《国史经籍志》在门类厘分上的特点，一是仍《隋志》以来确立的四分法，但于四部之上首列制书，分有御制、中宫御制、敕修及记注时政诸类。这是明代孙明传、张萱等校辑《内阁藏书目录》首列圣制以来文献分类的一个特点。一是采取三级分类，准郑樵《通志·艺文略》例，各项之下又详分子目；史部分为十五类，其中时令和食货两项是其他史志不在史部范围中的内容，表明焦竑对经济史的一定重视。
《国史经籍志》中，最能体现焦竑学术思想及其价值的内容，是焦竑对《汉志》和《隋志》“辨章学术，考镜源流”的学术传统以及郑樵讲求类例区分思想的继承和发扬。
在中国目录学发展史上，创立者刘向、歆父子著录图籍时所表现出的“剖次条例，将以辨章学术，考镜源流”的精神，在一定程度上，为《汉志》和《隋志》以各部类冠以序说，阐述所统部类的范围、性质和学术发展的渊源脉络的形式继承了下来。但是《隋志》以后的史志却不再循照这种作法，直至焦竑纂，《国史经籍志》才恢复这个学术传统，复于每类之后附以小序，辨学术考源流。
《国史经籍志》各类中的小序函有相当多的学术内容，反映了焦竑的博洽和独断之学。他不是简单地剿袭成就，而是结合前人和自己的研究，提出对某一学术的新认识。例如卷二《尚书》类序云：“古者言为尚书，事为春秋，盖左右二史分职之。秦置尚书，禁中通章奏；汉诏命在尚书，主王言，故秦汉因以名官。《七略》曰，尚书，直言也。而以为上古之书者失之矣。始伏生授晁错书二十八篇，汉魏数百年间，诸儒所治者仅此耳。至东晋梅赜增多二十五篇，即所称壁藏书也。考《汉书》有古经十六卷，以其后出，别于经不以相溷，其慎如此。唐人不能深考，猥以晚晋杂乱之书定为义疏，而汉魏专门之学遂以废。近吴幼清叙录一出，乃悉还伏生之旧，而赵子昂、归熙甫之流，各著为书，靡不悬合。盖涣然有当之心。夫古书淆于后人至不可胜数，其文辞格制之异，固可望而知也。朱元晦尝深疑之而未及是正，今学官既有著令，学士大夫往往循习不辨，遂使唐虞三代之遗，掇拾于故老者，尽乱于伪人之手而不觉，可胜惜哉！故于胪列诸家而特著其事，俟广石渠、白虎之义者有所考镜焉。”力陈后世流传的古文尚书之非而廓清之，辨章学术的精神灿然可见。其他如序《易》类时指出，《易》学中原“一以象数为宗”，而专以义理的“王弼之说出”，则象数之学“皆为数术之流而《易》晦矣”，原因是“繇象无筌蹄可寻，而理则管蠡可测”；序《诗》类时则指出，与它经不同，“诗当以声论”，“以义求者离性远”等，都是经过自己的研究而形成的有一定识见的看法（注：焦竑的这些学术观点在其早年的读书和讲学的笔记《焦氏笔乘》（初刻于万历八年）中均有论述，例如卷1的《尚书古文》、 《希夷易说》、《驺虞》及卷3的《古诗无叶音》等等。）。
与“辨章学术，考镜源流”密切相关的是《国史经籍志》中体现的讲求类例的思想。这或者可以说是焦竑“辨章学术，考镜源流”的一种途径。在这一点上，焦竑是郑樵类例思想的追随者，即同样本着“类例既分，学术自明”（注：郑樵：《通志·校雠略》。上海古籍出版社1990影印《通志略》本。）的宗旨编纂书目，进而达到探求“学术之源流”的目的（注：郑樵：《通志·艺文略》。上海古籍出版社1990影印《通志略》本。），同时强调类例区分的明晦正误对书籍存亡的影响。例如郑樵说：“学之不专者，为书之不明也，书之不明者，为类例之不分也。……士卒之亡者，由部伍之法不明也。书籍之亡者，类例之法不分也。类例分，则百家九流各有条理，虽亡而不能亡也”（注：郑樵：《通志·校雠略》。上海古籍出版社1990影印《通志略》本。）焦竑亦说：“记有之，进退有度，出入有局，各司其局，书之有类例亦犹是也。故部分不明则兵乱，类例不立则书亡”（注：焦竑：《国史经籍志》卷5《史部簿录类序》。丛书集成本。）。因此《国史经籍志》虽然仍一般史志的旧例，分四部诠配图书，却注重子目的划分。此外，又因感到“古今簿录胜劣不同”，多有错误，即使是郑樵这样重类例有识见的学者，也仍不免有“伦类溷淆，或自蹈之”（注：焦竑：《国史经籍志》卷5《史部簿录类序》。丛书集成本。），遂在对前人簿录分类研究的基础上，撰写了《纠谬》一卷附在《国史经籍志》的后面，在对前人批评的同时，提出自己的意见，“为了申明家学之咎也”。对于《纠谬》，章学诚的评价是：“虽识力不逮郑樵，而整齐有法，去汰裁甚，要亦有可节取者焉”（注：章学诚：《文史通义》附《校雠通义》卷2。中华书局叶瑛校注本。）。
关于《国史经籍志》，历来褒贬不一。其中清《四库全书总目提要》甚至称“古来目录，惟是书最不足凭”（注：《四库全书总目提要》卷87史部目录类存目该书提要。中华书局影印本。），但是章学诚《论修史籍考要略》曾说：“校雠著录自古为难，二十一家之书，志典籍者，仅汉、隋、唐、宋四家，余则缺如”。原因是“史籍浩繁，一人之力不能兼尽”（注：章学诚：《章氏遗书》卷13《论修史籍考要略》。文物出版社影印本。）。焦竑仅仅凭着一个人的力量，“以当代见存之书统于四部”（注：焦竑：《国史经籍志序》。《国史经籍志》丛书集成本。），其中的谬误自然难以避免。“盖历朝修经籍文志，大都如是，未可专以诟焦氏一人也”（注：粤雅堂丛书本《国史经籍志》伍崇曜跋。）。因此客观的评价应是姚名达《中国目录学史》所说：“在目录学史中，惟竑能继郑樵之志，包举千古，而力不足胜其任，故为《四库》所讥也”。在社会普遍“束书不观”的明代，显示了焦竑的博学和文献学才能的《国史经籍志》，其学术成就是应该充分肯定的。
总之，在焦竑生活时代以前的相当一段时期，史学乃至整个学术，基本是处在一种虚伪而萎靡不振的状态之中。其中，明初的文化专制高压政策、官方提倡的抄袭成书的作法，以及社会经济的繁荣、生活的安定舒适和道学末流空谈心性风气的侵蚀等上下因素交互关联，对于整个学术都产生相当消极的影响。这些影响在史学中的表现包括二个方面：一是有“国史”之称的实录失实。原因是统治者的窜改和修史制度改变后史官的敷衍渎职。一是社会中荒诞舛讹不予考核的野史稗乘大量流行。原因是缙绅士大夫学风虚伪，“束书不观”。影响所及，即使是一些比较严肃的史家，如郑晓、薛应旂以及陈建等，也都在他们的史著中，大量地不加考核地采用野史稗乘中的传说资料（注：参见“An introduction to the sources of Ming history”， Kuala Lumpur and Singapore:University of Malaya Press,1968.Pp.6-23。）。但是明初以来的这些史学弊病，到了十六世纪中叶，开始受到一些富有责任感的史学家的抨击，并纷纷以自己的史学实践推动史学转向着注重考核的严肃健康的方向发展，而焦竑则是这些史家中最重要的史家之一。尤其焦竑作为当时最风靡的理学思潮的思想领袖，其振臂疾呼和身体力行的作用，远非一般拘拘一隅的文人所能比及，焦竑包括史学在内的全部学术实践的更深层的时代意义也正是在于此。
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