为了让东林党等朝中的正直人士免受*，孙承宗想利用进京为皇上祝寿的机会，当面进谏。魏忠贤听到这个消息非常吃惊，抢先在皇帝面前诬蔑孙承宗要搞“清君侧”，是没安好心，阻挠孙承宗进京。孙承宗走到通州的时候，被皇差挡回山海关。从那之后，孙承宗成了魏忠贤的眼中钉、肉中刺。天启五年十月，孙承宗终于被排挤出朝廷，回到了高阳老家，做了4年平民百姓。
     努尔哈赤听说孙承宗被免职了，立即率八旗大军来攻。魏忠贤的亲信、辽东经略高第听说金军来了，吓得浑身发抖，立即命令关外官兵全部撤回山海关。兵熊熊一个，将熊熊一窝。官兵们得到撤退的命令，拼命地往回跑，撤退变成了溃逃。孙承宗苦心缔造的十二车营战车被丢到沟里。
     驻守在宁远的宁前道袁崇焕抗命不撤，与总兵满桂等人在宁远城创造了奇迹，他们用红夷大炮打得清军狼狈不堪，灰溜溜地撤了回去。后来袁崇焕被任命为辽东巡抚。努尔哈赤回到沈阳后不久病死，皇太极继承皇位，又率领大军进犯，在锦州、宁远被袁崇焕、赵率教打败。明军利用孙承宗缔造的关宁防线取得了宁远、宁锦两次大捷。可是大奸臣魏忠贤却贪天之功为己有，将功劳算在了自己的头上。不久，又将忠心耿耿的袁崇焕削职为民。
     熹宗皇帝朱由校病死后，他五弟朱由检即位，也就是崇祯皇帝。朱由检一上台就除掉了大奸臣魏忠贤，*东林冤狱，一时间普天之下一片欢呼。崇祯皇帝召回了袁崇焕，任命为督师。袁崇焕见有了这么一位英明的天子，当时的心情非常激动，他承诺要用五年的时间恢复辽东，他哪里想到呀，就是这个他寄予无限希望的皇帝，不久就把他给千刀万剐了。
     崇祯二年的秋天，皇太极的大队人马绕过关宁防线，进入长城。在京师震动的危急时刻，孙承宗被官复原职，担负起了护卫京师，节制各路援军的重任。孙承宗一上任，就不辞劳苦，连夜巡视北京内城外城，布置防御工事。第二天，皇帝又命令孙承宗到通州去镇守。当时，城外敌军遍地都是，孙承宗与茅元仪只率领了几十个骑兵，冒着很大的风险，冲出东便门，到通州去执行御敌的任务。
     袁崇焕在关外听说金兵已经入关了，急忙命令山海关大将赵率教先带领精兵入关保卫京师，赵率教的部队在遵化附近被后金军打败，赵率教英勇牺牲。袁崇焕听到消息后立即带主力部队以最快的速度入关，在遵化追上了后金军。清军统帅皇太极不与袁崇焕交战，而是直接杀向北京，袁崇焕只好也向北京开进。双方在广渠门外摆开了战场，孙承宗从通州派3000劲旅赶来支援，这才打败了后金军。
     皇太极退兵之后，成功地运用反间计，使明朝廷杀了他们最害怕的袁崇焕。不久，辽军总兵左大寿与副将何可纲率辽军向东溃逃，退出战场，返回关外，皇帝听到这个消息吓得晚上睡觉噩梦连连，朝廷上下人心惶惶。
     在这种情况下，孙承宗独立承担了击退后金军的重任，孙承宗一方面调度援军，保卫北京安全，同时派遣大将，对左大寿晓以大义，明以利害，终于追回溃将，使他们重回山海关。孙承宗又派战船出海，袭扰敌后，迫使皇太极撤出关外。接着，孙承宗运筹帷幄，从容指挥，调动马世龙、祖大寿东西两路大军，收复了皇太极撤退后留下固守的永平、滦州、迁安、遵化四镇，在关内肃清了后金武装。此后孙承宗东巡关宁，西阅蓟镇，向皇上提出了一套捍卫边疆安全的意见。
     孙承宗由于过于劳累，身体越来越差，经常便血，不能骑马。多次要求告老还乡，皇上都不批准。这时朝廷的大权又逐渐被奸臣执掌了。兵部尚书为了在关宁安排自己的亲信，派遣邱禾嘉为辽东巡抚，这个人一到任就处处找孙承宗的别扭。
     邱禾嘉好大喜功，提出了收复广宁的建议。孙承宗认为那是不切实际的，他主张修筑大凌河，但由于邱禾嘉从中作梗，使工期一误再误。后金出兵包围了大凌河，发动了长山之战，明朝军队在长山之战中受到重大挫折，祖大寿向皇太极假降，何可纲自杀殉国。那些不怀好意的权臣就以此为借口弹劾孙承宗，已经是69岁的孙承宗再一次被解职回家。
     孙承宗回家之后，开始埋头于《督师全书》《古今中官志》、《高阳集》等著作之中，还经常与鹿善继、孙奇逢等人切磋学问，同时教育子孙，助民致富。到了崇祯九年，金兵又从西线入关，退休在家乡江村讲学的鹿善继入定兴县城御敌，城破牺牲。孙承宗前往哭灵，祭奠忠魂。为了防备清军进攻，他动员在山东当县令的长子孙铨捐资买砖，把高阳土城建成了砖城。崇祯十一年十月，清睿亲王多尔衮又一次率军踏破长城，侵犯畿南。好友蔡鼎等劝说孙承宗到保定避难，茅元仪则说服孙承宗到南方去，孙承宗都婉言拒绝了，他说：“我都这一把年纪了，没什么可怕的了，如果能有机会战死疆场，也算是死得其所了。”
     就这样，在清兵向高阳进攻的时候，孙承宗以76岁的高龄，率领全家及高阳民众奋起抵抗，由于兵力相差过于悬殊，高阳城很快就被攻破了，孙承宗被清兵抓获。多尔衮听说抓到了孙承宗，挺高兴的，亲自来劝降，但被孙承宗拒绝了。
     最后，孙承宗坐在一张椅子上，令两个清兵用白绫将自己勒死，从容而又壮烈地结束了自己的生命。在保卫高阳的战斗中，孙承宗6个儿子、两个侄子，12个孙子、侄孙殉国，全家老小40余人遇难，满门忠贞，千古英烈，慷慨悲歌响彻燕赵，人格气节辉映中华。