印度河流域、两河流域、尼罗河流域、塔里木盆地以及中美洲热带丛林等地存在诸多古文明遗址，其辉煌成就令人惊叹。这些古代文明最终为何衰亡甚或埋没于荒漠之中，学界争论不休，至今未有定论，大体包括自然因素说、人类社会因素说、自然与人类社会因素综合作用说，每种观点又包含不同见解。
    自然因素说
    这种观点以气候变干这一解释最为流行。1907年，美国地理学家亨廷顿在《亚洲的脉搏》一书中提出，气候变暖变干导致塔里木盆地楼兰诸绿洲文明消亡。自20世纪80年代至今，我国学者李江风、舒强、钟巍等先后撰文，探讨塔里木盆地古绿洲文明衰亡原因，他们也持此论点。王会昌的《世界古典文明兴衰与地理环境变迁》认为，从距今4000年左右起，气候转向冷冻，季风力量衰退，季风雨量锐减，导致干旱化、沙漠化，荒漠逐步吞噬尼罗河流域文明、两河流域文明和印度河流域文明。2012年，美国学者切丽·温纳介绍了美国伍兹霍尔海洋研究所的研究报告，认为，过去几千年间，季风气候衰退，导致降雨减少，最终致使哈拉帕文明毁灭。中国学者葛倩、刘敬圃等人亦主此说，认为气候波动是造成古埃及文明、古阿卡德帝国和哈拉帕文明衰亡的主要原因，并进一步推测干冷气候主要缘于太阳活动减弱，导致季风减弱，热带辐合带南移，在北半球中、低纬度大部分地区形成干旱降温。
    另外，还有河流改道和自然灾害等导致古文明消失的假说。瑞典地理探险家斯文·赫定提到，在流水、固体物质沉积与风蚀作用下，塔里木河改道，致使楼兰绿洲废弃。王守春的《历史时期塔里木河下游河道的一次大变迁》一文认为，塔里木河下游河流改道是楼兰城及其周围遗址废弃的主要原因。从距今3800多年前直到汉晋时期长达两千多年的时间里，人类在这里一直居住和活动，虽然也多次发生战争，但是除了河流改道以外，任何社会原因都不足以使楼兰等古城址废弃。
    关于自然灾害说，何宇华、孙永军的《应用卫星遥感探索楼兰古城消亡之谜》提出，楼兰古城消亡原因是古城所在地孔雀河上游先后发生两处滑坡崩塌，堵住河水后形成堰塞湖，切断了古城的供水源。他们表示，当地气候变化差异不大；河流虽曾改道，但与楼兰城废弃时间关系不明；文献中没有异族入侵及战争的记载；楼兰地处交通要塞，若无特殊情况，不会轻易改道，所以楼兰亡于异族入侵、气候变迁、河流改道、交通改道等观点都不能成立。曹俊兴则认为楼兰文明毁于水涝，毁于干旱说不成立。
    主张上述观点的学者主要通过古地理学、古气候演化等研究得出结论。其中，以前两种说法出现最早，这与19世纪至20世纪初大量古代文明遗址是由探险家和地理学家发现密切相关。气候变干假说因不断有新证据出现，一直在自然因素说中占据主流。