林爽文起义爆发后，清廷即派提督黄仕简、任承恩带领官军万余人渡台。数月之间，军事上毫无起色。乾隆皇帝下令更换统帅，调闽浙总督常青为将军，赴台湾统一指挥。此时，林爽文邀约庄大田围攻府城。南北两支起义军集中兵力十万，于乾隆五十二年(1787)三月开始大规模进攻府城。激战中由于庄锡舍率部众倒戈相向，使攻城受挫。以后，南北两支起义军又曾数次联合进攻府城，但均未成功。乾隆五十二年(1787)八月，清廷免去常青职务，另派协办大学士、陕甘总督福康安为将军，名将海兰察为副将率军乘600艘战船向台湾进发。于十一月初一到达台湾。福康安到台湾后，对起义军进行分化瓦解，以优势兵力分五路解嘉义之围，又接连攻下斗六门、大里木弋、集集埔等军事要地。将林爽文等人逼入番社。接着在在台湾各地进剿，于乾隆五十三年(1788)正月初五日生擒林爽文于老衢崎，解往北京，后在北京菜市口就义。一个月后，庄大田亦被福康安、海兰察俘获，在台湾府城被杀害。林爽文起义以失败而告终了。至今，福康安的记功碑依然屹立在台湾嘉义公园。

十八世纪中叶，廓尔喀族统治了尼泊尔，建立起新王朝，不断向外扩张势力。乾隆五十三年(1788年)，以西藏当局征收贸易税太重为口实，派兵进犯我国西藏，先后占领西藏南部边境城市聂拉木、济咙宗(今西藏吉隆东南)、宗喀宗(今吉隆)等地，围攻协噶尔宗(今西藏定日)。此后清军队反击，命驻藏大臣雅满泰率驻藏绿营兵及驻达木厄鲁特蒙古兵，前往札什伦布(今西藏日喀则)慰问班禅，并与班禅之兄仲巴呼图克图部署沿边防御;命驻藏大臣庆麟主持前藏地区之防御;命四川总督李世杰、四川提督成德，抽调满、汉、藏兵4000余人，由成德统领，驰赴后藏，命尚在热河之成都将军鄂辉速返成都，至西藏统兵。为保证作战军队粮草，暂拨达赖、班禅库存，并于藏内买粮。

乾隆皇帝命令自己的御前侍卫巴忠为钦差大臣，赴藏主持用兵。这时西藏驻有清军500人，藏兵1600人，台站兵1300人。庆麟在接到朝廷谕旨之前，便调藏内500人绿营兵及察木多、达木等兵700人，分路阻击廓尔喀侵略军。四川总督李世杰亦于成都抽调满兵500名，绿营兵1300人，屯练降“番”兵1200人，俱交提督成德、总兵穆克登阿率领，经由打箭炉(今四川康定)、巴塘、里塘(今四川理塘)、察木多，驰赴后藏。但是，当清军日夜兼程，奔赴藏廓边境之时，达赖喇嘛、仲巴呼图克图和噶布伦班第达、庆麟、雅满泰等，已私下同廓尔喀议和，后得到巴忠、鄂辉、成德等赞同。乾隆五十四年(1789年)初，西藏地方政府和廓尔喀签订协议，由西藏噶布伦每年向廓尔喀交纳元宝300锭，作为聂拉木、济咙宗、宗喀宗三地的赎金，廓尔喀退兵。此事，巴忠、雅满泰等隐瞒不上报。

当年三月，鄂辉等率清军“收复”失地。因廓尔喀兵先已陆续撤回，故未遇任何抵抗。六月，清廷调整西藏之防务，加强札什伦布等地防兵，于宗喀宗、聂拉木、济咙宗等要地修砌卡碉。并调整与廓尔喀贸易之政策。清军此次出兵虽未交战，已耗费军饷百余万两白银。巴忠以有功之臣离藏回京。

乾隆五十六年(1791年)六月，廓尔喀人以藏方未按约付足银元为由，出兵千余，再次侵略西藏，夺占聂拉木。噶布伦丹津班珠尔等被裹往廓尔喀。八月初，廓尔喀兵向西藏发动进攻。一路由济咙进入，围攻宗喀，遇到教习汉兵陈谟、潘占魁率400名藏兵坚守，久攻不下后退回济咙。一路由乌咙入侵，滋扰定结。入侵聂拉木之廓尔喀兵逐渐增至干余人，抢占定日。第巴济仲喇嘛噶冲带领藏兵退守胁噶尔。八月二十一日，廓尔喀兵侵据后藏首府札什伦布，肆行抢掠。七世班禅丹贝尼玛退居拉萨，全藏大震，达赖、班禅飞奏朝廷告急。

此时的巴忠正在避暑山庄护驾，得知此事畏罪自杀。鄂辉、成德等将罪责推给巴忠一人，仍骗得朝廷信任，率领川军4000人，由打箭炉前往西藏，抗御入侵者。乾隆五十六年(1791)九月，廓尔喀兵3000余人由兴萨开进，夺占定结。十月十二日，都司严廷良率藏兵、汉军及达木兵700余名，连打三仗，于十一月初收复定结。乾隆五十六年(1791)十月，乾隆皇帝命黑龙江将军都尔嘉在索伦(鄂伦春、鄂温克)、达呼尔(今达斡尔)兵丁内挑选1000人，齐赴京师。

乾隆五十六年(1791)十一月，乾隆皇帝任命福康安为将军，海兰察、奎林为参赞大臣，统兵经青海入藏作战。随后又免去鄂辉、成德的职务，任命惠龄为四川总督、奎林为成都将军。乾隆五十七年(1792)正月，当福康安率领大军抵达前藏时，西藏境内清军和藏兵已收复拍甲岭、聂拉木等地。廓尔喀国王遣使乞和。乾隆皇帝决心攻其腹心，捣穴擒首，故拒绝和议，于三月十五日任命福康安为大将军，统领劲旅进剿。三四月间，游击关联升、总兵袁国璜等部3000人先后抵达前线。而廓尔喀侵略军则在济咙、绒辖尔(今定结南，中国境内)等处砌卡筑碉，添兵据守。闰四月二十五日，福康安、海兰察率清军6000人，由拉子(今西藏拉孜)出发，开赴绒辖尔、聂拉木等处，五月初，福康安所部攻下擦木要隘，收复济咙，同时成德、岱森保等部收复聂拉木以南要隘木萨桥。至此，清军扫清擦木至济咙段边境。十三日，福康安率军由济咙热索桥进入廓尔喀境内，直捣廓尔喀首都阳布(今加德满都)。十八日，清军抵旺噶尔，已深入廓尔喀境内170里，未遇任何阻拦。而廓尔喀兵已收缩至阳布以北地区，严密布防。十九日至二十七日，清军突破横河防线;六月初九日，又突破东觉防线。之后，清军在雍雅山受阻，前后受敌，损失严重，且不服水土，粮饷不济。阳布以北尚有重山大河，防范森严。廓尔喀当局也再度致书清朝政府请和，福康安奉旨与廓尔喀议和。八月二十一日，清军撤军回国。

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