯·莫纳：《安第斯的过去：土地、社会和冲突》纽约1985年版，第40页。）
    国王担心监护主的权力膨胀危及王权和为了阻止他们“杀鸡取卵”的做法，1542年颁布了旨在逐步废除监护制的《新法律》，1549年取消了监护制中的人身劳役，使监护制变成了单纯的贡税制，同时每个监护区所应交纳的贡税的数量不再由监护主随意决定，而是由检审庭的法官决定。监护权只准世袭三代。更重要的是，作为土著大量死亡的结果，监护主所得到的贡税也大大减少了。监护权已由一种半封建的特权转变为一种恩俸形式，监护主也由一种特权集团转变为一种依靠贡税生活的贵族。1720年西班牙国王正式下令废除监护制。
    土地持有制。西班牙人自罗马时代就成为一种市镇型居民。它除拥有公地外，允许市民拥有自己的份地，市镇享有广泛的自治权，市政会是市镇的权力机构，这一传统也被殖民者带到了秘鲁。在新市镇的建立过程中，新市镇除留出公用地外，对每个具有新市镇公民权的殖民者，根据其功绩大小分给一块“步兵份地”（一百英亩以上）或一块“骑兵份地”（约为前者的5倍），新成立的市政会承担了分配土地的权力。 新市镇的土地从何而来？在理论上，西班牙帝国政府尊重土著的土地所有权，试图把西班牙人拥有的土地限制于不会损害土著利益的空地上，但在实践中，这一原则并未得到遵守。
    新市镇最初占用的是“合法空地”，即在印第安人村社土地中专门划拨出来的、由村社社员无偿耕种的并用于供养国王及政府官员和神职人员的土地，分别被称为“王田”和“神田”，当印加政权被推翻后，这些土地就被宣布为西班牙国王所有，可由新市镇占用。但征服初期，西班牙人得到的土地毕竟有限，到殖民地末期，大多数最好的农业用地已经从印加人那里转移到了西班牙人手中。这一过程是怎样发生的呢？它包括三个环节：土著腾出空地；西班牙人兼并；通过法律程序使侵占的土地合法化。
    首先，鉴于16世纪土著人口的大量死亡，托莱多总督（1569-1581年在任）为了加强对土著的经济剥削、宗教训导和部分的西方化，下令按照殖民当局的统一规划，对原来零乱分散的土著村社进行合并和调整，将他们集中到参照西班牙市镇风格重建的土著“归化村”。这一重新安置印第安人的措施腾出了大片土地。另外，在17和18世纪，许多土著村社的印第安人为逃避提供米达徭役和人头税而放弃他们的土地。依照西班牙法律，米达役夫和人头税的数量是根据一个给定省份户籍册的人数来确定的， 外来人员可以不必承担这种义务。 结果避难者大有人在，1775年的一份资料表明，拉帕斯和楚奎萨卡地区，外来的壮年劳力占58%，库斯科占38%，瓦曼加占28%，秘鲁总督辖区没有一处其外来者少于20%。（注：约翰·豪兰·罗：《西班牙殖民制度统治下的印加人》，载《西班牙美洲历史评论》第37卷，1957年第2期，第180页。）避难者放弃的土地转归村社处理，村社则将它们出卖给西班牙人，用得到的货币纳税。
    其次，是西班牙人对土地的兼并。西班牙大地产主所拥有的地产一般来源于：土地赐与（如骑兵份地）；廉价购买；交换（用次地换好地）；蚕食相邻的印第安人的土地；通过与印第安人结婚而得到的土地；利用种种欺骗手段得到的土地；印第安人自愿捐献的土地。