出任汪精卫政权职务

经过枪击案的身心冲击，周作人在1939年1月接下汪精卫南京政府国立北京大学图书馆馆长的聘书，3月应聘兼任北京大学“文学院筹办员”，开学后兼任文学院院长。

1940年11月8日，汪精卫政权华北政务委员会教育总署督办汤尔和因肺癌病逝，1940年12月19日，汪精卫政权中央政治委员会31次会议通过“特派周作人为华北政务委员会委员，并指定为常务委员兼教育总署督办”，1941年元旦正式上任。

1941年10月起，兼任东亚文化协议会会长。

1943年6月起，兼任华北综合调查研究所副理事长。

1944年5月起，兼任《华北新报》经理和报道协会理事、中日文化协会理事。

建国前后

1945年12月，抗战结束后在北平以汉奸罪名被蒋介石主政的国民政府逮捕，并押解南京受审，监禁于老虎桥监狱，周作人的朋友和学生纷纷为他开脱求情，俞平伯还给在美国办外交的胡适写了封长信，请求胡适为周作人说情。

1946年11月6日，高等法院判处他14年有期徒刑，1947年12月9日改判10年有期徒刑。

洪炎秋《我所认识的周作人》(1967年7月发表)一文写到“理学院仍设景山东街前北京大学理学院原址，文学院因为沙滩红楼被日本宪兵队所占据，乃在马神庙北大图书馆边新盖三层大楼一座供用;这两个学院在沦陷期间，不但丝毫没有受到破坏，而且多少增加了一些设备，所以周作人胜利后在法案受审时，供称他留在北平，并不是想当汉奸，是蒋梦麟校长托他在那里照顾学校的，这桩事有蒋前任校长去函法院证实，而新任校长胡适之也替他证明有保全北大的图书和设备之功，所以法院宽大为怀，只判了他十年的有期徒刑。”

郑振铎说“日本妻子(羽太信子)给了他不好的影响”。

1949年1月22日，李宗仁接任中华民国总统，在国共和谈的空气中，下令释放政治犯，周作人在1949年1月26日被放出监狱，坐火车到学生尤炳圻在上海的家暂住。

他曾通过尤炳圻联系以前教过的台湾籍学生洪炎秋(1946年回台湾，1948年起在台湾大学教书)表示有意到台湾，在北京大学修过周作人先生2学期2学分近代散文的洪炎秋在《所认识的周作人》一文中回忆：“周作人知道将被释放，叫尤君写信给我，说他想来台湾，问我有没有法子安置。我就找了老友郭火炎医师，向他借用北投的别墅供住，郭君满口答应，我于是立刻回信给尤君，告诉他住所已有，日常生活费用，我和老友张我军可以负责设法，可是他出狱后没能即刻来台，后来就断绝消息了。”

他不到台湾与傅斯年在1949年1月20日接任台湾大学校长不无关系。

胡适从上海要到美国前，曾托王古鲁游说他离开中国，他反托王古鲁劝胡适不要离开中国(见《知堂回想录》)。

1949年8月14日，他从上海回到中国人民解放军管治下的北平定居。

郭宇一《毛泽东与周作人文》中说周作人：“给周恩来写了一封六千多字的长信，作了一些检讨，也为自己的过去作了一些解释。周恩来将这封信转呈毛泽东，毛批示：‘文化汉奸嘛，又没有杀人放火。现在懂希腊文的人不多了，养起来，做翻译工作，以后出版。’”，但“毛是否真的看到周作人的这封信，真的是否作了这样的批示，学界目前尚有争论”，但毛泽东很早就与周作人来往却是事实，同文引1920年4月7日《周作人日记》：“毛泽东君来访。”君常用于老师称呼学生。(毛在北京大学图书馆工作时旁听了许多课程，并造访了多位老师，《胡适日记》1920年1月15日有记载“毛泽东来谈湖南事。”)

周作人的学生在台湾的有许世瑛(许寿裳大儿)、张我军(板桥人)、郑骞、洪炎秋(彰化人)等，作家张深切在北京曾和周作人来往。

新中国

1949年10月1日，中华人民共和国成立。周作人搬回北京八道湾的老房子，专心翻译和写作，以稿费维持生计。

上书毛主席

周作人在1951年给毛写信，毛的秘书胡乔木1951年2月24日给毛泽东书面报告说：“周作人写了一封长信给你，辩白自己，要求不要没收他的房屋，不当他是汉奸。”“我的意见是：他应当彻底认错，像李季一样在报纸上悔过。他的房屋可另行解决(事实上北京地方法院也并未准备把他赶走)。他现已在翻译欧洲古典文学，领取稿费为生，以后仍可在这方面做些工作。周扬亦同此意。当否请示。”

毛泽东批了：“照办。”翻译周作人从1952年8月起出任北京人民文学出版社编制外特约译者，每月预支稿费200元人民币，按月交稿。

反右运动中，在北京图书馆工作的儿子周丰一被划为右派，停发工资，让他的经济负担大增，只好给中央领导同志写信。在康生和周扬的过问下，稿费从1960年1月起，调高到每月400元人民币。

1964年9月起，社会主义教育运动进入高潮，其稿费又减半至每月200元人民币，当时他的爱人羽太信子已去世。

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