由于天大旱，钱塘江水位下降，沙涨了上来。顺治三年(1646)六月初一，清八旗骑兵抓住这千载难逢的时机，一举突破钱江防线，将鲁王的军队冲得溃不成军。江上失守了，继而绍兴也失守了。“大事去矣!”陈函辉感慨万千，他恨鲁王政权中“无穜、蠡之才，而有嚭、同之佞”。掌握不了大局的鲁王和陈函辉只得向台州方向退却。

没走多远，他们就遇上了方国安、马士英、阮大铖的军队。这些早怀异心的鲁王旧将士挟持了鲁王，他们的如意算盘是在不得已时将鲁王当作礼品献给清军，作为自己的进身之阶。一路上这伙人无恶不作，烧杀掠抢，所经之地留下的惟有焦土和哭声，他们真是比土匪还要土匪。在过天台时，幸亏有个叫张文郁的茅园(今莪园)村人倾其所有家财“犒军”，整个天台城才得免于这次兵难。六月初六日，这伙土匪一样的南明兵进了台州城，他们见人就杀，见物就抢，见房就烧，临海城里火光烛天，哭声震地。到六月初八日清军追到临海，仅仅两天时间，台州城里的房屋已被烧毁十之七八矣。

清军来之前，方国安等挟持鲁王逃到黄岩，或许是天意吧，方国安派去看守鲁王的兵士病了，鲁王乘间得脱魔掌。由于不熟悉路途，又只能昼伏夜行，防备方国安及清军搜捕，到七月初一日，鲁王才辗转逃到海门(椒江)，都督张廷绶接着，安排他在参将署住下，并派人与石浦游击张名振联络。张名振派中军方简驾船到海门迎接鲁王到石浦南田。鲁王出海后，虽有几次与郑成、张煌言等一度占领过临海、健跳等地，也攻打过吴淞、瓜洲，甚至兵临南京城下，但终成不了气候，最终还是失败了。

陈函辉与鲁王失散后，间道来到天台，再绕道寒岩寺，于六月初七日连夜渡过小海门，来到朝天门外。此时天尚未明，因时局纷乱，城门紧闭，陈函辉喊破了嗓子，城上的人也不敢开门。此际陈函辉想起自己一生的遭际，真的是让人心灰意冷，于是大哭一场，返身上了云峰山。在山上，时常有某某被清军杀了，某某又被戮的消息传来，更让陈函辉觉得前途渺茫，于是他自序了《小寒山子年谱》、自作祭文《云峰山埋骨记》，写了给亲友的诗书百余函。最后作《绝命词》六言八章，其中“生为大明之人，死为大明之鬼，笑指白云深处，萧然一无所累”表达了自己的心迹。于六月庚寅日自缢而死。惜哉，一代英才就如此消逝了。后来论者也认为“惜乎不留身有为，竟入山而死。”

张廷绶和李唐禧都驻在海门，那时临海客军云集，如谷文元，宗室尝氵妾、李础等均驻台州，这些客军平常就横行无忌，鱼肉百姓。江上兵溃的消息传来后，客军更是军心涣散，毫无纪律可言，光天化日之下奸淫掳掠。负有治安责任的张廷绶派出队伍，于中津桥一带堵住客军，双方短兵相接，恶战一场，鲜血染红了中津桥。

送鲁王入海后，张廷绶本想再等等陈函辉的消息再作下一步打算，李唐禧说：“敌兵已逼，不如偕我早死，徒杀士卒，无为也。”廷绶考虑到时局，也只好点头同意，于是他们各自遣散自己的部队，“袍笏兀坐营门。”清军到了海门，劝廷绶投降，廷绶昂首挺胸，绝不低头屈服，最后被杀害了。方国安在黄岩投降了追上来的清军。但是，随着清军进入福建，朝秦暮楚的方国安又不安分了，最终被清军砍了脑壳，得到了一个叛徒应有的下场。

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