1895年，日本强占中国台湾。为了获取原住民区的自然资源，并实现对台湾全岛的控制，日本必须实现对原住民的完全“教化”。为此，台湾总督府参事官持地六三郎和番务总长大津麟平都主张采取“抚育”和“讨伐”并重的“理番”政策。持地六三郎称，虽从社会学上看“番人”属于人类，但从国际法上看与动物没有区别。为了帝国经济和财政利益，应该对“番人”进行讨伐，甚至可以完全灭绝他们，但是由于这样做的成本太高，所以应该采取“抚育”与“讨伐”并举的策略。
    一方面，日本在原住民地区进行“和番”政策。其中，日本警察与台湾原住民头目联姻是“和番”政策的最重要手段。日本对台湾进行殖民统治期间，很少有日本人和汉人结婚，但对于剽悍的高山族“生番”而言，日本却鼓励当地的日本警察与其结婚，意在消弭他们的抗日意识。日本警察迎娶原住民做妻子的例子不胜枚举。1896年，为了争取雾社群的支持，埔里社理番官桧山铁三郎迎娶了雾社群头目巴沙欧的女儿;熟知“番语”的日本警察近藤胜三郎也先后娶了巴兰社头目的女儿以及荷歌社头目的妹妹为妻;1910年，随着马赫坡社头目莫那·鲁道的崛起，近藤胜三郎又安排自己的弟弟近藤仪三郎娶了莫那·鲁道的妹妹狄娃思·鲁道。
    原住民女子嫁给日本警察后，并没有成为真正意义上的妻子，而仅仅是政治联姻，结果多数是始乱终弃。桧山铁三郎因为垄断埔里社所有的商业活动，从中谋取巨额暴利，引发“埔里社支厅舞弊案”。桧山因此返日接受审判，其妻被遗弃在台湾，成为第一个被日本人抛弃的赛德克女子。近藤仪三郎在一次外出活动后未归，日本人称其坠落山谷失踪，但马赫坡社的族人却认为这是日本人在故意抛弃其原住民妻子，狄娃思·鲁道被迫只身回到马赫坡社。狄娃思·鲁道的悲惨遭遇让身为兄长的莫那·鲁道愤恨不已，也为他以后起义反抗日本的殖民统治埋下了种子。
    
    日本浪人任警察
    日本“和番”的另一项重要举措就是邀请原住民首领赴日本“观光”，宣扬日本的国威，使其不敢再有反叛之心。1897年，第一批由平地原住民组成的访问团参访了日本的长崎、大阪、东京等地。据称，日本人评估效果良好，赴日首领皆对日本产生了“敬畏之心”。1911年，日本再次组织赴日“观光团”，此次主要由山地区的原住民参加，赛德克族群的巴兰社、荷歌社和马赫坡社等部落的首领都被安排前往，时年30岁的莫那·鲁道亦在此列。
    在进行“安抚”的同时，日本人并未放弃对原住民的掠夺和镇压。为了获取木材和樟脑，日本殖民当局设置各种各样的徭役，逼迫原住民到深山砍伐被他们视为图腾的神木，而且要求他们必须肩扛出来，因为这样才不至于划伤树木。在对待原住民文化习俗方面，日本按照所谓的现代化的标准对原住民进行改造。1913年，日本殖民当局正式下令禁止被原住民视为祖训的文面、断齿等习俗，甚至禁止原住民种植用以编织布匹的棉花。日本警察执掌原住民区包括安全、卫生、贸易、教育等所有事务，对原住民有生杀大权。而且，驻扎在原住民区的警察多为日本的浪人与恶徒，本身品质不端，对原住民的残害更加肆无忌惮。原住民稍有不慎，便可能招来杀身之祸。
    面对日本人的欺压，赛德克人与日本殖民当局进行了反复的较量。1897年3月，深堀大尉一行14人组成探险队，前往雾社地区调查，“番通”近藤胜三郎担任向导。由于近藤在途中疟疾发作返回埔里治疗，失去向导的探险队很快失踪。后来，深堀等人的尸体在雾社区被发现，日本人因此认为是雾社群干的。为了报复雾社群，日本进行了为期5年的“生计大封锁”，禁止食盐、铁器等进入雾社群，对其生产生活造成巨大影响。经过一段时间的封锁后，日本于1902年4月对雾社群进行军事围剿，然而雾社群依靠人止关(地名)的地利之便，用巨石、木头等猛击日军，致使18名日军不同程度轻重伤。
    总之，在日本的苦心经营下，雾社地区成为日本殖民台湾的“番地管理模范”。雾社不仅建有媲美日本本土城镇的市街，而且雾社地区原住民也大多能讲日语(相较之下，同期平地汉人的日语普及率仅达25%)，对日本的归化程度较高。即使是素来具有反日情绪的莫那·鲁道，也多次参与到协助日本人剿灭其他“番社”的行动中。1920年12月，莫那·鲁道即率众参与了对泰雅族萨拉茅群的镇压行动。
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